מלחמות האזרחים שפרצו ברחבי העולם בשנות ה-90 הביאו לקוחות רבים לנשק הסובייטי, ובוט, כמו האוליגרכים בשעתם, ניצל את שעת הכושר שנפלה בחלקו. הוא מצא דרכים לשפץ ולרכוש צי אדיר של מטוסים סובייטיים, והקים יש-מאין חברה בינלאומית להעברת מטענים. הוא סחר בכול: מקררים, מזגנים, נוצות יען ובעיקר - נשק. תוך זמן קצר הגיעו עסקיו של בוט לממדי ענק. הוא שלט על צי אווירי של 60 מטוסי תובלה שטסו ללא הפסקה בין אפריקה, אירופה והמזרח התיכון, והעסיק קרוב לאלף עובדים ובהם טייסים הרפתקנים וצוות טכנאים ואנשי קרקע. כינויו היה 'הדוור'.
זאת הייתה שעתו הגדולה של בוט. הוא קנה ומכר וסחר בנשק במשך קרוב לשני עשורים, במלחמות אזרחים שהשתרעו על פני שלוש יבשות. הנשק שמכר הזין מלחמות עקובות מדם באפריקה, במזרח התיכון ובדרום אמריקה. עם רשימת לקוחותיו נמנו נשיאים ורודנים, ביניהם נשיא ליבריה לשעבר צ'רלס טיילור, העומד היום למשפט בבית הדין הבינלאומי בהאג; מנהיג המורדים באנגולה ז'ונאס סאווימבי, ומובוטו ססה סקו המנוח בקונגו.
בכל אותן מדינות השתוללו במשך שנים מלחמות אזרחים אכזריות במיוחד. דוח 2005 של ארגון זכויות האדם 'אמנסטי אינטרנשיונל' הגדיר את בוט כ"איש העסקים הבכיר ביותר" המעורב בסחר באמצעי לחימה עם מדינות שהמסחר עימן נאסר על-ידי האו"ם - בהן בולגריה, סלובקיה, אוקראינה וקירגיזסטן. בין היתר מיוחסת לבוט גם עסקת מכירת נשק אדירה מאוקראינה לאוגנדה דרך טנזניה.
אולם התמונה מורכבת הרבה יותר. בוט לא שירת רק רודנים אלא גם ארגונים במערב, כמו גם את הממסד הצבאי הרוסי. שירותי ביון ברחבי העולם שעקבו אחר בוט במשך שנים, ככל הנראה גם הסתייעו בשירותיו לא פעם. זו אולי הסיבה שבגינה הוא מעולם לא הועמד לדין על סחר בנשק, עד מעצרו לפני שנתיים. ארגונים במערב החלו אז לחשוד בבוט כי הוא שלח ידו גם בחימוש הטליבאן, ובלי למצמץ - גם בחימוש יריבי הטליבאן, אנשי הברית הצפונית באפגניסטן. על-פי דיווחים בעיתונות הבריטית, גורמי ביון בריטיים מצאו באפגניסטן עדויות שלפיהן העביר בוט נשק לאל-קאעידה. ההערכה היא כי ב-2006 היה בוט מעורב גם באספקת נשק רוסי לחיזבאללה עבור מלחמת לבנון השנייה (הרחבה בהמשך).
ויקטור בוט, מצידו, הכחיש לכל אורך הדרך כי הוא סוחר נשק. בראיון שנתן לרשת CNN ב-2002 טען כי מעולם לא מכר נשק לטליבאן או לאל-קאעידה. לדבריו, החברה שלו תפקדה כחברת משלוחים בינלאומית שאין לה אחריות למטען שהיא מעבירה, ממש כפי שלחברת המשלוחים האמריקנית שהעבירה את מדפסות הנפץ מתימן לארה"ב אין אחריות לעובדה שבתוך המדפסות הוסלק מטען נפץ על-ידי ארגון אל-קאעידה.