שתי אניות המעפילים הגדולות ביותר: "פאן יורק", ששמה הוסב ל"קיבוץ גלויות", ו"פאן קרסנט", ששמה הוסב ל"עצמאות", חוללו משבר פנימי חריף מאוד בהנהגת הישוב בפרוץ מלחמת העצמאות. ה"פאנים"
1 נקנו במארס 1947 בארצות-הברית במחיר גבוה יחסית: בעד כל אחת מהאניות – שנועדו במקור להובלת בננות – שולמו מאתיים אלף דולרים. שתי האניות הפליגו לאירופה תחת דגל פנמה והוכשרו למשימתן החדשה בנמלי ונציה שבאיטליה וקונסטנצה ברומניה. השיפוצים, הסבת האניות וההכנות האחרות עלו חמש מאות אלף דולרים. כשעגנה "פאן קרסנט" בנמל ונציה חיבל בה איש-צפרדע, שליח הבריטים. היא תוקנה, ובאוקטובר 1947 הגיעה גם היא לנמל קונסטנצה, ושתי האניות עגנו בו שלושה חודשים.
חמישה חודשים לפני כן, במאי 1947, הציעו שליח-העלייה משה אגמי, איש "הקיבוץ המאוחד", ושליח המפלגה הרביזיוניסטית יוסף קלרמן עסקה לאיש הממשל הרומני בודנראש: לשחרר את רומניה מחמישה-עשר אלף יהודים, שיוסעו ברכבות מרומניה לנמל בורגוס שבבולגריה, ושם יעלו על ה"פאנים", עם כמה מאות יהודים בולגרים, יפליגו לארץ-ישראל, וינסו לפרוץ את ההסגר שהטילו הבריטים על חופיה. תוך כדי הכנות למבצע זה, שנועד להיות שיאו של המאבק נגד סגירת העלייה, חלו שינויים במצב המדיני: העצרת המיוחדת של או"ם מינתה את ועדת-אונסקו"פ, וזו המליצה על חלוקת ארץ-ישראל; העצרת הכללית דנה בהמלצות ועדת-אונסקו"פ. ההנהגה הציונית החליטה למתן את המאבק נגד הבריטים ולעכב את הפלגת ה"פאנים". אחרי החלטת 29 בנובמבר קיוו המנהיגים שאם יעמידו הבריטים את נמל תל אביב לרשות המדינה-שבדרך, כהמלצת העצרת, יעלו יהודים לארץ-ישראל בלי הגבלה כבר בפברואר 1948, ועל-כל-פנים ודאי יוכלו לעשות זאת מרגע הכרזת העצמאות, 15 במאי 1948 ואילך. בתקופת-הביניים, מדצמבר 1947 עד מאי 1948, העדיף בן-גוריון להאט את ההעפלה, או לפחות את ההעפלה ההמונית והראוותנית, להפנות את כל המשאבים למלחמה, ולא לתת פתחון-פה נוסף למתנגדי החלוקה בממשל האמריקני.
בן-גוריון הורה לראש המפקדה הארצית, ישראל גלילי, להאט את ההעפלה ולהפחית את הפגניותה בגלל התנגדותו של שר-החוץ האמריקני, ג'ורג' מרשל, לתוכנית החלוקה. "הגופים ההתיישבותיים והרובד העילי של ה"הגנה" התנגדו למגמה זו," העיד גלילי. "הם לא היו בטוחים שבריטניה אומנם תפעל לפי החלטת עצרת או"ם, וסברו שהמעפילים הצעירים יהוו תגבורת לצבא. בן-גוריון שמע מפי התנגדות מפורשת להאטת ההעפלה, אף שהייתי בעד הפחתת ההפגנתיות."
2 יום אחרי החלטת החלוקה, ב-30 בנובמבר 1947, בחרה הנהגת-הסוכנות ועדת-שישה שתכריע בעניין הפלגת ה"פאנים". ארבעה מחברי הוועדה – בן-גוריון,
גולדה מאיר, משה שפירא ויצחק גרינבוים – התנגדו להפלגה. שניים, משה סנה ואליהו דובקין, דרשו שהאניות תפלגנה. פעילי העלייה לא ראו בברור את התמונה הכללית של המאבק, שההעפלה הייתה חלק ממנו; נפשם הייתה קשורה במבצע שיזמו, והם לא יכלו להעלות על דעתם שהעפלה – הצלת יהודים, אחד האמצעים העיקריים במאבק המדיני – עלולה להזיק. הודות למעמדם הכמעט-עצמאי התרגלו פעילי ההעפלה לזלזל בפוליטיקאים, וסברו שאלה אינם מבינים כראוי את המתרחש בשטח. ארבע טענות היו להם: א. זאת הזדמנות – אולי חד-פעמית – להוציא יהודים מרומניה. ב. אם יתבטל המבצע ישתבשו היחסים בין פעילי "המוסד" ובין שלטונות רומניה ובולגריה, ואולי גם יחסיהם עם שלטונות ברית-המועצות, שהסכימו למבצע. ג. המועמדים להעפלה, שכבר חיסלו את עסקיהם ורכושם ברומניה, יינזקו מאוד, וגם התנועה הציונית ברומניה תינזק, אם יבוטל המבצע. ד. ההעפלה מספקת חיילים לצבא העומד לקום.
