פעמיים בביקור רואה האפיפיור בנדיקטוס ה-16 את פניו של ראש הממשלה בנימין נתניהו. הפעם הראשונה בנמל תעופה בן גוריון והפעם השנייה בכנסיית הבשורה.
גם האפיפיור הקודם פגש את ראש ממשלת ישראל שלא בלשכתו. בלשכת ראש הממשלה הסבירו כי מדובר בעניין של לוח זמנים ובסיבות נוספות שלא פורטו.
פרופ' אדם פרזיגר, סגן ראש התוכנית ליהדות בת-זמננו באוניברסיטת בר אילן, אמר כי לכנסייה הקתולית קושי תיאולוגי להכיר במדינת ישראל. אך לא ברור לו האם מדובר בעניין פרוצדוראלי או תיאולוגי, והנושא צריך עיון. באשר לעצם הפגישה עם שמעון פרס במשכן הנשיא אמר כי יש בביקור זה מימד טקסי, שכן לפרס אין תפקיד פוליטי ומלבד זאת הוא זה שהזמין את האפיפיור לבקר בישראל.
בניגוד לפגישה הקודמת בין ראש ממשלה לאפיפיור שהתקיימה במנזר, מקום נייטרלי מבחינת היהדות, הפעם נערכה הפגישה בכנסייה. מלשכת ראש הממשלה נמסר כי הפגישה לא התקיימה בבסיליקה עצמה.
