▪ הפעלת מערכת ללא אישורים נחוצים: המערכת החלה לפעול לפני שהתקבלו חוות הדעת ההכרחיות מאנשי המקצוע
▪ לחצים מלמעלה: לחצים מצד מפקד פיקוד הדרום, אלוף ירון פינקלמן, להאיץ את הפעולה למרות הסיכונים
▪ סיכון לחטופים: הפעלת המערכת תוך סיכון אפשרי של חטופים;
▪ כשלים טכניים והנדסיים: חמאס מצא פתרונות להסטת המים, מה שהפך את הפעלת המערכת לבלתי יעילה
▪ הפסקת הפעילות: צה"ל הפסיק את השימוש באטלנטיס לאחר מספר חודשים, ולא ניתן להעריך את מידת הצלחתה