טענות אלה של סנה, אביגור והשליחים, לא התקבלו על דעת המנהיגים המדיניים. אביגור והשליח לבולגריה, ישעיהו טרכטנברג (דן), נסעו לארץ-ישראל כדי לנסות לשכנע את המנהיגים, ויחד איתם נסע לארץ גזבר "המוסד" באירופה, פינו גינזבורג. ב-9 בדצמבר הציגו אביגור ודן את טענותיהם בישיבת מזכירות מפא"י בתל אביב, ובן-גוריון הציג את נימוקיו ואמר: "לא אפעל נגד החלטת המפלגה." חברי המזכירות לא נקטו עמדה חד-משמעית, החלטה לא נתקבלה וסוכם: יש לנסות למצוא מוצא.
3
למחרת ב-6 בבוקר קרא בן-גוריון להתייעצות את גלילי, אביגור ודן, ומצא את עצמו במיעוט של אחד נגד שלושה. לדברי גלילי לא היה בן-גוריון משוכנע בצדקת עמדתו, אך הושפע מלחציו של שרת.
4 אביגור ניסה לשווא לשכנע את בן-גוריון ואת גולדה מאיר לקבל את דעתו, בשיחות נפרדות ואישיות. בן-גוריון אמר לו ש
משה שרת נלחם בחזית המדינית הקשה ביותר, בארצות-הברית. הוא, בן-גוריון, יבטל את התנגדותו להפלגת ה"פאנים" רק אם שרת יסיר את התנגדותו לכך, ולפיכך על אביגור לנסות לשכנע את שרת. באותה שיחה הציע בן-גוריון לאביגור לפרוש מראשות "המוסד", להישאר בארץ-ישראל, ולסייע בארגון הצבא העברי לקראת המלחמה הממשמשת ובאה. הפעם עמד אביגור על דעתו: הוא לא יפרוש מ"המוסד", לפחות לא לפני שתסתיים פרשת ה"פאנים".
גם פינו גינזבורג נפגש עם בן-גוריון ועם גולדה וניסה לשכנעם להתיר את ההפלגה. בן-גוריון שמע את דבריו בדומיה ורשם אותם, ואחר-כך אמר לו: "שמעתי, רשמתי, נחליט ונודיע לכם. אתם תפעלו לפי החלטתנו." הוא לא ניסה לשכנע את גינזבורג, אך גולדה מאיר הסבירה לו: המאבק הציוני נכנס לשלב חדש, "יש לנו עניין לא רק עם האימפריה הבריטית אלא גם עם ארצות-הברית ועם או"ם. נשארו שישה חודשים עד מועד הכרזת המדינה, ומעשים לא-נכונים שלנו עלולים לקלקל הכול." אין היא מעלה על דעתה – אמרה גולדה מאיר – ש"המוסד" יפעל בניגוד להחלטות הסוכנות.
5
גינזבורג הציע לאביגור שהאניות תפלגנה "בלי ידיעתו", אבל ראש "המוסד" עדיין קיווה לשכנע את גיסו, משה שרת, לשנות את עמדתו. בגלל תקוות-שווא זאת, ומאחר שבן-גוריון היה האיש שנטע אותה בליבו של אביגור, התרשמו גינזבורג ודן שלדעת ראש "המוסד" על האניות להפליג ויהי-מה. גינזבורג חזר לז'נבה והודיע על התרשמותו זאת למשה אגמי ברומניה. ממשרדו של גינזבורג בז'נווה טלפן אהוד אבריאל
6 אל שרת בניו-יורק. התשובה שקיבל הייתה מעורפלת למדי, והשליחים באירופה הגיעו למסקנה: אם המנהיגים אינם מדברים בתוקף אפשר להעמיד אותם מול עובדות. זאב הדרי ו
זאב צחור כתבו בספרם שהשליחים שלחו מברקים, לשם ריכוך, לאביגור ולבן-גוריון, ובמברקים אלה הגזימו בתיאורי סבלם של המועמדים-להעפלה וסיפרו על אולטימטום שקיבלו, כביכול, מבודנראש, הדורש מהם למלא את חלקם בעסקה במועד שנקבע. בעקבות הריכוך בא המעשה. נקבע תאריך ההפלגה, 21 בדצמבר, והעולים הובאו ברכבות מרומניה לנמל הבולגרי. השליחים דיווחו על מעשה זה לאביגור. אביגור לא ענה. בארץ-ישראל אמרו אנשי "המוסד" לבן-גוריון שמשה שרת הסיר את התנגדותו להפלגה. בן-גוריון התקשר עם שרת והתברר ששרת מתנגד להפלגה. גם נחום גולדמן הודיע, מלונדון, על התנגדותו. בן-גוריון דרש מאביגור "לעצור את הגל הגואה של פריקת-עול." אביגור, שהשליטה על השליחים נשמטה מידיו, נזף בדן, אך לדבריו כבר לא הייתה השפעה. ישראל גלילי ומפקד-הפלמ"ח, יגאל אלון, סברו שאסור לעכב את הפלגת ה"פאנים", וגלילי אמר לבן-גוריון שמול השיקול הדיפלומטי של שרת וגולדמן "יש שיקול מזן אחר. איך אפשר להסביר לסובייטים ויתור על עליית חמישה-עשר אלף יהודים?" גלילי הורה לאלון לשלוח שדר לפלמ"חניקים שליוו את ספינות-המעפילים: ה"הגנה" והפלמ"ח מתנגדים לעיכוב, אבל אין להפר את מרות ההנהגה המדינית, והרי שליחי-הפלמ"ח כפופים, בנושאים המדיניים, לא למטה-הפלמ"ח, אלא לשליחי "המוסד".
