כנגד העותר הוגש כתב אישום לבית המשפט הצבאי ביהודה, המייחס לו עבירות של קשירת קשר לגרימת מוות בכוונה, ניסיון גרימת מוות בכוונה, ניסיון קשירת קשר לגרימת מוות בכוונה, אחזקת כלי ירייה וניסיון אחזקת כלי ירייה. על-פי עובדות כתב האישום, הבריח העותר ברכבו מחבל מתאבד לשכונת תלפיות בירושלים לצורך ביצוע פיגוע תופת, תוך ניצול היותו בעל תעודת זהות ישראלית. כן הואשם העותר כי תכנן לבצע פיגוע נגד חיילים באזור שער המוגרבים בירושלים ובאחזקת נשק מסוג קלצ'ניקוב.
העותר והתביעה הצבאית הגיעו להסדר טיעון בעניינו של העותר, אשר הוצג לבית המשפט הצבאי ביהודה בתאריך 24.2.2004. העותר הורשע על-פי הודאתו בעבירות של ניסיון לגרימת מוות בכוונה וקשירת קשר לגרימת מוות בכוונה. בהסדר הטיעון הסכימו הצדדים אף לגבי העונש - 17 שעות מאסר בפועל ומאסר מותנה, ואולם, בית המשפט הצבאי ביהודה החליט שלא לקבל את ההסדר לעניין העונש וגזר על העותר 28 שנות מאסר בפועל. השופטים נימקו החלטתם בכך שנימוקי ההסדר שהוצגו בפניהם לא הצדיקו סטייה כה בולטת מרמת הענישה הראויה והמקובלת.
העותר ערער על פסק הדין לבית המשפט הצבאי לערעורים, אשר קיבל כאמור את הערעור לעניין חומרת העונש והפחית את עונשו – ל-24 שנות מאסר לריצוי בפועל. ערכאת הערעור נימקה החלטתה לא בנסיבותיו האישיות של העותר, כי אם בהסתמכותו על קיומו של ההסדר ובהודאתו בכתב האישום המתוקן בעקבות כך. אף ערכאת הערעור ציינה כי העונש המוסכם, לו טענה התביעה הצבאית אכן סטה מרמת הענישה המקובלת והראויה – בצורה קיצונית, שכן העותר לא היה אך ורק בגדר מסיע לעבירה, אלא מעורב בה מתחילה ועד סוף, ועצם העובדה כי הפיגוע סוכל אינה יכולה להיזקף לטובתו. עם זאת, קבעה ערכאת הערעור, התביעה התרשלה, בהסכימה לעונש כה קל ביחס לחומרת העבירה, ואין 'לגלגל' התרשלות זו אל שכמי העותר.