בשנים הראשונות לאחר הקמתו הגיעו התלמידים מההתיישבות העובדת: מקיבוצים, מושבים ומושבות בעיקר מהגליל. בהמשך הצטרפו תלמידים עירוניים רבים. התלמידים העירוניים היו תלמידי גימנסיות שסיימו לפחות 10 שנות לימוד. לביה"ס כדורי התקבלו בנים בלבד בני 18-16 שהם או הוריהם היו תושבי הארץ. לכל מחזור התקבלו לאחר בחינות מיון כ-25 תלמידים מבין עשרות מועמדים שביקשו להתקבל. שכר הלימוד עמד על 24 לא"י, נמוך בהשוואה לבתי ספר אחרים. תוכנית הלימודים בשנים הראשונות כללה את מדעי הטבע מדעי החיים והחקלאות בלבד. בהעדר חומרי למידה בעברית השתמשו בספרי לימוד באנגלית וברשימות שהכינו המורים. ארבע שעות ביום הוקדשו ללימודים בכיתה ובמעבדות. רמת הלימודים הייתה גבוהה והתלמידים השקיעו מאמצים כדי לעמוד בדרישות הלימודיות. ביוזמתו של המנהל הראשון שלמה צמח החל מחזור א' במסורת "בחינות הכבוד" שלפיה המורה מגיש לתלמידים את טופסי הבחינה ויוצא מן הכיתה. מסורת זו הייחודית לביה"ס, נמשכה עד שנות השמונים. רק אחרי קום המדינה שולבו לימודים המוניסטים ועבריים בתוכנית הלימודים.

שטחו הכולל של בית הספר עם הקמתו עמד על כ-2000 דונם. בית הספר כלל עם הקמתו את הבניין המרכזי בן 3 קומות (הקיים עד היום) והמשק החקלאי. הבניין המרכזי הוקם ב-1933 ותוכנן על-ידי האדריכל הבריטי אוסטן הריסון. הריסון השתמש במוטיבים של קשתות בקומת הקרקע, ובחלונות רבועים בקומה השנייה. הבניין הראשי נבנה מאבן גיר אפורה, שנחצבה ביער בית קשת. בניגוד למראה החיצוני המרשים הייתה הבנייה הפנימית מינימליסטית, מבנה בית הספר זכה לכינוי "המנזר" בשל בדידותו והעובדה שלמדו בו בנים בלבד. במשך 15 שנה בין השנים 1948-1934 שימש המבנה הראשי לכל תפקידיו בצרכיו של המוסד כולל הפנימיה, והכיל למעשה בתוכו את כל בית הספר. בקומת הקרקע היו דירת המנהל, מגורי המורים, מעבדות, כיתות לימוד, ספריה, משרדים, חדר אוכל, מטבח ומכבסה. בקומה הראשונה מוקמו אולמות השינה והמקלחות. בקומה השנייה נבנתה מרפאה, חדר חולים ומגורי אם הבית לאורך השנים הראשונות לקיומו סבל בית הספר כדורי ממחסור במים. ב-1934, נחפרה במקום באר מים, וזו ספקה במשך כמה שנים את תצרוכת המים לשימוש בית הספר. באותם ימים, שימשה בריכת האגירה, אליה הועברו מי הבאר, בריכת שחייה לתלמידי כדורי. מספר קידוחים נעשו באזור המשק עד שבסופו של דבר נמצא מקור מים שפתר את הבעיה. לצורך הזרמת המים הוקם מגדל מים הקיים עד היום. הגובה הכולל של המגדל 21 מ'. כיום המגדל אינו פעיל.

בשנת 1935 נבנו שלושה בתים למורים בעלי המשפחות שעד אז התגוררו בבניין המרכזי. הבתים כונו "בתי המורים". סגנון בנייתם היה דומה לזה של הבניין הראשי, בנייה באבן בסיתות עדין. גם מבנים אלה תוכננו ונבנו בידי המחלקה לעבודות ציבוריות של ממשלת המנדט. משפחות מורים ואחר כך עובדים התגוררו בבתים אלה עם משפחותיהם עד סוף שנות השבעים ואחר כך הוסבו ליעדים אחרים. עם קבלת יתרת עזבונו של סר אליהו כדורי נבנו שני מבני פנימייה וכך התאפשרה קליטה של תלמידים נוספים ומספר התלמידים גדל בהדרגה. בשנת 1952 נקלטו לראשונה בכדורי בנות-תלמידות וכן בני מיעוטים. בהדרגה נוספו עוד שנות לימוד ומשנות ה-60 החלו ללמוד בכדורי במסלול ארבע שנתי המקנה תעודת בגרות. בשנת 1977 הפך בית הספר לכפר נוער ממשלתי שאליו מגיעים תלמידי האזור ותלמידי פנימייה ממקומות שונים בארץ. כיום לומדים בו ילדי המועצה האזורית גליל תחתון והמועצות המקומיות כפר תבור, כפר כמא ויבניאל. אלה לומדים יחד עם תלמידי פנימייה המגיעים מכל רחבי הארץ לצד כיתות נעל"ה (נוער עולה ללא הורים). שילוב זה יוצר מפגש בן תלמידים יהודים ותיקים ועולים, דרוזים, מוסלמים, ונוצרים. מתוך המציאות בבית הספר צמחה כאן התוכנית "רב תרבותיות" - דרך חיים שמטרתה להנחיל לתלמידים את התפיסה התרבותית המעודדת סובלנות וכבוד לתרבויות שונות.