7
השְדרים והדיווחים מארץ-ישראל עודדו את שליחי "המוסד" ואת הפלמ"חניקים להפליג. כנראה סברו שבסופו של דבר יקבלו אישור-בדיעבד להפלגה. יגאל אלון כתב: "אנשי הפלמ"ח (באירופה) הכפילו את מאמציהם כדי ליצור עובדה שאינה ניתנה לשינוי... כדי להכביד על הסוכנות, שלא תוכל לעמוד על דעתה, וכדי לתת בידיה, אם תאבה ואם תמאן, הוכחה במשאה-ומתנה עם הבריטים, שאין הדבר מצוי עוד בסמכותה ואין באפשרותה למנוע את ההפלגה."
8 אבל בן-גוריון ורוב חבריו בהנהגה המדינית עמדו על דעתם: לא להפליג. משה סנה התפטר מהנהלת הסוכנות היהודית ביום-ההפלגה המיועד, 21 בדצמבר, בגלל החלטת העיכוב.
9 השליחים לא עצרו את התהליך, אך הציעו פשרה: להוביל את האניות ישר לקפריסין. אחרי שיצאו האניות לדרך הזמין וניה פומרנץ (זאב הדרי), שניהל אז את סניף "המוסד" בצרפת, את הגיסים, שרת ואביגור, למסעדת נמל-התעופה בז'נווה. עוד לפני שטס מארצות-הברית לאירופה שוחח שרת בטלפון עם אבריאל, שדיבר ממשרדו של גינזבורג בז'נווה. גינזבורג העיד כי הוא סיפר לשרת שהאניות הפליגו, ושתשובתו הייתה: "תבוא עליכם הברכה ושיהיה בהצלחה."
10 השליחים נשמו לרווחה.
פגישת הגיסים במסעדת נמל-התעופה נמשכה שעה וחצי. שרת אמר כי הבריטים מוכנים לתרום את חלקם לפשרה, והשניים סיכמו: האניות תיכנסנה לים-התיכון ונוסעיהן ומלוויהן לא יתנגדו לאניות-המלחמה הבריטיות ויובלו לקפריסין למחנות-המעצר. המלווים, אנשי הפלמ"ח, קיבלו את הדין, אף שראו בו השפלה. ב-31 בדצמבר 1947 השתלטו הבריטים על ה"פאנים" בלב-ים, ללא התנגדות, והמלווים נכלאו במחנות. יגאל אלון סיפר: "שמע המעשה הגיע לארץ ועורר התמרמרות רבה בכל יחידות הפלמ"ח, שכבר עמדו בעיצומה של מלחמת-הדמים."
11
משבר ה"פאנים" היה ביטוי קיצוני לניגודים בין מסלולי המאבק הציוני, במקרה זה בין המבצעים ובין המדינאים. ב"שדה" פעלו אלפי אנשים, אבל השיקולים המדיניים היו נחלת מעטים שקיבלו על עצמם אחריות גם למעשים מנוגדים להשקפת-עולמם. התברר שיחסי הדרג המדיני עם הדרג המבצעי אינם מקבילים להירארכיה צבאית. השליחים העזו לעמוד על דעתם, אף שרובם היו מנאמני בן-גוריון, מפני שהיו שליחי-ציבור, לא פקידים ולא פַקודים. הפשרה – להוציא את חמישה-עשר אלף היהודים מרומניה ומבולגריה וגם לספק את התביעות הדיפלומטיות של שרת וגולדמן – מנעה התנגשות גלויה ואולי גם מנעה פרישה. לא פעם הגיעו הנאמנים-למנהיגות אל סף הפרת המרות הלאומית, אבל לא עברו אותו. הם היו נאמנים לעקרון הנאמנות למוסדות הנבחרים של המדינה שבדרך.