הנשיאה, השופטת דורית בייניש, כותבת בהנמקות החלטתה, שיש לדחות את העתירה, ולאמץ את דברי השופטת אסתר חיות, שבהנמקות פסק דינה שדחה העתירה, התירה את האפליה בין שתי קבוצות הנכים בשל היותה "אפליה רלוונטית מותרת" – כלל שעל פיו, באם מפלים בין קבוצה זו לבין קבוצה אחרת, אך האפליה מוצדקת, תותר האפליה. דוגמה להבנת הכלל: ייתכן, אולי, שניתן לאמר שלמשרת סיעוד קשישות דתיות מותר לפרסם שאחת מדרישות המשרה היא שנושאת המשרה תהיה, דווקא, אשה.
לדברי השופטת חיות, תכלית קביעת המחוקק כי יינתן סיוע שיקומי לנכה "רגיל" היא תכלית סוציאלית, שנועדה להבטיח שירותי בריאות סבירים וקיום בכבוד לכלל תושבי ישראל, במימון ציבורי, ובהתאם למגבלות תקציביות. מאידך, תכלית שיקום נכי משרד הביטחון נועד לסייע למי שנפגעו עקב תרומתם לכלל, ומשכך ניתן לראות אבחנה בין שתי הקבוצות, לטובת נכי משרד הביטחון, כאפליה-לטובה רלוונטית, על פי הרציונאל הבסיסי שבאם אדם נפגע למען הציבור - על הציבור לעשות ככל שביכולתו, מכספי הציבור, וללא התחשבות במגבלות תקציביות, על מנת לסייע לשיקומו, בעוד שלגבי נכה "רגיל" אמנם הציבור, כאזרחי מדינת רווחה, נושא בעול שיקומו, אך אינו מחויב ברמת שיקום שאינה מתחשבת במגבלות תקציב. כך השופטת אסתר חיות בהנמקות פסק דינה:
"מדובר בהכרעה חברתית ערכית, הבאה לידי ביטוי ברובד העליון ביותר והוא חקיקת הסדרים נורמטיביים לכל אחת מקבוצות הזכאים. הסדרים אלה מיושמים ברובד הביצוע על פי חקיקת משנה ובאמצעות נהלים והנחיות המותאמים לשירות הרפואי שזכאית לו כל אחת מאותן קבוצות. בהתחשב בכל האמור לעיל, נראה כי ההבדלים הקיימים בין זכאי חוק ביטוח בריאות ובין זכאי משרד הביטחון באשר לסוג ולהיקף של אביזרי השיקום הממומנים להם אינה עולה כדי פגיעה אסורה בשוויון ומשכך אין מקום להתערבותנו."
בנוסף לאימוץ דברי השופטת חיות בדבר היות האפליה בין שתי קבוצות הנכים רלוונטית ומותרת, מוסיפה הנשיאה שכלל לא חודשה הלכה בדיון בבג"צ שדחה את עתירת עמותת קרן, אלא שכבר מלפנים ניתנה לגיטימציה חקיקתית ופסיקתית לאבחנה בין נכה משרד הביטחון לבין נכה רגיל, ומשכך, על פי כללי סעיפים 30 א'-ב' סעיף א'-ב' ל
חוק בתי המשפט [נוסח משולב], התשמ"ד-1984, הקובעים כי ישנו מקום לדיון נוסף רק באם מדובר בהלכה שחידש בית המשפט העליון, הרי שבעניינינו אין חידוש כלל, ומשכך אין מקום לדיון נוסף. כך הנשיאה בהנמקותיה:
"בעניין אחר קבע בית משפט זה, בהרכב של שבעה שופטים, כי חוק הנכים, המבוסס על חוב שהמדינה חבה למי שנפגע בשירותה, שונה מחוקי נכים אחרים ומהסדרים סוציאליים של תמיכה בנכים, המבוססים, לרוב, על נזקקות כלכלית (רע"א 7678/98 קצין התגמולים נ' דוקטורי)..."