ב-29 ביוני 1949 עלו על הקרקע חברי גרעין קיבוץ חדש בגבול רצועת עזה ושמו נוה יאיר, על שמו של מחולל המחתרת
אברהם שטרן יאיר. חברי גרעין ההתיישבות מנו כ-50 איש, רובם ככולם יוצאי המחתרת לחי אשר שרתו בחטיבה 8 במלחמת העצמאות ולחמו בין השאר באזור הנגב המערבי כולל השטח עליו הוקם הקיבוץ. את הכשרתם החקלאית רכשו חברי הגרעין קודם לכן בקיבוץ אפיקים בעמק הירדן שם שהו במשך שלושה חודשים.
טקס העלייה על הקרקע נערך ביום חמישי 11 באוגוסט 1949, כחודש וחצי לאחר התיישבות חברי הגרעין בקרקע, והיה מרשים וחגיגי. השתתפו בו כמה מאות איש חיילים ואזרחים שהגיעו מכל רחבי הארץ. על במת הכבוד (סככה ובה מושבים שקושטה בירק) ישבו מנהיגי לח"י,
יצחק שמיר,ששמו המחתרתי בארגון היה מיכאל, וחבר הכנסת הטרי נתן ילין מור (שכינויו המחתרתי גרא) ממפלגת "הלוחמים". בין האורחים והמברכים היה יצחק שדה אשר בפיקודו כמח"ט חטיבה 8 נלחמו אנשי לח"י חברי גרעין המתיישבים בקיבוץ החדש.
טקס העלייה לקרקע של קיבוץ נוה יאיר צולם ותועד על-ידי יומני כרמל. לפני מספר שנים חשף ושיחזר חוקר הקולנוע יעקב גרוס ז"ל את קטע הסרט המתאר את הטקס. מומלץ לראותו. הוא נמצא ברשת.
חברי הגרעין רובם היו פליטי שואה שעלו בסוף שנות ה-30 ובשנות ה-40 לארץ. הם הצטרפו ללח"י, ועם הקמת צה"ל הצטרפו לגדודי 89 ו-82 בחטיבה 8. מפקד פלוגת לח"י בגדוד 89 של החטיבה היה לוחם הלח"י המהולל
יעקב גרנק שכינויו המחתרתי היה "דב" ("דב הבלונדיני"). הגדוד השתתף בקרבות באזור הנגב והדרום במבצע אסף ובמבצע חורב. רעיון הקמת גרעין ההתיישבות על-ידי לוחמי לח"י התגבש בגדוד 89 בהשראתו של מפקד הפלוגה יעקב גרנק שנפל בקרב בניצנה.
רעיון הקמת גרעין התיישבות אנשי לח"י, זכה לתמיכה ועידוד הן מצד אנשי מפא"י ובהם יצחק שדה ואברהם הרצפלד מנהל המרכז החקלאי והן מצד אנשי ימין ובהם יצחק שמיר ונתן ילין מור. נקודת ההתיישבות הוקמה בעזרת מחלקת ההתיישבות של משרד הביטחון והמרכז החקלאי.
עם העלייה על הקרקע הוחל בחריש ובזריעה. לקיבוץ החדש הוקצו כ-7,000 דונם, רובם אדמת מרעה ונרכש עדר בן למעלה ממאה כבשים והוקמה מחלבה. רוב המתיישבים היו בגיל צעיר בשנות העשרים לחייהם. כמה מאנשי לח"י חברי הגרעין, היו אנשי לח"י בארצות הברית שנקלטו יפה במקום.
המקום שנבחר היה די מבודד ופרוץ, רחוק מכל כביש ודרכי עפר. היה זה מעין שטח הפקר. הקיבוץ החדש סבל ממקרי הסתננות רבים, מגניבות של יבולים, מבעיית מחסור חמור במים ואם לא די בכך פקדה את הקיבוץ הצעיר מכת עכברים, חולדים ועכברושים למיניהם שפגעו ביבולים. במשך שנת קיומו של נוה יאיר נהרגו מספר חברי גרעין הקיבוץ. ב-23 באוגוסט 1949 נהרג חבר גרעין מאיר ניידיץ במהלך סיור שמירה. בעיתונות דאז נכתב כי נהרג מ"כדור תועה בשדה בקרבת קיבוץ". מעיון באתר עמותת הנצחת מורשת לח"י אני למד כי האירוע התרחש "בשעת התנגשות עם האויב". בן 19 בלבד היה במותו.
ביום 22 בדצמבר 1949 עלתה מכונית של קיבוץ נוה יאיר על מוקש. נהג המכונית חבר הגרעין נהרג. כעבור כחודש, ב-26 בינואר, 1950 יצחק בלאושטיין בן 22 חבר קיבוץ נוה יאיר מיוצאי הונגריה, נמצא הרוג בוואדי באזור הנגב. הוא עזב את הקיבוץ ביום 11 בינואר כדי להשתתף בפגישת עובדי פלחה שנערכה בבאר שבע מטעם "מפעל הנגב" ומאז נעלמו עקבותיו. הערכה היא כי המנוח חזר בטרמפ שהורידו כמה קילומטרים מהקיבוץ והחליט ללכת משם ברגל עד לכיוון הקיבוץ. בדרך נתפס על-ידי מסתננים שרצחו אותו והשליכו גופתן לוואדי.
התנאים הקשים וחילוקי דעות אידיאולוגיים עקב דרישת כמה חברים מגרעין המתיישבים, שהקיבוץ יצטרף ל"קיבוץ המאוחד", הובילה לגלי עזיבה ולבסוף נשארו קומץ חברים. ב-20 ביוני 1950 שנה לאחר הקמתו הודיעו חברי הקיבוץ הנותרים לאברהם הרצפלד, מנהל המרכז החקלאי, על פירוק הקיבוץ.
מאחר שאזור שטח הקיבוץ, נחשב בעל חשיבות ביטחונית, כדי לא להפקיר את המקום נשארו בקיבוץ מספר מאנשיו כדי לשמור על המקום עד לבוא גרעין מתיישבים אחר. ואכן, תוך מספר חודשים עלה בשטח הקיבוץ גרעין הכשרה עין השלושה מתנועת "הנוער הציוני" מיוצאי דרום אמריקה. הם התיישבו בשרידי המבנים של הישוב העזוב נוה יאיר ובנובמבר 1950 עברו לישוב קבע כ-2.5 ק"מ דרומה משם והקימו את קיבוץ עין השלושה הקיים עד היום.
