נראה שלא היה לארגון ה"הגנה" מידע על כוונת האצ"ל לתקוף את יפו למרות ההכנות הגלויות שקדמו להתקפה. זה היה כישלון גדול של המחלקה היהודית בש"י, שבראשה עמד אז איסר הראל, לימים ראש "המוסד" והשב"כ בישראל. במקביל לאצ"ל, גם לארגון ה"הגנה" היו תוכניות ביחס ליפו אך למרות ההחלטה הפוליטית לאחד את הארגונים, הפיקוד העליון נמנע מלהחליף מידע עם האצ"ל, וכך הוא הובך בהתקפת האצ"ל על יפו. כבר ב-26 במארס שלח הרמ"א ישראל גלילי הוראה בכתב למפקד חטיבת "קרייתי" התל אביבי, מיכאל בן גל, כיצד לנהוג בתושבים הערביים שה"הגנה" תכבוש את יישוביהם: "התנהגות הכנסת¹ כלפי הערבים בתחום הנועד למדינה העברית, או בשטחים יהודיים רצופים, שבהם יושבים הערבים במובלעות, נגזרה מן המדיניות של התנועה הציונית – הכרת מלוא זכויותיהם, צורכיהם וחירותם של הערבים במדינה העברית, ללא הפליה, שאיפה לחיים משותפים של חופש וכבוד. ממדיניות זו אפשר לסטות בתוך המערכה רק אם תנאי הביטחון וצורכי המערכה מחייבים זאת. הפיקוד העליון מינה ועדה, לקבוע בכל מקום – יחד עם מפקד החטיבה או שליחו – את כללי ההתנהגות עם היישובים (הערביים) שבשטח היהודי הרצוף. המטרה היא לשמור בהתקפה על צורכי הביטחון ועל שלומם וצורכיהם של הערבים". חברי הוועדה היו גד מכנס ויהושע פלמון מהמדור הערבי שבמחלקה המדינית של הסוכנות, ומשה דיין שהיה אחראי על הביטחון השוטף במטכ"ל.² כללי התנהגות אלה מלמדים שמנסחיהם לרבות משה דיין, לימים רמטכ"ל ושר ביטחון, לא הבינו את הוויית הצבא והמלחמה, ולא היה להם מושג כיצד תתפתח מלחמה. בשום מקום לא נשמרו כללים אלה לאורך כל המלחמה ובחלק גדול מן המקרים תִפקוד הגייסות היה הפוך לחלוטין.

הוראה זאת של הרמ"א למפקד חטיבת תל אביב מלמדת על תכנון למבצע של ה"הגנה" לכיבוש יישובים ערביים בסביבות תל אביב. אשר ליפו, היו חילוקי דעות בין הפיקוד העליון שהעדיף להשתלט על שכונות וכפרים מסביב לעיר הערבית, להטיל עליה מצור וכך להכניע אותה, לבין אנשי המטה של חטיבת "קרייתי" שביקשו לתקוף את העיר ולהשתלט עליה ובכך לשים קץ להטרדות ולפיגועים מצִדהּ. מניין ההרוגים מאש שנורתה מיפו על תל אביב, עד מתקפת האצ"ל, היה מאה עשרים וחמישה הרוגים מהם שמונים וחמישה אזרחים. עשרים אלף יהודים ברחו מגבול תל אביב–יפו והכבידו מאוד על העיר. המח"ט מיכאל בן גל ואנשי מטהו ביקשו לשים לכך קץ. חילוקי הדעות הסתכמו ב"תוכנית מאי" שעל פיה יוקם ב"קרייתי" גדוד חי"ש חדש שיכבוש את השכונות מנשייה, אבו כביר ותל אל-ריש ואת הכפרים יאזוּר וסלמה. מפקד חזית הדרום של "קרייתי", ישראל שחורי, הציע לכבוש את מנשייה, שאותה תקף האצ"ל, כבר בסוף מארס, אך מבצע "נחשון" להשתלטות על הדרך לירושלים³ שעליו הוחלט ביום האחרון של מארס, וחשש מתגובה בריטית, גרמו לדחיית ההצעה.⁴ ב-22 באפריל, שלושה ימים לפני התקפת האצ"ל, פוצצו חבלני חטיבת "קרייתי" בפיקודו של קצין החבלה אברהם (אברשה) אהרונסון, שלושה בתים בשכונת מנשייה וערבים אחדים נהרגו בבתים אלה.⁵ באותו יום ניסו ערבים להפגיז במרגמה שכונות בתל אביב. הפצצות של המרגמה לא התפוצצו. כוח ערבי שתקף עמדה של ה"הגנה" בגבול תל אביב–מנשיה ברח נוכח אש מצד אנשי העמדה.⁶

