זיתים שחורים מיוצרים בתעשיית השימורים במספר שיטות, אחת מהן השריית הזיתים בתמיסה המכילה גפרת ברזל, חומר רעיל. המשמש להדברה חקלאית. חברת אדמה אגן המשווקת גפרת ברזל להדברה מזהירה שמדובר בחומר "מזיק בבליעה ובנשימה. עלול לגרות את העיניים, העור ומערכת הנשימה. מנע מגע התכשיר והתרסיס בחלקי גוף חשופים ובעיניים. הימנע מלהימצא בענן התרסיס. אסור לעשן או לאכול בזמן הטיפול בתכשיר".
חברות הזיתים שמשחירות זיתים ירוקים בעזרת גופרת הברזל מגלות את הימצאות הגופרה במוצרים. על מדפי החנויות אפשר למצוא שימורי זיתים מושחרים של מספר חברות ידועות שכוללות את גפרת הברזל ברשימת הרכיבים אבל ללא שום אזהרה שמדובר בחומר הדברה רעיל שעלול לפגוע בצרכנים בעלי מערכת עיכול רגישה.
שימוש בחומצה אצטית בריכוז 18%
חומר נוסף שתעשיית הזיתים מרבה להשתמש בו הוא חומצה אצטית - נוגד חימצון המסומן בקוד E260 שיש לו שימושים רבים בתעשיית המזון וגם בענף הניקיון. יצרני החומצה מזהירים שמדובר בחומר רעיל העלול לגרום כוויות קשות ובמגע עם העיניים עלול לגרום נזק "ארוך טווח ואף לא הפיך".
לפני מספר שנים הגביל משרד הבריאות הישראלי את השימוש בחומצה אצטית בתעשיית המזון לריכוזים של עד 10 אחוז. לאחרונה הופיעו על המדפים שימורי זיתים שחורים מיובאים המכילים חומצה אצטית בריכוז של 18%. בתגובה על שאלה מדוע ניתן היתר ליבוא מוצר בריכוז כה גבוה של חומצה אצטית נמסר מדוברות משרד הבריאות שכיום כבר מותר להשתמש החומצה אצטית בריכוז גבוה.