פקיד ישראל בכיר אישר ל
וול סטריט ג'ורנל כי צה"ל פועל בבית החולים הגדול, שיפא שזעה, בהתבסס על ההנחה כי חטופים ישראלים מוחזקים בבית החולים - מה שמקשה על פעילות צה"ל במקום.
צה"ל מכתר את בית החולים. על-פי דיווח בוול סטריט ג'ורנל, ישראל הודיעה לפלשתינים לפנות את בית החולים שבו 700 מיטות, בעוד רבים האמינו שזה המקום הבטוח ביותר ללכת אליו. בין 50,000 ל-60,000 בני אדם מצאו מחסה בתוך ומסביב לשטח בית החולים. כך, לפי משרד הבריאות בעזה, המנוהל על-ידי חמאס וכולל 2,500 חולים הזקוקים לטיפול.
על-פי הדיווח, ישראל שיתפה בעלות ברית מערביות במידע מודיעיני המפרט את פעולות חמאס בבי"ח שיפא. גורם ביטחוני מערבי ציין כי "אין דרך לאמת את ההאשמות של ישראל. גורמים רשמיים אמריקנים אומרים שכמה הפיקוד והבקרה של חמאס ממוקמים מתחת לבניין בית החולים".
כוחות ישראלים פרסמו הקלטה של שני עזתים לא מזוהים, שבה נשמע האחד מספר לשני כי המפקדה של חמאס נמצאת מתחת לבי"ח שיפא. צה"ל גם פרסם גם תמונת לווין של מתחם בית החולים של אל-שיפא, וסימן באדום מיקומים שלדבריו נמצאים ארבעה מתחמי חמאס תת-קרקעיים ומרכז פיקוד ובקרה של ארגון הטרור.
הצבא הישראלי לא חשף מידע מודיעיני נוסף שעליו הסתמך כדי לקבל את קביעותיו. ממשלת ישראל טענה כי חמאס משתמש בשיפא כמפקדה דה-פקטו, לפחות משנת 2014. אמנסטי אינטרנשיונל תיעד ראיות לכך שחמאס חקר ועינה פלשתינים שהואשמו בשיתוף פעולה עם ישראל במרפאת חוץ שלא הייתה בשימוש בשטח בית החולים שיפא במהלך עימות קודם בעזה ב-2014.
מחמוד מירדאווי, בכיר בחמאס, אמר כי ישראל הציגה מידע "לא לגיטימי" על שיפא. "בתי החולים בעזה מעורבים רק במתן שירותי בריאות", הוא אמר, והוסיף כי "חמאס הזמין ארגונים בינלאומיים לבדוק את המתקנים".
על-פי אמנות ז'נבה, המסדירות את התנהלותו של סכסוך מזוין, בתי חולים מאבדים את ההגנה המשפטית שלהם מפני התקפה אם הם משמשים ל"מעשים מזיקים" לקבוצה הלוחמת היריבה. כל תוכנית לתקוף בית חולים בנסיבות כאלה, קובעות האמנות, דורשת אזהרה מוקדמת-מספקת ומועד ברור.
מנהל בי"ח שיפא, מוחמד אבו סלמיה, אמר כי הטלפון הסלולרי שלו מקבל הודעות טקסט ואזהרות בוואטסאפ כי יש לפנות את בית החולים. אבל, הוא אמר: "שהצוות החליט מזמן שהם יישארו גם אם יתגלגלו לכאן טנקים ישראלים".