המשק החקלאי ב"כדורי" כלל בעשוריו הראשונים של בית הספר גידולי שדה - פלחה תבואות ובהמשך גן ירק, מטעים וחממה ומשק חי שכלל רפת, דיר, אורווה, לול ומכוורת. התלמידים השתלמו בענפים השונים. היה זה משק מתקדם וחדשני לתקופתו. שטחו של המשק החקלאי היה כ-1500 דונם והוא כלל מספר מבני אבן שנבנו מאבן גיר מסותת וגג רעפים. הרפת הייתה המבנה המרכזי במשק ולצידה ענפי החי האחרים. לאחר קום המדינה הוגדלה מכסת הקרקע לכ-3000 דונם. כיום לצד משק חי הכולל רפת, דיר ואורווה מגדלים במרבית השטחים תבואות ומספוא. מחקרים ניסוים והידע שהצטבר כאן במהלך השנים תרמו לקידום החקלאות. כל העבודה החקלאית בוצעה על-ידי התלמידים בהנחיה של מדריך הענף. עיקרון חשוב במשק החקלאי בכדורי היה עיבוד התוצרת וזו בוצעה במחלבה ובבית השימורים שפעלו בשטח בית הספר. התוצרת החקלאית, דבש, חלב, ביצים, ירקות, פירות ובשר נמכרו וההכנסה הועברה למשרד החקלאות. מוטי פרנק בוגר בית הספר מספר כי היה זה משק חקלאי מצליח לכל דבר. העבודה החקלאית הייתה מרכיב ערכי ומשמעותי במבנה הלימודים בבית הספר ואחד ממוקדי המשיכה לתלמידים. שנים רבות עבדו התלמידים חצי יום במשק ולמדו חצי יום בכיתות ובמעבדות. תלמיד עבר בסבב בין כל הענפים החקלאיים. משאת הנפש של רוב התלמידים הייתה העבודה בפלחה עם טרקטורים. התלמידים נטלו חלק פעיל בסידור העבודה ובאחריות על ענפי המשק השונים. בהדרגה הצטמצמו שעות העבודה של התלמידים במשק והיום מרבית העבודה מתבצעת על-ידי צוות העובדים בכפר הנוער ולצידו התלמידים.

הרפת הייתה הענף המרכזי של המשק החקלאי. המבנה המרכזי ברפת והחצר לידה שימשו את הרפת ושהיית הפרות. המבנה ממזרח לרפת שימש כאורווה לבהמות העבודה ואילו המבנה ממערב לרפת שימש משנת 1937 כתחנת משטרת היישובים העבריים - כוח המשטרה של היישוב היהודי שפעל בחסות ממשלת המנדט. הגפירים יצאו מהתחנה למשימות שמירה במושבות שבסביבה. מספרים כי הפרות בכדורי הצטיינו בתנובת חלב גבוהה. עד הקמת המדינה התבצעה חליבה באופן ידני על-ידי התלמידים. החלב הועבר על גבי קרונית לעיבוד במחלבה הסמוכה לרפת. עם הקמת הרפת המודרנית החדשה בשנות השישים מתפנה המבנה ובשנות השמונים הוקמה במקום האורווה של כדורי. בשנת 1996 עבר המבנה שיקום ושימור והפך לאחד מאתרי הביקור במתחם בית הספר.

מהקמת בית הספר ועד קום המדינה ליווה נושא הביטחון את חיי היום יום בכדורי. בתקופת ה"מרד הערבי" (1939-1936) שמרו התלמידים על השדות. הם התגייסו להגנה ולמשטרת היישובים ועם הקמת הפלמ"ח בקיץ 1941 התגייסו רבים מהתלמידים לשירותיו. התלמידים והבוגרים עברו אימונים והשתלבו בהכשרות המגייסות בהתיישבות ובביטחון. בני המחזורים י"ב (1948-1946) י"ג (1949-1947) יצאו מספסל הלימודים לקרבות מלחמת העצמאות. כל אחד משני המחזורים האלה איבד 4 תלמידים במערכה. עד לסיומה של מלחמת העצמאות נפלו 48 בוגרים במערכה מתוך כ-320 בוגרים שסיימו עד אז את בית הספר. המחיר הכבד שגבתה המלחמה הוביל יוזמה של הנהלת בית הספר והמשפחות השכולות, החברים לנשק ותלמידי בית הספר, להירתם להקמת חדר זיכרון ואנדרטה לנופלים. הפסלת בתיה לישנסקי והאדריכל יעקב פינקרפלד עיצבו את חדר הזיכרון מעליו מתנוסס פסל הברונזה לזכר הבנים המתאר את התלמיד היוצא לקרב. האנדרטה ממוקמת ליד חורשת הנופלים באזור המזרחי של כפר הנוער כדורי.

