הגופות הוטמנו באופן שלא אפשר לכוחות צה"ל לגלות אותם מבלי שיהיה בידיו מידע מודיעיני מקדים. קברם של חמשת החללים נחפר מתוך אחד הקירות של מנהרה וכוסה באדמה. חמאס החביא את הגופות כך שאם צה"ל יחפש אותן בתוך המנהרה, הגופות לא יאותרו ללא מודיעין. הגופות נמצאו בתוך שקיות שחורות מתחת לאדמה בח'אן יונס, במהלך פשיטה של אוגדה 98. צה"ל ביצע מבצעים דומים בעבר, כשלבסוף התברר שמדובר בגופות של פלשתינים.

בשבועות האחרונים, צוות מודיעיני של מפקדת החטופים באגף המודיעין ושב״כ ביצעו מחקר מודיעיני אינטנסיבי וחקירות עצורים לאיתור והפללה של מיקום גופות החטופים במרחב ח'אן יונס.

שירות הביטחון הכללי פרסם תיעוד חריג מעזה, שבו נראה איש שב"כ כשלצידו יושב מחבל אזוק שהולבש במדי צה"ל עם נעליים כחולות, סמוך למנהרה שממנה חולצו גופות החטופים. זו הפעם הראשונה ששב"כ חושף תמונה, בפנים מטושטשות, של מחבל שמעורב בפעילות הכוחות בשטח.

המחבל הוביל את איש השירות למיקום המדויק של המנהרה. המידע על קים המחבוא נודע כאמור לגורמי הביטחון עקב חקירה של מחבלי חמאס, שהיו מעורבים בהכנסת הגופות לתוך הפיר.

בעקבות המידע, איתרו הכוחות פיר תת-קרקעי, במרחב ההומניטרי שהותאם לטובת פעילות האוגדה. בפיר נמצאה מנהרה באורך של כ-200 מטרים ובעומק של כ-20 מטרים עם מספר חללים אטומים בדופן שבהם אותרו הגופות.

דובר צה"ל, תא"ל דניאל הגרי, אמר בתדרוך כי המבצע היה מורכב וכי המודיעין המדויק התבסס על מספר מקורות, בהכוונת שב"כ ואמ"ן. לדבריו, "כוחות אוגדה 98 הרגו מחבלים רבים ופגעו בתשתיות טרור במרחב. כוחות חטיבת הקומנדו ויהל"ם, פעלו לצד לוחמי השב"כ בשטח, כתף אל כתף, לוחמי השב"כ ביצעו את ההכוונה עד אשר הגיעו למרחב שבו הוסתרו הגופות של החטופים במנהרה מסועפת. הכוחות ביצעו בשטח פעולות הנדסיות מורכבות והצליחו לחלץ אותם". הדובר הוסיף כי לאחר שהכוחות חזרו לשטח מדינת ישראל, פעלו במהירות נציגי אגף כוח האדם יחד עם המרכז הלאומי לרפואה משפטית ומשטרת ישראל, לזיהוי מהיר של החטופים ומסירת ההודעות למשפחות מהר ככל הניתן.

הגרי נשאל מדוע חייל המילואים שצילם את שקיות גופות החטופים נשפט מיד, נשלח לכלא עשרה ימים והודח לצמיתות משירות מילואים, בעוד שתשעה חודשים וחצי אחרי המחדל הכי גדול בתולדות צה"ל אף קצין עדיין לא נשפט ואיש לא הודח בפיקוד או משירות. דובר צה"ל השיב: "מדובר בחייל במילואים שאני בטוח שהוא פעל באופן נרגש, מהתרגשות ממעמד המבצע. ועדיין הפעולה שהוא עשה היא פעולה מאוד-מאוד חמורה. לא מצלמים בזמן מבצע שיש כוחות בשטח ולא מצלמים חטופים חללים מפונים שהמשפחות עוד לא יודעות, והדבר הזה מייצר סבל ומתח נפשי בציבור, ולכן הוא נענש בחומרה. לגבי ההשוואה בינו לבין מפקדים אחרים או חיילים אחרים, אנחנו מבצעים תחקירים ואנחנו בתחקירים מפיקים לקחים ואיפה שצריך שיהיו מסקנות אישיות יהיו גם מסקנות אישיות".