יחידות פלמ"ח, פקודיו של יגאל אלון, מפקד הפלמ"ח, ביצעו את רוב היוזמות הצבאיות בארבעת החודשים הראשונים של המלחמה, כשהפיקוד העליון נקט באסטרטגיה של דחיית הכרעה וטקטיקה של הגנה ולוחמה זעירה וכדי לחפות על בניית חמשת החטיבות החדשות. אלון התכוון לפקד על המבצעים הגדולים כשתעבור ה"הגנה" לאסטרטגיה התקפית של הכרעה.
1 ביום האחרון של מארס הוא מונה לפקד על המבצע הגדול הראשון, "נחשון", לכבוש את הכפרים הערביים בדרך לירושלים מקיבוץ חולדה, לסלק את תושביהם ולהרוס את בתיהם. אבל הוא לא פיקד עליו מפני שנתקע בגוש-עציון בגלל פרשת נבי דניאל.
2 במקומו מונה מח"ט "גבעתי", שמעון אבידן.
3 גם בקרבות משמר-העמק, רמת יוחנן, טבריה,
4 וב"מבצע הראל" שהמשיך את "מבצע נחשון", הוא לא השתתף ולא הייתה לו השפעה עליהם.
במחצית אפריל מונה קצין המבצעים שלו, יצחק רבין – שהודח חודש קודם מפיקוד על הדרך לירושלים ועסק בקשר שבין מטה הפלמ"ח למטכ"ל – למפקד "מבצע הראל" שגדודיו הפכו ל"חטיבת הראל". אלון נשאר לבדו, חסר תעסוקה, עם כמה פקידות וקצינים זוטרים במטה הפלמ"ח שעה שמפקדי החטיבות והגדודים של הפלמ"ח תפקדו "פוּל טַיים".
השאיפה והתחזית של אלון מתחילת המלחמה, שהפלמ"ח יהיה אוגדת-מחץ תלת-חטיבתית בפיקודו, לא התממשה ומטה הפלמ"ח שעדיין לא פורק, אך בן-גוריון זמם לפרקו, לא היה מבצעי. אלון ניסה ללא הצלחה להיאבק על עצמאות הפלמ"ח. ב-18 באפריל הוא דרש מהרמטכ"ל בפועל, יגאל ידין, שיעביר פקודות לחטיבת "הראל" באמצעותו בלבד, והציע שהוראות מהמטכ"ל תופנינה ל"מועצה"
5 כהסדר מחייב והיא תדאג לביצוען. להצעתו הוא צירף אזהרה: "אם הצעתי לא תתקבל, לא אהיה אחראי לביצוען".
6 ידין קיבל לכאורה את ההצעה כדי להרגיע את אלון המתוסכל, אך לא התכוון לממשה כי למטה הפלמ"ח לא היו אמצעי שליטה על יחידותיו.
7