בנובמבר 2004 הורשע שבס, בהרכב של תשעה משופטי בית המשפט העליון, בשתי עבירות של מירמה והפרת אמונים. זאת, לאחר שבדצמבר 2000 הורשע בבית המשפט המחוזי, בינואר 2003 זוכה בעליון אך בדיון נוסף הורשע. המדינה התחייבה מראש שלא לבקש לגזור עליו עונש מאסר, והוא נדון רק למאסר בפועל.
שבס הורשע בשתי פרשיות. באחת קידם עסקה כלכלית-ביטחונית עם מדינה זרה, שבה היה מעורב חברו משה שטרן, כאשר הביא לכך שנשיא אותה מדינה יוזמן לישראל בעת כהונתו של
יצחק רבין כראש הממשלה. הפרשה השנייה נגעה לקידום אינטרסים של חבריו, האחים הקבלנים דורון ו
גיל שולדנפריי, אשר העסיקו אותו לפני שהתמנה למנכ"ל משרד ראש הממשלה. השופטים קבעו, כי שבס היה מודע לכך שיחסיו עם חבריו בשתי הפרשות הם קרובים והדוקים, וכי הוא מצוי בניגוד עניינים מולם. פסק דין זה הוא מאבני היסוד במאבק בשחיתות הציבורית, בכך שהוא קובע את יסודות העבירה של מירמה והפרת אמונים: מעמדו הבכיר של עובד הציבור, ועוצמתו של ניגוד העניינים שבו הוא שרוי.
