מתחילת שנות ה-2000 אותרו מספר אוכלוסיות של חסת המים (Pistia stratiotes) ושל יקינטון המים (Eichhornia crassipes) בגופי מים שונים באזור השרון, בגליל המערבי ובאזור החולה.
מינים אלו, אשר הובאו לארץ בעיקר כצמחי נוי, בעלי פוטנציאל פלישה גבוה מאוד והם מוכרים במדינות רבות כמיני צמחים פולשים, מבין המסוכנים ביותר, הן לאיזון המערכות האקולוגיות והן לתפקוד ולניצול גופי המים הנגועים. התפשטות מסיבית של מינים אלו גורמת למספר שינויים בתכונות הפיזיות של המים, כגון ירידה בריכוז החמצן ושינוי בטמפרטורת המים. עקב כך, משתנה אופי בית הגידול וצונח מגוון מיני בעלי חיים בגופים הנגועים. במקביל, היווצרות של אוכלוסיית צמח מים פולש, הגדלה בקצב מעריכי, עלולה למנוע דייג ושייט, כפי שקרה, למשל, באגם ויקטוריה בתחילת שנות ה-1990. פלישה מסיבית של צמחי מים אף עלולה לסתום משאבות מים, הממוקמות בסמוך לחופים.
בשנה האחרונה גדלה באופן משמעותי אוכלוסיית חסת המים הנמצאת באגמון החולה. לאחר תקופה קצרה בה הייתה מוגבלת לתעלה סגורה, התגלו פרטים חדשים בנקודות מים אחרות המחוברות לכנרת. כמו-כן, נמצאה בשנה האחרונה, אוכלוסיה נוספת של חסת המים בשפך נחל צלמון, מטרים ספורים מהכנרת.
הדעות חלוקות לגבי מידת האיום שמהווים צמחי מים פולשים לכנרת: בעוד שמספר חוקרים סבורים כי האנרגיה של הגלים עשויה למנוע השתלטות של הצמחים הפולשים על פני הכנרת, אחרים סבורים כי פלישה, אף עונתית, של צמחי מים זרים לאורך החוף אפשרית, בדומה לדפוס הפלישה של יקינטון המים באגם ויקטוריה.
סוגי טיפול האפשריים בישראל נגד צמחי מים מוגבלים. טיפול בשיטות כימיות- מסוכן נוכח הקשר בין גופי המים והכינרת, המהווה מקור מי שתיה עיקרי בישראל. טיפול מכני הוא קשה,
ואפשרי בעיקר בשלבים הראשונים, כל עוד מוקדי הפלישה קטנים. לאור ההשלכות האפשריות של פלישת צמחי מים בכנרת, בשמורת החולה ובאגמון החולה, מוצע לטפל בדחיפות במוקדים הקיימים.