משרד הבריאות פרסם (יום ה', 7.1.21) הנחיות להמשך מבצע החיסונים וחלוקת מנות החיסון למנה שנייה. על-פי ההנחיות, כל גוף שחיסן במנה הראשונה, אחראי על חיסון המנה השנייה (לפי הגוף שקיבל הקצאה, כולל קופות, בתי חולים, מד"א, מוסדות שונים וכדומה). הנחייה זו כוללת מאושפזים שחוסנו וששוחררו הביתה מבתי החולים - גם הם יחוסנו באותו המקום. מי שהתחסן בקופה יידרש לחזור לאותו מרכז חיסון ולא יוכל לעשות זאת במקום אחר.
חל איסור לחסן מי שחלה בין המנה הראשונה לשנייה. קופות החולים יקיימו בקרה ויבדקו שכל מי שהתחסן מקרב מבוטחיהם מנה ראשונה, גם מתחסן מנה שניה עד תוך 26 יום מהמנה הראשונה. הקצאת החיסון תישמר עבור המתחסן למשך 35 יום מיום החיסון של המנה הראשונה טרם שחרור המנה השנייה למתחסן חדש.
אסור לקופות להמשיך במתן המנה הראשונה על בסיס עודפים ממנה שנייה. רק כאשר תוקפם של חיסונים עומד לפוג יהיה מותר לעשות זאת בהתאם למצאי המנות העודפות ותיעדוף קבוצות חיסון. "על הגופים המחסנים לעשות כל שביכולתם על-מנת להימנע מהגעה לפגות תוקף - כולל הקדמת תורים של מתחסני מנה שנייה", נמסר בהודעת משרד הבריאות.
הקצאת מנת החיסון למנה השנייה תהיה 95% מהכמות שהוקצתה למנה ראשונה -
באותו המועד שהוקצה במנה הראשונה + 21 יום - במצטבר. זאת, עקב גידול
בניצולת בזכות המזרק החדש וכן עקב אי-הגעה לתור המוערך בכ-5-15%.