הוראה חד-משמעית מראש המערכת: מפכ"ל המשטרה, רב-ניצב דני לוי, הורה לקצינים הבכירים במשטרה שלא לקיים קשר ישיר עם השר לביטחון לאומי, איתמר בן-גביר, מבלי ליידע אותו תחילה — כך פורסם בהארץ. ההנחיה נמסרה לראשונה בספטמבר האחרון במהלך ישיבה של סגל הפיקוד הבכיר במטה הארצי, זמן קצר לאחר כניסתו של לוי לתפקיד. על-פי ההנחיות שהעביר, כל שיחה של קצין בכיר או של מי מהכפופים לו — לרבות מפקדי מרחבים ותחנות — עם השר בן-גביר או עם לשכתו, מחייבת קבלת אישור מראש מלשכת המפכ"ל. לוי אף התריע בפני הקצינים כי סטייה מהוראות אלה תביא להדחתם לאלתר. "ענו בנימוס, עדכנו מיד" — כך ניסח לוי את מדיניותו כלפי פניות ישירות מצד בן-גביר או אנשיו. לדבריו, אם מתקבלת שיחה מהשר עצמו או מראש מטהו, חנמאל דורפמן, על הקצינים להשיב בנימוס אך מיד לאחר מכן לדווח ללשכת המפכ"ל על עצם הפנייה. על-פי הדיווח, מדובר בהנחיה מקיפה: היא חלה לא רק על שיחות יזומות מצד בן-גביר, אלא גם על כל פנייה מצד אנשיו בלשכה, ובכל הדרגים - מתת-ניצבים ועד מפקדי תחנות. על-פי גורמים בכירים במשטרה, לוי שב והדגיש את המדיניות הזאת גם בפגישות עם מפקדי תחנות. ההנחיה החדשה מציבה קו ברור מול נוהג שהשתרש בתקופת כהונתו של השר בן-גביר, אשר מתהדר בקשריו הישירים עם קצינים. כך, בראיון לעלון בית הכנסת "מצב הרוח" בינואר 2025, התפאר השר: "אני לא מדבר רק עם ניצבים, אני מדבר גם עם מפקדי תחנות". הוא הדגיש כי אין מדובר בהנחיות אופרטיביות, אך קבע עובדה ברורה — קיום ערוץ ישיר בינו לבין דרגים מבצעיים. הנחייתו של לוי מגיעה גם ברקע חקירה שמנהלת מחלקת חקירות שוטרים (מח"ש) בחשד להתנהלות פסולה: על-פי הפרסומים, מפקד היחידה המרכזית במחוז ש"י, תת-ניצב אבישי מועלם, נחשד כי קיים קשרים ישירים עם לשכת השר והעביר מידע רגיש על חקירות בתמורה לקידום בדרגה. יצוין כי גם לוי עצמו, בעת שכיהן כמפקד מחוז חוף, עמד בעבר בקשר ישיר עם לשכת בן-גביר — כך לפי דיווחים — ואף עשה זאת מאחורי גבו של המפכ"ל הקודם, רב-ניצב קובי שבתאי. במוצאי השבת האחונה, לאחר התקרית בכפר איכסאל, פרסמה לשכת השר לביטחון לאומי הודעה שבה נאמר כי השר "מקיים כרגע הערכת מצב עם מפקד להב ומפקד מג"ב על-רקע האירוע". שמו של המפכ"ל לוי לא הוזכר בהודעה. ממשטרת ישראל נמסר בתגובה: "המפכ"ל הנחה כי כל קשר עם לשכת השר יתבצע באמצעות לשכת המפכ"ל. לצד זאת, הונחו הקצינים כי אם השר יוצר עימם קשר, יש לענות לו בנימוס ולעדכן את המפכ"ל בדבר השיחה".