המושג מגדר הוצע במקום מושג המין, וכבסיס לדיון ביקורתי על אודות ההרחבה של המין הביולוגי להסדרים חברתיים וכינון של הדיכוטומיה החברתית בין זהויות והתנהגויות של גברים ושל נשים. המשמעות התיאורטית של המושג מגדר עברה שינויים עם התמורות שחלו בתיאוריות הפמיניסטיות, אך התפיסה של מגדר כהבנייה חברתית שזורה עדיין כחוט השני בתיאוריות פמיניסטיות שונות. מעמדה ביקורתית זו משתמעת התביעה לבדיקה של יחסי הכוח שהתגבשו בין המגדרים בהקשרים ההיסטוריים שבהם צמחו והשתנו, וכן לחשיפת ההעלמה וההשתקה שרווחו בשיח האקדמי והציבורי ביחס לממד המגדרי, המְמַסד סדר חברתי, כלכלי, פוליטי ותרבותי הנותן העדפה לגברים ולגבריות, ובמקביל מפלה ומדכא נשים. הקישור בין אי-שוויון מגדרי וצורות דיכוי מעמדיות, אתניות ולאומיות הרחיב את יריעת המחקר המגדרי.
ככל שהתרחב המחקר הפמיניסטי הוא פנה לכיוונים תיאורטיים ואמפיריים מגוונים. בצד השימוש בקטגוריה מגדר כקטגוריה מסבירה, היינו מחקר וניתוח ביקורתי של מבנה כוח מגדרי המעצב את הסדר החברתי ואת מקומן של נשים וגברים בתוכו, מתפתח שימוש במושג מגדר כקטגוריה מכלילה. חוקרות רבות פנו לגילוי כוח נשים והעצמתן, לבחינת התנסויות של נשים ביחסי מגדר ומערכות מגדריות מגוונות, ומתוך כך לבחינת זהויות מגדריות, כולל זהויות גבריות, זהויות מיניות מגוונות.
עם השנים "מגדר" כמושג תיאורטי וכעוגן לזהות קבוצתית ואישית הופך לזירה של מאבקים על הגדרת גבולות ומשמעויות. זירת המאבק מתרחשת בשיח האקדמי והציבורי, והגבולות בין שני שדות השיח מטשטשים לא אחת. טשטוש זה הוא חלק מסדר היום הפוליטי-חברתי-אקדמי של נשאי השיח הפמיניסטי. סדר יום זה קורא תיגר על היררכיות שונות, כולל היררכיית הידע והיררכיה בין אתרי ייצור הידע.
מגדר הוצע כמושג מאתגר על-ידי פמיניסטיות שתבעו בחינה מחודשת של העולם מזוויות ראייתן של הנשים, והוא נישא בעיקרו על-ידי נשים וכיוון את זרקור המחקר אל הנשים בחברה. עובדות אלה אינן מפתיעות, שכן הטענה על הדרה, דיכוי וקיפוח של נשים, מן הסתם, באה מן הקבוצות המקופחות ולא מן המרכז הדומיננטי שהיה בבסיסו גברי ואויש בעיקר על-ידי גברים. אחת התוצאה הייתה שהשיח על מגדר זוהה כשיח של נשים ועל נשים ורבים, כולל לא מעט פמיניסטיות, דיברו על מגדר ונשים כשני מושגים חליפיים. עמדה זו רווחת גם היום בכתיבה של עיתנואים, שבה השימוש במושג מגדר מתייחס לנשים ולעולמן, ונתפס כתקינות פוליטית.
המחלקות האקדמיות הראשונות שהוקמו באוניברסיטאות נקראו לימודי נשים וביטאו במידה רבה את העמדה שביקשה לחשוף את עולמן המושתק והנשכח של נשים. עם השנים לימודי הנשים פינו בהדרגה את מקומם ללימודי מגדר. אולם, באופן פרדוכסלי, עם חלחולו של המושג מגדר לשיח האקדמי והציבורי, עם הלגיטימציה הגוברת לתחום ותהליך ההתכנסות למרכז, מופקע בהדרגה הממד הביקורתי והמאתגר של המושג מגדר כמעוגן בתיאוריות פמיניסטיות ביקורתיות.
במחקרים רבים משתמשים יותר ויותר במושג מגדר במקום מין כקטגוריית מיון בין גברים לנשים. הכותבים משתמשים במונח שהוא "נכון פוליטית", אך במרבית המקרים ללא אימוץ ההנחות התיאורטיות המתריסות שבבסיסו. בדרך זו מנוכס המושג מגדר, שמקורו בשיח הפמיניסטי-הביקורתי, לתוך עולם דעת המציג עצמו אוניברסלי, אובייקטי ועיוור מינים/מגדרים. ניכוס המושג ומיסוס משמעותו המקורית מאפשרים את דחיקתה של העמדה הפמיניסטית לשולי השיח האקדמי תוך תיוגה כאידיאולוגית, ובו בזמן מתאפשר המשך שעתוק משטר הדעת הממגדר בתוך השיח האקדמי והציבורי.
