בסביבת הנחל:

מעל המים ועל גדות הנחל מתקיים עולם עשיר של עופות מים וציפורים. אנפת לילה - פעילה בעיקר בשעות הערב והלילה וביום נחה על עצים סמוך למים, בעלת גוף קצר ועגלגל יחסית, כאשר היא נחה גופה נראה קצר ועבה יותר. יאורית מצרית - עוף מים גדול ומוצק, צבעו חום כתום וכנפיו מוכתמות גם במקטעים לבנים, שחורים וירוקים. סביב עיניו בולט כתום כתם חום כהה. יונק הדבש - ממשפחת ציפורי השיר, בעל ממדים זעירים, נוצות הזכרים צבועות בצבעים כהים, גוונים מתכתיים ואילו הנקבה, בגווני שחור, אפור, חום וירקרק.

שרשיר מצוי - נציג של משפחת הברווזים, גופו אפור, אם כי נוצות הזכר כסופות, וצידיו מפוספסים בקווים שחורים עדינים על-רקע לבן, הגב שחור ואחורי הגוף בהירים, החזה צהוב ועל ראשו עובר פס עין ירוק. ל לבנית קטנה - עוף קטן יחסית, המקנן בשיחים צפופים בקרבת הנחל. פרפור עקוד - שייך למשפחת השלדגים ונחשב לשיאן בצלילה מגובה רב, בצבעי שחור ולבן הבולטים מעל המים. שלדג לבן חזה - מהציפורים הססגוניות בירקון, משתלב היטב גם בסביבה העירונית, בעל חזה לבן וצבע כחול בולט מגופו. שלדג גמדי - קטן במיוחד ומצטיין בדיג ממארב, בעל גוף קטן ומקור גדול ביחס לגודלו. סופית - מומחית בהסוואה ומסתתרת בין קני הסוף במשך שעות היום, צבעה אפור-חום עם פס לבן בצידי הגוף. ברכיה - הברווז הנפוץ ביותר באזור, הזכר בעל ראש ירוק בוהק והנקבה בגוונים חומים מנומרים.

מיינה מצויה - מין פולש נפוץ החי בלהקות קטנות לאורך הנחל, בעלת גוף חום וכתמי עור צהובים סביב העיניים. דררה- תוכי פולש שהתפשט בכל רחבי הארץ, בולט בצבע הירוק ובזנב הארוך.

בתוך הנחל:

בקטעים השונים של נחל הירקון מתקיימת דגה עשירה המותאמת לתנאי מים משתנים. לבנון הירקון - דג הייחודי לנחל הירקון, דג קטן יחסית שאורכו עד כ-120 מילימטר ונחשב לנציג הבולט של משפחת הקרפיונים במערכת נחלי החוף. קיפון בורי - דג ים תיכוני החודר לנחלים הנשפכים לים. רבייתו מתרחשת בסתיו, בעל גוף מאורך ומראה כסוף, אורכו הוא כ-60 ס"מ ומשקלו כ-5 ק"ג. גמבוזיה - דג קטן שגופו בצבע כסף בעל ברק כחלחל, ולעיתים גבו חום. אמנון היאור - מין אפריקני שבישראל נמצא במספרים מצומצמים רק בירקון ובמקורותיו, בעל גוף גבוה וצבע כללי כסוף-אפרפר. שפמנון מצוי - הגדול בדגי המים המתוקים בישראל ומבלה את זמנו בקרקעית בין סלעים ובוץ, בעל גוף מאורך, ראש רחב ושפמים בולטים. צלופח אירופי - דג בעל גוף נחשני מאורך, המסוגל לעבור גם באזורים רדודים ובוציים בעת נדידתו. נאווית כחולה - דג קטן בצבע כסוף, החי במים צלולים ובסבך צמחיית מים.

לאורך הגדות:

בנחל הירקון פועלים יונקים חדי חושים, ביניהם: חתול ביצות - טורף על חובב מים, גדול פי ארבעה מחתול בית, ונחשב אינדיקטור למערכת אקולוגית תקינה, בעל גוף שרירי, רגליים חזקות וזנב קצר יחסית. נוטה להישאר סמוי מן העין. תן זהוב - הוא טורף בינוני ממשפחת הכלביים, הפעיל בעיקר בשקיעה ובזריחה ופועל לעיתים בלהקות מתואמות, בעל פרווה צהבהבה ומבנה גוף דמוי שועל.

בין הזוחלים, ניתן למצוא את הצב, אחד מסמלי המערכת האקולוגית של הירקון: צב רך מצוי- הוא הצב הרך היחיד החי בישראל, מתקיים במים מתוקים ומליחים, ונמצא בסכנת הכחדה חמורה, בעל שריון שטוח וגמיש יחסית ומראה גוף רחב. צב ביצה - חי בעיקר בקטעים שבהם זורמים מים מתוקים וקולחים, בעל שריון קשיח וכהה. רשות נחל הירקון פועלת על-מנת להוציא את מי הקולחין מהנחל. כאשר איכות המים בנחל תשתפר כל המארג האקולוגי ישתקם ומגוון ועושר המינים יעלה. בנוסף הרשות מבצעת פרויקטים שונים לאורך הנחל במסגרתם פותחים את אפיק הנחל הסגור, משקמים ומחזירים צמחיית גדות ואז הקסם מתרחש וחוזרים החיים אל הנחל. יום נשיונל גאוגרפיק מזכיר לנו שהטבע אינו רחוק, הוא נמצא ממש כאן, ומבקש רק שנעצור לרגע, נתבונן ונשמור עליו.