בית הספר החקלאי כדורי היה תלוי בשנים הראשונות לקיומו בגנרטור דיזל (מחולל חשמל) לאספקת החשמל לצורכי בית הספר והמשק החקלאי הגנרטור היה ממוקם במבנה "בית הכוח הקיים עד היום, וממוקם ליד הרפת. במשך שנים רבות אחראי התחזוקה המהנדס פראייר עבר בין שני בתי הספר ע"ש כדורי בטול כרם והר תבור ודאג לפעולתו התקינה. רק בשנת 1962 חובר ביה"ס לרשת החשמל הארצית.

בקיץ 2009 התקבלה תרומה נדיבה מסר מייקל כדורי והנהלת כפר הנוער בשיתוף עמותת בוגרי כדורי. המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל והמועצה האזורית גליל תחתון הכינו תוכנית לשימור הבניין והפיכתו למרכז מורשת שהיה חלק מבית הספר. במהלך עבודות השימור שוחזרה ברובה הקומה הראשונה נחשפו מדרגות השיש המקוריות בכניסה והבניין נוקה מכל התוספות המכוערות והמכערות שנוספו לו עם השנים. בקומה הראשונה הוקמה תערוכת קבע המספרת את סיפורו ותולדותיו של כדורי באמצעות מסמכים צילומים תמונות מחזור של בוגרי כדורי לדורותיו ועוד. כמו-כן הוקם בבניין ההיסטורי חדר הנצחה לבוגרי כדורי שנפלו במערכות ישראל מימי מלחמת העולם השנייה במהלך שירותם בבריגדה היהודית, בצבא הבריטי, בהגנה, בפלמ"ח ובצה"ל.

במזרחו של מתחם "כדורי" הוקם גן פיאט לזכרו של המנהל האגדי של כדורי. הגן הוקם במקור בשנת 1960 על-ידי משפחתו, תלמידיו ומוקירי זכרו. פיאט ייחס חשיבות רבה לחינוך האדם באמצעות ההכשרה חקלאית ומקצועית ברמה הגבוהה ביותר. פיאט, אגרונום בהכשרתו הגיע ל"כדורי" ממקווה ישראל, שם עסק בהוראה, שימש כמנהל בית הספר כדורי מ-1927 עד שנת 1957, ושנתיים אחר כך המשיך בניהול השלוחה של כדורי בעכו ('יד נתן'). הזיכרון המיוחד וההערכה הרבה שנשאו איתם הבוגרים הובילו בזמנו להקמת האנדרטה והגן. בהספד על קברו אמרה רעיית הנשיא יצחק בן צבי רחל ינאית: "איש אדמה היה פיאט, מומחה בענפי החקלאות, מסור לעבודת האדמה בכל ישותו ואיש רוח. בכדורי התגלת בכל יפעת נפשך". פיאט נפטר ב-7 דצמבר 1959 תלמידיו ומוקיריו ביקשו שיקבר בשטח מתחם בית הספר כדורי שהיה ממקימיו וממעצביו. משרד הבריאות לא אישר זאת בטענה כי אין לקבור מתים שלא בשטח בית הקברות. לבסוף נקבר בבית קשת לצד תלמידיו שנפלו במלחמת העצמאות. מספרים שלקח קשה את מותם של תלמידיו שראה בהם כילדיו ונשא בכאב את מותם בגיל כה צעיר. הר תבור, שממול ביה"ס, היה יעד לטיולים ומסעות לילה לגיבוש וקבלה לחברת החניכים. בכדורי הונהגו מסורות שנשמרו במשך שנים. כך למשל תלמדי שנה ב' נהגו לערוך "טקס קבלה" לילי לתלמדי שנה א' שכלל הצלפות עם שמיכות. מסורת נוספת שהייתה נהוגה בכדורי: מסיבת הסיום של כל מחזור הסתיימה בהשלכת הפעמון שהעיר את התלמידים, לבאר. ועוד כהנה וכהנה. שוחחתי לא פעם עם בוגרי כדורי. לכולם או לפחות לרוב רובם פינה חמה בלב למוסד החינוכי בו למדו. אומר חיימקה אבני שהיה תלמיד בכדורי: "בביה״ס ״כדורי״, למדתי כיצד להפוך מילד שובב לנער מתבגר ורציני. המסורת, המורשת וההווי שהיו נהוגים בביה״ס עיצבו את דמותנו והפכו אותנו לנוער בוגר ואחראי הלומד ועובד במקביל וגאה במוסד ובמדינה. מיזוג הגלויות בקרב התלמידים, גרם לכולנו להכיר את האחר ולהתגאות בשילוב שנוצר". בוגרי ביה״ס התגייסו ליחידות מובחרות בצבא ולגרעי הנח״ל בישובי הספר.