סוגיית הפעילות הלא-חקלאית במושבים מעוררת שאלות רבות לגבי דרך התנהלות המינהל ולגבי הרצון הכן והאמיתי לייצר מסלול הסדרה ראוי ומתון לבעלי הנחלות במושבים.
במשך השנים הוסדרו זכויות התעסוקה החלופית במושבים בהתאם להחלטה 755 של מועצת ממ"י, שנתגבשה בעקבות ועדת קדמון שעסקה בסוגיה זו. במרץ 2007 נתקבלה החלטה 1101 על-ידי מועצת ממ"י אשר, בין היתר, מבטלת את החלטה 755 ויוצרת כללים חדשים בנוגע לזכויות הפל"ח במושבים. בין השאר נקבע בהחלטה כי לגבי חובות עבר יהיה לבעל הנחלה תמריץ להסדרת התעסוקה שלו בתנאים הבאים: תשלום של 5% מערך הקרקע לשנה, כאשר התקופה המקסימלית מוגבלת ל-4 שנים.
למן רגע קבלת ההחלטה, היא הותקפה על-ידי "פורום 15 הערים" והנהלת ממ"י החליטה על הקפאתה ובכך יצרה מצב בלתי אפשרי ובלתי נסבל, שמשמעותו חוסר בהחלטה תקפה המסדירה את התעסוקה החלופית במושבים.
המינהל נוהג לפרש כל החלטה על-פי רצונו ומקסום רווחיו, וכך גם היה במקרה שנדון לאחרונה בבית המשפט המחוזי בנושא תשלום בגין שימוש ללא היתר. במקרה דנן, בעל נחלה במרכז הארץ ביצע שימוש ללא היתר במבנים בנחלתנו ולאחר דין ודברים עם מנהל מקרקעי ישראל, פינה בעל הנחלה את המבנים והסכים לשלם בגין השימוש שביצע. מה רבה הייתה פליאתו כאשר ממ"י דרש תשלום של 10% לשנה למשך כל שנות הפעילות, דהיינו לפי החלטה 755 המבוטלת ולא לפי החלטה 1101.
בית המשפט המחוזי בחר להכיר בתביעה של בעל הנחלה לתשלום מופחת של 5% בלבד לשנה, כלומר לפי החלטה 1101. בפסק הדין, הסביר בית המשפט כי המינהל הינו גוף ציבורי אשר עליו לדעת להתבונן בהגיון רחב על המאטריה הגדולה ואינו יכול לנהוג בכל החלטה כרצונו.
החלטה 1101 (המוקפאת כיום בגלל בג"צ) קובעת כי מיום כניסתה לתוקף (מרץ 2007) מבוטלת החלטה 755. על כן, אומר ההיגיון שבמרץ 2007 שינה המינהל את מדיניותו והוא רואה לנכון לקבוע תשלום מופחת עבור שימוש לא חקלאי והוא אף בוחר לעשות זאת באופן רטרואקטיבי, משמע לאפשר לבעלי הנחלות ליהנות מההפחתה בגין חובות העבר. לפיכך , אם מגיע כיום בעל נחלה להסדיר את תעסוקות העבר שלו, במה הוא שונה מבעל הנחלה המדובר?
אין ספק שכאשר החלטות המינהל מקשות יותר עם בעלי הנחלות, מיד שש המנהל ליישמן במהירות ומחיל אותן על כולם. לעומת זאת, כאשר ישנה החלטה עדכנית המקלה עם המתיישבים, האם אין על המינהל לפעול לפיה?
במקרה זה ניסה המנהל להפעיל פירוש לא הגיוני ובלתי מתקבל על הדעת להחלטה שהוא עצמו קיבל חודשים קודם לכן.
תנועת המושבים מברכת על החלטת בית המשפט במקרה שתואר, וקוראת למינהל מקרקעי ישראל לפעול בצורה הגיונית ושקולה יותר, תוך איגום כוחות ומשאבים. רק כך נוכל לאשר את התעסוקה החלופית במושבים ומכאן ירוויחו כל הצדדים: בעלי הנחלות, שיוכלו לפעול תחת אישורים ומבלי שיאלצו להיות עבריינים בעל כורחם, מדינת ישראל, שתוכל להזרים לקופתה סכומי כסף נכבדים כתוצאה ממהלך זה, וכמובן אזרחי המדינה כולה שיוכלו לבקר במרחב הכפרי וליהנות מפירות תעסוקת חברי המושבים, התיירות הכפרית המפותחת, האטרקציות והמורשת ארוכת השנים.