במחסני החירום הלאומיים שבאחריות משרד הכלכלה נמצא מחסור בשלושה מוצרים חיוניים, בהיקפים הנעים בין כ־12% ליותר מ־50% מהכמות הנדרשת לפי תרחיש הייחוס. בנוסף, הפריסה הגאוגרפית של המחסנים הוגדרה בדוח כבלתי מספקת, באופן המגביר את הסיכון לשיבושי אספקה במקרה של פגיעה בתשתיות שינוע. בעיה חמורה במיוחד נוגעת למספוא. עוד לפני פרוץ המלחמה נרשם פער של 50%-100% בין הכמות הנדרשת לבין המלאי בפועל. לאחר עידכון תרחיש הייחוס בעקבות המלחמה, הפער גדל עד 300%. הדוח מציין כי המלאי הקיים אף אינו כולל מרכיבים חיוניים, דוגמת שמנים וויטמינים, שבלעדיהם לא ניתן לעשות שימוש במספוא. היעדר תכלול וסמכות ברורה יו"ר הוועדה לביקורת המדינה, ח"כ אלון שוסטר, התריע בדיון מפני כשל מבני מתמשך: "האחריות לביטחון המזון מפוזרת בין גופים רבים, ללא אסטרטגיה מתכללת וללא סמכות אכיפה ברורה. דוח המבקר מצביע על היעדר תכנון אסטרטגי, מחסור במלאי חירום, פיזור גאוגרפי חסר של מחסנים ופיקוח לקוי - כשלים שמחייבים טיפול מיידי". לדבריו, אירועי המלחמה פגעו קשות בענף החקלאות, כאשר עיקר הייצור מצוי באזורי עימות, והמשק הישראלי תלוי כמעט לחלוטין בייבוא גרעינים החיוניים גם לייצור מזון מן החי. מנהל תחום היערכות לחירום במשרד הכלכלה, רונן באום, ציין כי המשרד מחזיק שישה מלאים אסטרטגיים ומבצע ביקורות חודשיות, אך הודה כי במהלך המלחמה נוספו מוצרים למלאי ונוצרו פערים. לדבריו, המשרד פועל מול ספקים גם ללא חקיקה ייעודית, אך אינו אחראי להכנת האוכלוסייה לחירום. מן העבר השני, נציג המטה לביטחון לאומי ויקטור וייס אמר כי ברמת החירום רשות החירום הלאומית היא הגוף המתכלל, וברמה האסטרטגית נדרש גיבוש תוכנית ארוכת טווח לביטחון מזון. לדבריו, הוחלט שמשרד החקלאות יתאם את התוכנית, אך לשם כך נדרשת החלטת ממשלה ותוכנית חומש מתוקצבת. יוסי שפירא, סגן ראש רח"ל, הדגיש כי הבעיה המרכזית היא היעדר סמכות: רח"ל אינה רגולטור ואינה יכולה להנחות משרדים אחרים. לדבריו, נדרש תקציב ייעודי למלאי חרום, וקיים חשש ממשי לחוסרים בתחום החלבונים. התעשיה והחקלאות: ייבוא אינו תחליף נציגי התעשיה הזהירו מפני הסתמכות יתר על ייבוא. יו"ר איגוד תעשיות המזון, ליאור לוי, אמר כי התוכנית האסטרטגית לביטחון מזון קיימת על הנייר אך חסרה תקצוב מיידי: "ייבוא לא מחליף ייצור מקומי ומסכן את ביטחון המזון. תעשיית המזון והחקלאות המקומית היו מרכיב מרכזי ביכולת המשק לתפקד במלחמה". מנגד, במשרד החקלאות טענו כי אין מחסור בגרעיני חיטה למאכל, וכי הפער מתמקד במספוא. לדברי מנהל אגף החירום במשרד, שי זגדון, מכרזים שנעשו לא צלחו בשל מחירים גבוהים ושוק רווי, והמלאים נשמרים לשעת חרום בלבד.