כאשר נכנס קלי לתפקידו כראש הסגל בבית הלבן, ביולי 2017, הוא גילה שיועצים פוליטיים נהנים מגישה חופשית לא רק לבית הלבן אלא גם לחדר הסגלגל. הוא היה משוכנע שהם משווקים את יכולת גישתם והורה למנוע אותה. אחד מהם היה קורי לבנדובסקי, מנהל הקמפיין של טראמפ ב-2016 ויועץ בכיר לקמפיין הנוכחי שלו.
יום אחד גילה קלי, כי לבנדובסקי נמצא בחדר הסגלגל. הוא שעט במורד המסדרון ומצא את לבנדוסקי עם טראמפ והיועצים הפוליטיים קליאן קונוויי וביל סטפיאן. "מספיק עם זה, כולם החוצה", נבח. טראמפ מחה: "לא גמרתי לדבר איתם". קלי התעקש: "לא, כולם החוצה". לבנדובסקי הלך בעקבות קלי למשרדו ומחה קולנית. קלי חשש מעימות פיזי ואמר לו: "קורי, אל תהיה טיפש, כי אתה תתעורר מחר עם לסת שבורה". לבנדובסקי החל להתקרב לעבר גנרל המרינס, אשר תפס אותו בדשי מקטורנו והצמיד אותו לקיר. למרבה המזל, לא היו מהלומות נוספות.
בחורף 2017 החל קלי לומר לעמיתיו, שתפקיד ראש הסגל הוא "העבודה הכי מחורבנת" שהייתה לו, וכאשר הוא יוצא הביתה בסוף היום – הוא תוהה האם יחזור למחרת בבוקר. הוא החל לומר לאנשים שלא לחפש עבודה בצוות הבית הלבן, בהזהירו אותם שהסירחון ידבק בהם עד לתום הקריירה שלהם אם יעבדו עבור טראמפ.
בלב תחושותיו הקשות של קלי ניצב טראמפ עצמו, אותו הוא פשוט לא סבל. מבחינתו של מי שהקדיש את חייו לשירות ארצו ובנו נהרג במדיה, טראמפ היה נרקיסיסט נתעב שמבחינתו אין דבר גדול יותר ממנו. קלי ראה את טראמפ כשקרן פתולוגי, לא סתם מישהו המנותק מהמציאות, אלא מי שאפילו לא מבין שיש מציאות מלבד זו שהוא החליט שקיימת.
טראמפ ישב עם קלי והדוברת (וכיום מושלת ארקנסו) שרה האקבי-סנדרס כדי לתכנן מה לומר לתקשורת בנושא אחרי נושא, וניסה ניסוחים בלי כל קשר לשאלה האם היו אמת. הוא אמר להאקבי-סנדרס לומר משהו מצוץ מן האצבע; קלי היה אומר: "אבל זה לא נכון"; וטראמפ מגיב: "אבל זה נשמע טוב". היו תקופות בהן מבחינתו של קלי, יום מוצלח היה כזה בו הצליח למנוע מטראמפ לצייץ עוד משהו חסר אחריות או לפטר עוד מישהו ללא כל מחשבה.