סניגורו של בנימין נתניהו, עו"ד בועז בן-צור, טוען (11.1.23), כי קיימות אינדיקציות נוספות לכך שהחקירה בתיק 4000 החלה עוד בטרם ניתן אישורו של היועץ המשפטי לממשלה דאז, אביחי מנדלבליט, כנדרש בחוק יסוד הממשלה. עו"ד פולינה גובזמן-קריב, החוקרת הבכירה של רשות ניירות ערך בפרשה, אישרה בחקירה הנגדית, כי בסוף ספטמבר או בתחילת אוקטובר 2017 הוכנה תוכנית חקירה, שכללה את שאול אלוביץ ואחרים. לדבריה, המהלך נעשה לאחר שהתקבל אישור לחקור את המניע לפעולותיו של שלמה פילבר לטובת בזק. מנדלבליט אישר ב-2.10.27 לחקור את פילבר. בן-צור טען, כי מדובר היה למעשה בחקירה הנוגעת לנתניהו אשר נוהלה ללא אישורו של מנדלבליט. קריב השיבה: "קיבלנו אישור לחקור את המניע של פילבר, כולל כל הנחקרים שם. גם לחקירת פרשה 3 [הסתעפות פרשת בזק שהפכה לתיק 4000] ניתן בזמנו אישור לעצם החקירה; פה היא הורחבה לשאלת המניע. החקירות של שאול וכל יתר המעורבים התחילו לפני והורחבו".

"עשינו עבודה הכי טובה שיכולנו"

עוד עסק בן-צור בכך שהחוקרים לא בחנו את התשובה ששלח משרד התקשורת לרשות ניירות ערך באוגוסט 2015, בנוגע לאישור מיזוג בזק-yes חודשיים קודם לכן. בתשובה זו נאמר כי הטיפול במיזוג החל כבר במרס 2015 (שלושה חודשים לפני כניסתו לתפקיד של פילבר) ונתניהו חתם על האישור, בו לא הוצגו תנאים לבזק, על-פי המלצת הדרג המקצועי. קריב השיבה: "חשבנו שהמסמך מתאר את מה שהם החליטו, לא את מה שעמד מאחורי זה". בן-צור: לא נראה לך שזה מהותי מאין כמותו, שזה נתון משמעותי שצריך להציג אותו לנחקרים?". קריב: "היה צריך להציג. בחנו את התהליך ואת תחילת הפעילות של אישור המיזוג במרס. לא ראינו את התיק ככזה שזה התחיל עם פילבר. זה לא התחיל ביוני". בהמשך העיר בן-צור: "אין ספור מסמכים מהותיים מאוד נעלמים מהחקירות. זה הכל פרי תקלות מקריות שמצטרפות לכלל אחדות מושלמת?". קריב: "עשינו עבודת חקירה הכי טובה שאנחנו יכולים. נתפסו המון מסמכים, נעשו המון פעולות חקירה". עוד שאל בן-צור, מדוע החוקרים לא הציעו במפורש לפילבר, אלוביץ וניר חפץ להיות עדי מדינה, אם לדעת קריב זוהי אחת הדרכים לגילוי האמת. קריב השיבה: "זו המדיניות". השופטת רבקה פרידמן-פלדמן: "למה לא אומרים לאדם: אנחנו מציעים לך תהיה עד מדינה?". קריב: "עדיף מבחינתי שיספר [בלי להיות עד מדינה]. זו ההתנהלות שלנו כיחידה". השופט משה בר-עם: "לא מציעים בצורה מפורשת אלא רומזים?". קריב: "זה לא עולה בהרבה חקירות שלנו. בחקירה הזאת מראש הובלנו פחות את הנושא הזה". בר-עם: "את אומרת שעל-פי הנהלים אין מקום לומר לעד בצורה מפורשת להיות עד מדינה, אלא במילים משתמעות". קריב: "אמרתי לאלוביץ שאחת האפשרויות לומר את האמת היא להיות עד מדינה, אבל זה לא נושא שהובלתי. אני לא יודעת אם זה נוהל כתוב; כך הבנתי ברשות, שלא מציעים עד מדינה בצורה מפורשת". בן-צור: "מבחינה משפטית יש בעיה להציע לאדם להפוך לעד מדינה". קריב: "אנחנו מאוד נזהרים, לא מציעים במפורש". בר-עם: "במרומז - כן". קריב: "אפילו בחקירה של אלוביץ ההתייחסות שלי מאוד מינורית. מבחינתי הכל נעשה בצורה לגיטימית". בר-עם: "הצעת לאלוביץ במרומז להיות עד מדינה". קריב: "שמתי את זה על השולחן כאחת האופציות". בן-צור ציין, כי בכל ההסכמים עם עדי המדינה בתיק נאמר שהם פנו מיוזמתם, בעוד המצב היה ההפך. בר-עם הגיב: "היא לא מנסחת את ההסכמים". קריב אישרה, כי החוקרים לא ביצעו בדיקות רוחביות כדי לבסס את טענת הסיקור האוהד לנתניהו בוואלה. הם לא בדקו פניות של פוליטיקאים אחרים למנכ"ל האתר דאז, אילן ישועה; לא בדקו את סיקורו של נתניהו באתר זה ובאמצעי תקשורת אחרים; לא בדקו את התנהלותם של ראשי ממשלה קודמים. קריב הסבירה, כי החקירה התמקדה בפניותיו של אלוביץ לישועה בנוגע לנתניהו, ואשר הפכו להנחיות של ישועה למערכת האתר.

"וואלה היה קצת פחות עוין"

דוד שרן, שהיה ראש הסגל של נתניהו, אמר בהמשך חקירתו הנגדית, כי "מצופה מהדוברים של ראש הממשלה לדבר עם בעלים ועורכים ראשיים". הוא דחה את טענת התביעה ולפיה וואלה היה אוהד לנתניהו: "ynet היה הכי שמאלי, היה הכי עוין לנתניהו ותומכיו וביצע את הכי הרבה הטעיות. וואלה היה קצת פחות. ynet עיוותו הרבה דברים; וואלה פחות. "לא הייתה בלשכה הרגשה שוואלה אוהד לנו. הוא לא נתן את הסיקור האובייקטיבי המצופה ממנו. לא שמעתי את נתניהו מבטא העדפה לוואלה באיזושהי דרך. מעולם לא אמר מישהו בלשכה שעם וואלה קל לנו להכניס דברים. פוליטיקאים נפגשים כל הזמן עם עיתונאים, משפיענים, עורכים ובעלים". שרן אישר, כי נושא הסיקור של נתניהו בוואלה לא עלה בדיונים על הסדר ניגוד העניינים שלו, אשר ניהלה היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה, עו"ד שלומית ברנע-פרגו, לאחר פרסום תחקיר הארץ בשלהי 2016. בן-צור העיר, כי בעוד שבזמן אמת לא טענו הגורמים המשפטיים שהיה סיקור שכזה וכלל לא עסקו בו, הרי שכתב האישום מבוסס על אותה טענה.