בפברואר 2005 נחקר הרב
יונה מצגר באזהרה בדבר חדר מלון שקיבל בתעריף מוזל. בסיום החקירה המליצה המשטרה להעמידו לדין בעבירות מירמה והפרת אמונים. בעקבות זאת הודיע הרב מצגר, כי הוא משעה עצמו זמנית מבית הדין הרבני הגדול ומהוועדה לבחירת דיינים. באפריל 2006 הודיע
מני מזוז, היועץ המשפטי לממשלה, כי לא ייפתח תיק פלילי נגד הרב מצגר, אך ביקר בחריפות את מעשיו, קבע ששיקר בחקירותיו במשטרה והודיע שעליו להתפטר מרצונו או שימליץ על הליכי הדחה מיידיים נגדו.
בתגובה עתר הרב מצגר לבג"ץ כנגד מזוז בטענה שלא ניתנה לו זכות השימוע. במהלך הדיונים הסכים היועץ המשפטי למחוק חלקים מן הדוח, אולם הרב מצגר לא הסתפק בכך. בסופו של דבר דחה בג"ץ ביולי 2007 את העתירה, לאור הקביעה שדוח היועץ המשפטי איננו אמירה סופית.
בפברואר 2008 החליטה הוועדה לבחירת דיינים לדחות את חוות דעתו של מזוז ולאפשר לרב מצגר לחזור לכהן כדיין. לאחר ההחלטה אישרה הכנסת תיקון לחוק הרבנות הראשית לישראל, שלפיו לא יהיה הרב מצגר חייב לכהן כראש בתי הדין הרבניים. בפברואר 2009 דחו שופטי בג"ץ את עתירתה של עמותת אומ"ץ למנוע מהרב מצגר מלשמש כדיין בבית הדין הרבני הגדול. השופט
אדמונד לוי סבר בדעת יחיד, כי היועץ המשפטי לממשלה היה צריך להעמיד את הרב מצגר לדין משמעתי.