המינהל, בהתנהלותו דה-פקטו מול המגזר החקלאי, דוחק את בעלי הנחלות החקלאיות לפינה, הוא עושה זאת בשיטה פשוטה: העצמת חוסר הוודאות בו החקלאיים מצויים באופן טבעי (וכידוע החקלאות מאופיינת באי וודאות מובנית) באשר לזכויותיהם, אפילו בחלקת המגורים. אליבא ד-מנהל "המטרה מקדשת את כל האמצעים", כאשר המטרה היא בסופו של דבר הצבת המגזר החקלאי מול "הצעה שלא ניתן לסרב לה" - כמובן, ללא שום אלטרנטיבה.
באופן פשטני ניתן לדבר על שלוש נקודות ציון בהתנהלות של המגזר החקלאי מול מנהל מקרקעי ישראל: בשנת 1965 התקבלה החלטה 1 במועצת המינהל, החלטה זו הגדירה (א) מהי קרקע חקלאית ו(ב) את אופי ההחכרה של האדמות החקלאיות; בשנת 1998 התקבלה החלטה 823, אשר הגדירה לא רק את אופי ההחכרה אלא גם משך ההחכרה בחלקה א' (חלקת המגורים) - לבעל הנחלה, ובחלקה ב' - לאגודה; בשנת 2008 החלטה 979 המצונזרת הגיעה לבג"צ וזאת לאחר עתירות שונות של קרטל העמותות החברתיות. רצף זה שמתחיל במועצת המנהל ומסתיים בבג"צ מייצג שתי מגמות, הראשונה הרעה מתמדת בתנאים והשנייה, התערבות הולכת וגוברת של בג"צ תוך אימוץ גישת הקרטל.
כיום ניתן לומר בברור שהחלטה 823 מציינת את תחילת "העשור האבוד" של המינהל בהתנהלות מול המגזר החקלאי. במהלך עשור זה הפלה המינהל באופן הולך וגובר את המגזר החקלאי ביחס למגזר העירוני.
התנהלותו של המינהל בעשור האחרון מעוררת תהיות רבות. כשיו"ר מועצת מקרקעי ישראל מתחלף תדיר (שלוש פעמים בארבע השנים האחרונות) וכשהאחריות על המינהל עצמו נעה בקצב מסחרר בין משרדי הממשלה השונים, ששייכים למפלגות שונות בעלות אינטרסים משתנים - לא ברור איזה סוג של מדיניות יכול להתפתח בגוף שכזה, אם בכלל. בפועל, כל החלטה של מועצת המינהל עוברת שבעה מדורי גיהינום ולבסוף מתעכבת, במקרה הטוב בשל הגשת עתירות לבג"צ, או פשוט כפני שמלמד ניסיון החיים מתאדה - במקרה הסביר יותר, או, לחילופין, עוברת מתיחת פנים רצינית, כך שלא ניתן לזהות בה את עקבות ההחלטה המקורית ואז, אם היא כבר צולחת את בג"צ, היא נותרת ללא תוכן ממשי.
טענת המינהל נעה על פני ציר הזמן, עבר-הווה-עתיד, ובבסיסה ההתעלמות מעיקרון הרצף הבין-דורי. כפי שאנו שומעים שוב ושוב (בכנסת ובכנסים השונים), המינהל טוען שבעבר לא שולם שום סכום על הקרקעות במגזר החקלאי, ואם שולם, אזי מדובר בסכום ממוצע (ומגוחך) של 16 ש"ח לדונם בערך, ולפיכך, כדי להבטיח את עתידו, המגזר החקלאי צריך לשלם היום סכום שיכמת מחד את "עיוותי העבר" ובד בבד יהוון גם את ה"רווחים העתידיים".
ראשית, חשוב להדגיש שככל הנראה, למינהל לא באמת ידוע איזה סכומים שולמו באיזה מגזר (עירוני או כפרי), מתי, ואם בכלל. שנית, וחשוב מכך, שווי הקרקע, כפי שהמינהל מתייחס אליו, הוא תוצאה ישירה של אחזקת הקרקע על-ידי המגזר החקלאי. במילים אחרות, המגזר החקלאי ישמח לקבל דרישה לדמי היוון בשווי ערך הקרקע באזורי הפריפריה, היכן שאין גושי התיישבות. כך לדוגמה, שווי הקרקע במושב נטועה צריך להיות מושווה לערך הקרקע ביישוב הצמוד פסוטה, ושווי הקרקע בכפר הס צריך להיות מושווה לשווי הקרקע בטירה.
למעשה, המינהל טוען להפליה בעבר לטובת המגזר החקלאי, ועל-רקע זה הוא מצדיק מהלך בו הוא כביכול רק (!) משווה את זכויות המגזר העירוני בהווה ובכך מתקן עיוות היסטורי. אלא שטענה זו שגויה מיסודה: חלקה הראשון של הטענה הוא, במקרה הטוב, מוטעה. הטעות נובעת מליקוי בבדיקת הסכומים שהועברו בעבר על-ידי המגזר החקלאי למינהל; באשר לחלקה השני של הטענה, נכון לשנת 2009, לפני היציאה לדרך של הרפורמה המוצעת, קיים, א-פריורי, פער אדיר, לטובת המגזר העירוני, בין זכויות המגזר העירוני ובין זכויות המגזר החקלאי בתחום המקרקעין.
רק המודל האירופי, שעקרונותיו הם מרחב כפרי מסורתי המושתת על יחידות משק קטנות ותמיכה מסיבית מצד המדינה, יודע לכמת ערכים מוספים כגון צביון, אהבת הארץ וכדומה. לפיכך מרגע שהחקלאות הוכרה כאינטרס לאומי, הדרך הנכונה והראויה ביותר לשמרה היא על-פי רק מודל זה. בבסיס מודל זה עמוד הרעיון שלחקלאי יש אופק ותמיכה יציבה מהמדינה. לכן, דווקא ברגעי משבר מדינת ישראל חייבת לתמוך בחקלאות הכפרית. יצירת אי ודאות באשר לחלקת המגורים וּלחלקה ב', לא רק שאינה מספקת את אורך הרוח הנדרש על-מנת להתמודד עם הקשיים שהמגזר החקלאי ניצב מולם בעשורים האחרונים, אלא מייצרת בדיוק את המהלך ההפוך.
המינהל במדיניותו בוחר לנצל את חולשת המגזר החקלאי בשעתו הקשה ביותר, במקום לנצל את ההזדמנות ולהפוך את הזמנים הללו לשעתו היפה ביותר. למינהל יש אפשרות לייצר אופק אמיתי בעבור המגזר החקלאי האובד, ובכך לפדות חוב עתיק יומין מחד-גיסא, ולייצר מצע לצמיחה מקיימת בעתיד מאידך-גיסא.