היועצת המשפטית לממשלה, גלי מיארה, טוענת, כי הצעת החוק ולפיה היועצים המשפטיים של משרדי הממשלה יהיו כפופים למנכ"לים במקום אליה, מיועדת "להחליש את מערך הייעוץ המשפטי לממשלה, בדרך של פירוקו לגורמים והכפפתו לדרג הפוליטי". המשנה ליועצת, גיל לימון, העביר עמדה זו (6.7.25) לידיעת שר המשפטים, יריב לוין, לקראת הדיון בוועדת השרים לחקיקה בהצעתו של ח"כ אביחי בוארון. ההצעה "היא נוגדת את מושכלות היסוד של שיטת המשפט הנהוגה, ותביא לפגיעה קשה בשלטון החוק ובזכויות הפרט", מתריע לימון. לדברי לימון, על דעתה של מיארה, "ההצעה מבטלת כליל את המעמד המחייב של חוות דעת היועצת המשפטית לממשלה כלפי הרשות המבצעת בכללותה ואת בלעדיות הייצוג בערכאות, המהווים ערובה משמעותית לשלטון החוק ברשות המבצעת, והיא יוצרת פוליטיזציה של הייעוץ המשפטי הציבורי בכך שהיא מכפיפה החלטות משפטיות מסוימות למרותם של מנכ"ל המשרד או של הממשלה. "ההצעה אינה מבקשת לקדם את עצמאותם של היועצים המשפטיים למשרדי הממשלה, כי אם להחליש את מערך הייעוץ המשפטי לממשלה, בדרך של פירוקו לגורמים והכפפתו לדרג הפוליטי. משמעותה של הצעה זו היא פוליטיזציה של הליך גיבוש העמדה המשפטית של גופי הממשלה. כל אחד מרכיביה של ההצעה, לא כל שכן בהצטברותם, צפויים להוביל להחלשה משמעותית של מערך הייעוץ המשפטי לממשלה וכתוצאה מכך להביא לפגיעה קשה בשלטון החוק, במינהל התקין ובזכויות הפרט". לימון מוסיף, כי מיארה "מתנגדת להצעת החוק, המצטרפת לדברי חקיקה נוספים שקודמו בעת האחרונה ואשר תכליתם היא הסרת מגבלות משפטיות מעל כוחו של השלטון, תוך ערעור עד כדי הקרסה של עקרונות בסיסיים של שלטון החוק במדינת ישראל". לדברי לימון, "על אף שתפקידו של היועץ המשפטי המשרדי הוא לסייע לשר הממונה לממש את מדיניותו בגבולות הדין, הרי שאין הוא משמש כ'עורך הדין הפרטי'" של השר, אלא עליו לשמש בה בעת כשומר סף מפני פעילות מינהלית בלתי חוקית. במסגרת תפקידו כשומר סף, ברי כי לעתים יידרש היועץ המשפטי המשרדי להביע עמדה שאיננה נושאת חן בעיני השר הממונה, ולכן חיוני להבטיח את עצמאותו המקצועית של היועץ המשפטי ואת אי-תלותו בדרג הפוליטי". כפיפותם ליועצת המשפטית לממשלה מהווה ערובה חשובה לעצמאות זו, בעוד ביטולה יביא לפגיעה קשה בשלטון החוק, הוא טוען. לימון מוסיף: "קושי משמעותי נוסף בהצעת החוק בהקשר זה הוא בביטול הלכה למעשה של היכולת לגבש מדיניות משפטית רוחבית אחידה למשרדים השונים. הצעת החוק 'מפרקת' את מערך הייעוץ המשפטי לממשלה לגורמים, המשרתים אינטרסים ומאוויים שונים, ובכך פוגעת בקוהרנטיות של העמדה המשפטית המחייבת וביכולת לאכוף את הדין על הממשלה ורשויות המינהל... הצעת החוק קובעת למעשה דבר והיפוכו, כאשר היא מסירה מעל השר כל מגבלה משפטית ומתירה לו לקדם חקיקה, ראשית או משנית, אשר לעמדת היועץ המשפטי של משרדו - איננה חוקית".