תחקיר הארץ חושף את הסיפור המורכב מאחורי הקלעים של פרויקט אטלנטיס - מיזם שאפתני של צה"ל שתכליתו הייתה להפעיל מערכת שנועדה להצפת מנהרות חמאס באמצעות הצפתן במי ים בלחץ גבוה. הפרויקט, שתואר כפריצת דרך טכנולוגית להתמודדות עם אתגר תת-הקרקע בעזה, התברר ככישלון יקר וללא תועלת ברורה.
התוכנית, שהוצגה לציבור באווירת רעש וצלצולים של מיזם מבטיח, שנועד לשמש כמענה יצירתי למנהרות חמאס, גוועה בקול דממה דקה. אטלנטיס פותחה במטרה לנטרל את המנהרות ולהרוג בכירים בארגון באמצעות הצפתן במי ים בעוצמה גבוהה. התחקיר מגלה כי המערכת החלה לפעול בטרם ניתנו חוות הדעת ההכרחיות מצד אנשי המקצוע בשירות ההידרולוגי של רשות המים, ובעקבות לחצים שהופעלו ממפקד פיקוד הדרום, אלוף ירון פינקלמן, ובאישור הרמטכ"ל הרצי הלוי.
הפעלת המערכת נעשתה תוך סיכון אפשרי של חטופים ישראלים ברצועה, ובצה"ל לא יודעים לומר בוודאות אם הפעלה זו פגעה בחטופים. המערכת הופעלה לפחות במנהרה מרכזית אחת של חמאס, שהיוותה נתיב מרכזי עבור בכירי הארגון בשלבים שונים של המלחמה.
למרות הרצון להציג מערכת עובדת ומענה חדש, התגלו בעיות רבות בתהליך הפעלת אטלנטיס. לחוקרים הביטחוניים נודע כי חמאס מצא פתרונות להסטת מי הגשמים לנקודות ספיגה, מה שהפך את הפעלת המערכת לקשה עד בלתי אפשרית. התברר כי חמאס בנה את המנהרות במפלסים עם בורות ספיגה למי הגשמים ועם דלתות הדף, גם כלקח מהצפתן במי ביוב של מנהרות בידי המצרים.
לאחר מספר חודשים, הפסיק צה"ל את השימוש באטלנטיס, ולא ניתן היה להעריך את מידת הצלחתה או את הנזקים שנגרמו בעקבות הפעלתה. בצה"ל לא חיכו למסקנות, וכבר עברו לשלב הבא. אוגדה 162 נבחרה לקבלן מבצע, ועבודות התשתית הוטלו על לוחמי שייטת 13, שלמשך כמה שבועות הפכו ליחידת צנרת. המטרה המרכזית: חיבור צינורות ופריסתם בשטח הלחימה. "במשך חודש וחצי צה"ל נטרל אוגדה שלמה", סיפר בתחקיר אחד המפקדים שהשתתפו בהקמת התשתית, "הוא העסיק לוחמים בעבודות שרברבות ואבטחה של הצינורות, לאורך הרצועה, בשביל פרויקט שלצבא אין מושג אם יש לו בכלל היתכנות מבצעית".
דובר צה"ל מסר כי ההחלטה לפתח את התוכנית התקבלה למול האתגר שבפניו עמדו כוחות צה"ל בתמרון בעזה, וכי בוצעו ניסויים והכשרות לכוחות לפני הפעלתה. עם זאת, הטענה כי ייתכן שנפגעו חטופים נדחתה בטענה שאין אינדיקציות לכך.
האמריקנים שהיו מעורבים בתוכנית הביעו חשש לחיי החטופים, ונשיא ארה"ב, ג'ו ביידן, אף צוטט אומר שאינו יודע בוודאות אם אין חטופים במנהרות. תחקיר מותם של החיילים שנחטפו ונמצאו במנהרות חמאס קבע כי יש סבירות גבוהה שנהרגו בתקיפת צה"ל.