סמוך להתקפת האצ"ל הטיל הפיקוד העליון על חטיבות "קרייתי" ו"אלכסנדרוני" לתכנן פעילות התקפית על יפו וסביבתה. ב-22 באפריל הוציא הפיקוד העליון פקודה מקדימה לאותו מבצע ושמו "חמץ" כי התכנון אמור היה להתבצע בחג הפסח. מועד תחילת המבצע נקבע לאחר הכרזת העצמאות. אבל התקפת האצ"ל טרפה את הקלפים.⁷ ב-24 באפריל הכריז בן-גל על "גיוס פסח" במחוז תל אביב: כל גדודי החי"ש, שלושה גדודי חיל משמר שגיוסם לא היה מלא עד אז, וכן מאה וחמישים נערים לשירותי קשר. אהרונסון הכין פצצות תבערה ופצצות גז מדמיע ויחידת הקשר הייתה בכוננות.⁸ מנתונים אלה מסתבר שלא רק האצ"ל תכנן לכבוש את יפו המתמוטטת, אלא גם ה"הגנה". אפשר להניח שכאשר נודע, במאוחר, למפקדי ה"הגנה" שאנשי האצ"ל מתכוונים לתקוף את יפו, החליטו להקדימם, אף שגם לאחר מעשה לא סברו שהייתה הצדקה להתקפה זו. ב-25 באפריל, יום ההתקפה של האצ"ל, פקד יגאל ידין על מח"ט "גבעתי" שמעון אבידן לכבוש את יפו. למבצע ניתן השם "יונה". במסמך ראשון, ויחיד, הקשור למבצע זה כתוב: "בימים האחרונים נראים סימני התמוטטות ביפו. הבריחה גוברת, בעיקר דרך הים, עקב מחסור בבנזין. הבהלה בקרב האוכלוסייה גדולה. יש לשער שגם הלוחמים מבוהלים, אם כי הם עדיין בעמדותיהם. 'הפורשים' עומדים להתחיל בכל רגע בפעולה נגד שכונת מנשיה. הם הציבו כוחות ליד מקווה-ישראל לפגוע בתחבורה ליפו. "המגמה: כיבוש יפו והחזקתה. גבעתי⁹ יפקד על המבצע בהתאם למכתב מאג"ם".¹⁰ בשבוע הבא: הכנות לקויות למבצע של האצ"ל לכיבוש יפו; הלקח מתִפקודו של מנחם בגין ומתִפקודם של לוי אשכול, גולדה מאיר ואהוד אולמרט; ראש המִפקדה הארצית של ה"הגנה" פונה לראש עיריית תל אביב, ישראל רוקח, למנוע את התקפת האצ"ל על יפו; נאום מנחם בגין באזני היוצאים לקרב; מפקדי אצ"ל מסרבים לשתף לוחמים מלח"י בהתקפה

1. מטכ"ל ארגון ה"הגנה" וארגון ה"הגנה". 2. א"צ, 26 במארס 1948. 3. ראו כרך שמונה של סדרת הספרים "בשדות הקרב של מלחמת העצמאות": "מבצע נחשון וקרב הקסטל". 4. "המערכה על יפו בתש"ח", עמ' 91-88; על המלחמה במרחב תל אביב מפרוץ מלחמת העצמאות ועד המתקפה של האצ"ל על יפו, ראו בכרך העשירי של סדרה זאת: "בריחת רבין משדה הקרב", שער ה', "גוש-דן", עמ' 194-163. 5. א"צ, אל קרייתי מאת נילי, 23 באפריל 1948; אל חכמי מאת נחמני, 24 באפריל 1948. 6. א"צ, אל חכמי מאת נחמני, 24 באפריל 1948. 7 "המערכה על יפו בתש"ח", עמ' 95. 8. א"צ, מאת קרייתי, פקודת גיוס פסח, 24 באפריל 1948. 9. מפקד חטיבת "גבעתי", שמעון אבידן. 10. א"צ, תעודה למבצע "יונה".