זקני נס ציונה מתלוצצים שהמכון הביולוגי שהוקם בעירם הוא התשובה של בן-גוריון למכון ויצמן שהוקם ברחובות ע"י הנשיא דר' חיים ויצמן. שני המכונים שונים במהותם: מכון ויצמן הינו מכון ציבורי למחקר ואילו המכון הביולוגי הוא מכון ממשלתי, הרבה יותר קטן ועיסוקו מדע יישומי.
בשנים האחרונות אירעו שני אירועים דומים בשני מכונים אלה, אם כי התוצאות היו שונות. בשנת 2006 נודע להנהלת מכון ויצמן שנשיאה באותה עת, פרופ' אילן חת, קיבל מחברה אמריקנית העוסקת בסחר בקניין רוחני מדעי שכר של 5,000 דולר לחודש תמורת ייעוץ. הועלה חשש כי הוא העביר מידע סודי על מחקרים שנערכו במכון. תוך מספר שבועות, ועדת ניהול של מכון ויצמן הגיעה למסקנה שפרופ' חת עבר על הנהלים הפנימיים של מכון ויצמן. פרופ' חת, שממילא היה אמור לפרוש, פרש וקשריו עם מכון ויצמן הסתיימו תמורת פיצוי.
במכון הביולוגי קרה אירוע דומה. בראשית 2007 הוגשה תלונה לנציבות שירות המדינה ומבקר המדינה כנגד דר' אביגדור שפרמן, מנהל המכון הביולוגי, על שייעץ לחברה אמריקנית שעיסוקה הבלעדי פיתוח תרופות להגנה בפני גז עצבים ואנתרקס, והיה זכאי לקבל אופציות למניות עקב ייעוץ זה. ברור שיש כאן ניגוד אינטרסים וחשש לגילוי סודות מדינה וסודות מסחריים. מדינת ישראל השקיעה עשרות מיליוני דולר במחקר בנושאים אלה וללא ספק מידע שנצבר במכון הביולוגי הוא רכוש המדינה שערכו רב. למעשה, יש כאן מכירה באופן פרטי של רכוש מדינה ע"י עובד מדינה. יתר על כן, יש כאן עבירה ברורה על חוק התקשי"ר- 17.193 "המנכ"ל לא יעסוק בכל עיסוק אחר, אף אם אינו תמורת שכר, הטבה כספית או תמורה/זכות אחרת, ... אלא אם נציב שירות המדינה אישר כי אין בעיסוק כאמור חשש כלשהוא אף למראית עין, של ניגוד עניינים עם תפקידו". למרות שיש בעיסוקו של דר' שפרמן חשש לניגוד עניינים ולא למראית עין, דר' שפרמן לא קיבל אישור מנציב שירות המדינה, אך טוען שהייעוץ נעשה בידיעת הממונה עליו, דר' שאול חורב.
בגלל מעטה הסודיות שאופף את המכון הביולוגי, שום מידע לגבי החקירה לא הגיע לידיעת הציבור הרחב, כולל חקירת מבקר המדינה.
רק לאחר פניות חוזרות של עיתונאי ה"ארץ" יוסי מלמן והתנועה למען איכות השלטון בישראל, הטיפול בתלונה הסתיים שנה וחצי לאחר הגשת התלונה. נמסר שנערכה חקירה הן ע"י המלמ"ב והן על-ידי אגף החקירות בנציבות שירות המדינה. ההמלצות למנכ"ל משרד הביטחון היו לנקוט כנגד מנהל המכון בהליך משמעתי על הפרת נהלים, אולם לאחר שימוע, החליט מנכ"ל משרד הביטחון שלא לנקוט הליך משמעתי כנגד מנהל המכון.
בשני המקרים היה חשש לחריגה מנהלים ולזליגת מידע לגורמים בלתי מוסמכים. מכון ויצמן טיפל בתלונה במהירות ויעילות ואילו המדינה גררה את הטיפול במשך שנה וחצי ובסוף החקירה, המסקנה הייתה שלא נעברה שום עבירה. וכך ממשיך דר' שפרמן לנהל את המכון הביולוגי במשך למעלה מ-13 שנים. בתקופה זו כיהנו שישה ראשי ממשלה וחמישה רמטכ"לים. רק במכון הביולוגי לא שמעו על עיקרון הרוטציה.
