נישום המוכר דירת מגורים מזכה זכאי למגוון פטורים ממס הקבועים בחוק מיסוי מקרקעין (שבח, מכירה ורכישה), התשכ"ג-1963. מרבית הפטורים מוגבלים בזמן. הפטור המרכזי הוא למוכר דירה פעם בארבע שנים. מי שמוכר את דירתו היחידה זכאי לפטור פעם בשנה וחצי. יוצא דופן - מי שמוכר דירה שירש. פטור כזה לא נספר כ"פטור" לצורך קבלת פטור אחר במכירה של דירה נוספת אם המוריש היה זכאי גם הוא לפטור לפני פטירתו. הפטור כמובן הוא זכות ולא חובה.
לכן, בעיקרון כאשר נמכרת דירה בהפסד עדיף שלא "לבזבז" את הפטור אלא לדווח על המכירה כהפסד הון. כך מרוויחים פעמיים - גם שומרים את הפטור למכירה עתידית של דירת מגורים אחרת, וגם מקבלים הפסד הון אותו ניתן יהיה לקזז בעתיד כנגד רווחי הון אחרים (לאו דווקא ממכירת דירות).
בתחילת שנות ה- 90 היה שוק הדירות שוק של ביקושים. גל העלייה מברה"מ הביא רבים לרכוש דירות להשכרה. בשנת 1996 התהפכה המגמה ומחירי הנדל"ן רשמו מאז ירידה. כיום אנו עדים להתאוששות מסוימת שמביאה רבים לנצל את ההזדמנות ולמכור דירות שנרכשו אז, פעמים רבות עדיין בהפסד (ריאלי); מוכרים כאלו מעדיפים, ובצדק, לוותר על הפטור ממס. במיוחד נכון הדבר למי שרכשו דירה אחת או יותר להשקעה, והיו מעונינים שלא "לבזבז" את הפטור על מכירה בהפסד, אלא לשמור אותו למכירת דירה נוספת ללא "תקופת צינון".
הוראה חדשה של רשות המיסים עלולה לשנות את התמונה. ההוראה רלוונטית למכירת דירות מזכות שהיו מושכרות (לא לדירות ששימשו למגורי המוכר) ומתייחסת לאופן חישוב הפחת במכירה. הפחת הוא אומדן ירידת הערך הכלכלית של הדירה הנמכרת מיום רכישתה, והוא מחושב כאחוז ממחיר הרכישה של הדירה. ככל שהפחת גבוה יותר, המחיר המקורי של הדירה הנמכרת נמוך יותר, והשבח בעת מכירתה גבוה יותר. שיעור הפחת המותר לצורכי מס נע בדרך כלל בין 2% ל-4% בשנה.
ההוראה החדשה מוסיפה את הפחת לתמורה במכירת דירה מזכה שהושכרה בפטור ממס. בפקודת מס הכנסה שלושה מסלולים למיסוי הכנסות שכר דירה. המסלול הנפוץ ביותר הוא מסלול הפטור המוגבל בתקרה חודשית של 3,730 ש"ח(נכון לשנת 2006); חלק ניכר מהמשכירים בוחרים במסלול זה. המסלול השני קובע שיעור מס מוגבל של 10% על ההכנסות משכר דירה ללא זכות לניכוי הוצאות כלשהן. במסלול השלישי קיים מיסוי מלא בהתאם לשיעורים הקבועים בפקודה, תוך הכרה במלוא ההוצאות, לרבות פחת.
עד כה, השבח במכירת דירה אשר הושכרה ע"י נישום שבחר במסלול הפטור חושב ללא התחשבות בפחת; דהיינו, השבח חושב כהפחתת מחיר הרכישה המלא ממחיר המכירה. לאור ירידת מחירי הנדל"ן, נוצרו פעמים רבות לנישום הפסדי הון. לכן, נישומים רבים שהיו במסלול הפטור בחרו "לוותר" על הפטור במכירה. מי שבחרו באחד משני המסלולים האחרים לא נהנו מהטבה זו. במסלול המס המוגבל יש להוסיף לתמורת המכירה את הפחת שניתן היה להפחית, ובמסלול המס המלא יש לקזז את הפחת ממחיר הרכישה לצורך חישוב השבח.
ההוראה החדשה של רשות המיסים קובעת כי מעתה גם במכירת דירת מגורים שהושכרה במסלול הפטור, ינוכה הפחת ממחיר הרכישה של הדירה הנמכרת. רשות המיסים טוענת כי זוהי הפרשנות הנכונה לחוק מיסוי מקרקעין, לפיה יש להפחית משווי הרכישה של נכס את הפחת שניתן היה לדרוש בגין הנכס, אף אם לא נדרש בפועל. ההוראה לא תשפיע על מי שמוכר דירה שלא הושכרה על ידו ולא שימשה להשגת הכנסות. עמדת רשות המיסים במקרה כזה היא שלא ניתן היה לדרוש את הפחת ולכן אין להפחיתו מהמחיר המקורי במכירה.
המשמעות המעשית של הכללת הפחת בחישוב השבח היא ששווי הרכישה של דירות "ותיקות" יקטן בשיעורים ניכרים ובמקרים מסוימים יתאפס לחלוטין. מצב זה ייצור אצל המוכר שבח גבוה יותר שעשוי במקרים מסוימים להתקרב לתמורת המכירה, כך שגם עבור דירות הנמכרות לכאורה בהפסד (ריאלי) יהיה צורך לבקש פטור על-מנת להימנע מחיוב במס שבח. למשל - דירה שנרכשה בשנת 1993, הושכרה מאז ונמכרת בשנת 2006 צוברת פחת של 4% (על מרכיב הבנייה בלבד) לאורך 13 שנה - דהיינו 52% פחת על מרכיב זה. השבח במכירה של דירה כזו יגדל משמעותית עקב ההוראה החדשה.
ההוראה משנה גם את השיקולים באיזה מסלול לבחור לגבי ההכנסות השוטפות משכר דירה; עמדת רשות המיסים היא שהפטור במסלול הפטור ניתן על ההכנסה שלאחר ניכוי הפחת השוטף (ולכן מקזזים פחת במכירה). אם ממילא מחושב פחת, כדאי למשכיר לבדוק האם התשואה השנתית משכר הדירה (נעה בין 3% ל-8%) בניכוי הפחת והוצאות השכרה שוטפות (תיקונים, אחזקה, צביעה, החלפת דיירים וכו') אינן יוצרות אצלו הפסד שוטף מהשכרה; במקרה כזה כדאי יהיה לבחור במסלול המס המלא.
זאת ועוד, מי שמשכיר דירה שנרכשה בעזרת משכנתא, יכול אף לדרוש בניכוי שוטף את הוצאות הריבית הריאלית וכך להקטין עוד יותר את ההכנסה החייבת מהשכרה. יש לזכור כי בדומה לפחת, הוצאות אלו לא יותרו במכירה אם ניתן היה לדרוש אותן בניכוי שוטף, אף אם לא נדרשו (סעיף 39א לחוק מיסוי מקרקעין).