נפח הזרימות העיליות, מוערך בכ-29 מלמ"ק בשנה. יתרת השפכים מסולקת לסביבה באמצעות בורות סופגים או הזרמות לנחלים. לסילוק זה יש השלכות סביבתיות רבות, בשל הרגישות הידרולוגית הגבוהה באזור.
תוצאות הניטור מציגות באופן כמותי ואיכותי את מצב המים בנחלים העיקריים. בנחלים אלו זורמים שפכים גולמיים או קולחים באיכות ירודה המגיעים ממערכות שפכים עירוניות.
בעבודה נדגמו 14 תחנות ב-9 אגני ניקוז: קישון, שכם, קנה, שילה, שורק, מודיעים, מכמש, קדרון וחברון.
מקורות הזיהום בצד הפלשתיני רבים: שפכים גולמיים מחברון, מזרח בית לחם, רמאללה, שכם וג'נין זורמים בנחלים. מקורות הזיהום בצד הישראלי גם כן לקויים, ונדרש פיתרון לטיפול בשפכי נחל קדרון ובשפכי קריית ארבע.
שיתוף הפעולה הישראלי-פלשתיני בטיפול בשפכים הינו זניח. מבין הערים הגדולות רק בית לחם (מערב), קלקיליה וטולכרם מחוברות למתקני טיהור שפכים בישראל. פרויקט מאסף נחל קנה, לא נחל הצלחה מלאה, בשל סירוב הפלשתינים להתחבר אליו.
הנחלים אליהם מסולקים עיקר השפכים הם:
נחל קדרון - 11.8 מלמ"ק/שנה
נחל חברון - 5.7 מלמ"ק/שנה
נחל שכם - 3.4 מלמ"ק/שנה
מנתוני מיפוי GIS שנעשה, עולה כי אורך זרימת השפכים בנחלים הוא כ-178 ק"מ. הזרימות המשמעותיות ביותר הן בנחלים חברון, קדרון ושכם. אורך זרימת הקולחים הוא כ-46 ק"מ.
המיפוי בוצע על גבי שכבות אזורי ההזנה והאזורים הכלואים של אקוויפר ירקת"ן. השפכים הגולמיים בנחלים שכם, חברון, מודיעים ויובלי נחל שילה זורמים על פני אזורי המילוי של האקוויפר, ומהווים פוטנציאל זיהום.
ריכוזי המזהמים בנחלים גבוהים ביחס לספיקות השפכים, בשל השימוש המצומצם במים המאפיין את רוב תושבי יהודה ושומרון.
