מס השבח הינו מקרה פרטי של מס רווח ההון, ואף לעניין קיזוז הפסדים נחשב כ"רווח הון", ולכן ניתן לקיזוז כנגד הפסדי הון, לרבות הפסדים מניירות ערך (בפרט כאלה שנצברו החל מ–1.1.06). חשוב להקדיש מחשבה לאופן בו יבוצע הקיזוז, כאשר ניצול מיטבי עשוי לחסוך מס בלתי מבוטל.
העיקרון המרכזי אותו יש לקחת בחשבון הוא שהקיזוז מתבצע "הפסד כנגד הפסד", ולכן עשוי לנבוע יתרון מס אם יבחר הנישום לקזז הפסדים שמקורם בשיעור מס נמוך כנגד שבח המתחייב בשיעור מס גבוה. לדוגמה: בידי משקיע הפסדים מני"ע בסכום של 100,000 ש"ח. מדובר בני"ע שאילו היו נמכרים ברווח היה שיעור המס עליהם 20%. כמו כן, למשקיע רווח ממכירת נדל"ן, כאשר לאור העובדה שמדובר בנכס שנרכש שנים ארוכות לפני 7.11.01, שיעור המס הלינארי בגין השבח הריאלי הינו 42% (רלוונטי לדוגמה לנכס שנרכש בשנת 1970). במקרה כזה על אף העובדה ששיעור המס על השבח גבוה משיעור המס על ני"ע – ניתן יהיה לקזז את 100,000 השקלים של ההפסד כנגד 100,000 שקלים של השבח זה כנגד זה, וכך לחסוך מס בלתי מבוטל. זאת ועוד, יש לקחת בחשבון ששיעור המס הלינארי מקורו למעשה בשני חישובי שבח שונים תוך שקלול: האחד – שבח ריאלי עד יום התחילה (7.11.01) החייב בשיעור מס שולי (כיום – עד 47% ליחידים), השני - יתרת השבח הריאלי המתחייבת בשיעור מס של 20% (ליחידים). לאור זאת, ניתן לקזז את 100,000 השקלים של ההפסד כל כולם כנגד השבח החייב בשיעור של 47%, ולא באופן יחסי גם כלפי החלק החייב ב – 20%.
האמור לעיל, עניינו בקיזוז הפסדים כנגד השבח הריאלי, כאשר כיום רווח אינפלציוני אינו חייב במס. עם זאת, ביחס לנכסים ותיקים גם הרווח האינפלציוני שנצבר עד 31.12.1993 חויב במס בשיעור של 10%, וגם כנגד מרכיב זה ניתן לקזז הפסדים, כאשר כנגד כל שקל של הפסד הון ריאלי ניתן לקזז שלושה וחצי שקלים של סכום אינפלציוני חייב. כלומר, הפסדי ההון חוסכים בהקשר זה למעשה מס בשיעור של 35%. הדבר בהחלט כדאי, אם כי יש לקחת בחשבון שעל-פי נוסח החוק הקיזוז כנגד הרווח האינפלציוני יעשה רק אחרי הקיזוז כנגד השבח הריאלי.
במקרה של קיום שבח ממספר נכסים, יש לחלק את השבח לחלקים בהתאם לשיעורי המס השונים ולקזז את ההפסדים ראשית לפי שיעור המס הגבוה ורק אח"כ כנגד השיעורים הנמוכים יותר. במקרה בו חלק מההפסדים קוזזו אוטומטית כנגד רווח מני"ע יש לשנות כמובן את הייחוס.
ניתן לקזז כנגד שבח גם הפסדים עסקיים שוטפים וכמו-כן ניתן לקזז הפסדים עסקיים מועברים אם המקרקעין שימשו לייצור הכנסה מעסק. במקרים אלה לא קיים יתרון מבחינת שיעורי המס אלא חיסרון (קיזוז הפסד בשיעור מס גבוה כנגד שבח בשיעור מס נמוך יותר), ואולם חלה חובה לקזז, שאם לא כן ילך ההפסד לאיבוד.
הקיזוז עצמו יכול להתבצע בשתי דרכים עיקריות: האחת במסגרת הדוח השנתי למס הכנסה. החיסרון בדרך זו הוא שיש לשלם בינתיים את מס השבח לרשויות מיסוי מקרקעין ואז לדרוש החזר. הדרך השנייה – הינה להמציא למשרד מיסוי מקרקעין האזורי עוד טרם תשלום המס אישור מפקיד השומה על זכאות לקזז הפסדים לצורך חישוב מס השבח (טופס 1271/א). גם במקרה זה, יהיה צורך להגיש דוח שנתי למס הכנסה לאחר תום שנת המס הרלוונטית, לשם ביצוע חישוב סופי של המס, ותוך אפשרות לקזז הפסדים נוספים שנצברו מאוחר יותר.