לאחר הודעת המשטרה והצבא שמדובר בתאונה, סערו הרוחות באזור. לכל גורמי הסיוע האזרחיים שהגיעו למקום היה ברור שהייתה כאן פעילות חבלנית. במוצאי שבת הגישה המשטרה לבית המשפט בקשה לנתח את הגופות, ובה היא עצמה פירטה שככל הנראה מדובר באירוע שבו בוצעה עבירה של יידוי אבן. ביום ראשון אמר מפקד מרחב חברון באופן רשמי לבני המשפחה שאכן מדובר בפיגוע.
פרט נוסף באירוע נוגע לאקדח של פלמר שנעלם מהמכונית. לבני המשפחה ברור מעל לכל ספק שהאקדח נגנב בידי מישהו שניגש אל כלי הרכב לאחר ההתהפכות. המשטרה טענה בתחילה שייתכן שהוא עף מעוצמת ההתהפכות, אך לפחות לפי הידוע למשפחה, הוא לא נמצא בסביבת המכונית.
מלאכי לוינגר, ראש מועצת קריית-ארבע, הגיע למקום הפיגוע כרבע שעה לאחר התרחשותו. לדבריו, האבן שפגעה בשמשה הקדמית ובראשו של אשר נראתה בבירור בתוך המכונית ולא היו הרבה התלבטויות לגבי מה שהתרחש שם. עם זאת הוא אינו מייחס כוונות זדון להודעות התקשורתיות של המשטרה והצבא. "יכול להיות שזו טעות חמורה. ביקשתי מקציני המשטרה ומקצינים בכירים בפיקוד המרכז שיחשבו פעם נוספת על הצורה שבה התנהלו הדברים כדי שדבר כזה לא יישנה. כבר היה חשש להטעיה של הצבא סביב הריסת הבתים במגרון (שם נאמר לראש מועצת בנימין שכוחות הביטחון בשטח לא הגיעו כדי לפנות, אלא לשם השתתפות בתרגיל. הכ"ח), ואני לא רוצה לחשוד שמדובר בהטעיה נוספת", הוא אומר. "אנחנו עובדים במשותף עם המשטרה והצבא, ורצוי שהאמון בינינו יישאר ואפילו יתחזק".
לעומת לוינגר, לבעז העצני, יו"ר ועד מתיישבי יהודה, אין שום פקפוק בנוגע למניע מנסחי ההודעות המוטעות. "הם לא אמרו את האמת. הם שיקרו שקר זדוני בגלל שלא התאים להם שיהיו מהומות מצדנו, וכדי לא להרוס את הנאום של ביבי באו"ם. זה ברור ושקוף. מילא אם זה היה קורה פעם אחת", הוא תוקף, "אבל לצערי הם משקרים באופן קבוע כל הזמן. אין בעיניי הבדל בכך בין דוברי המשטרה והצבא. המצב כיום הוא כזה שקשה לתפוס אותם במילת אמת. הם פשוט הופכים את היוצרות". לדבריו, "המטרה המוצהרת של הצבא לאחרונה היא אפס הרוגים אצל הערבים. וברגע שצבא ההגנה לישראל, אני מזכיר - לישראל, מגן על פורעים ערבים, התוצאה היא שיהודים מתים". העצני מוסיף שוועד המתיישבים מתכוון להתארגן כבר בימים הקרובים ולקיים משמרות במקומות המוּעדים ליידויי אבנים.
הייתה טענה שהאבן הושלכה מרכב חולף.
"זה עוד שקר", הוא אומר. "יש לנו תמונה של הכביש זרוע אבנים. זרקו אותן מצד הכביש באופן מסיבי". את המשמרות האזרחיות הללו קיימו כבר בעבר לאורך תקופה באותו אזור, והעצני אומר שהדבר סייע אז באופן חד-משמעי להפסקת יידויי האבנים. "הצבא נכשל פה בשמירה על האזרחים. יש כאן בעיה קשה. אגב, המח"ט הנוכחי של הגזרה מצוין, אבל הדג מסריח מהראש.
אהוד ברק הרס את הצבא, וגם את היחסים של הצבא עם ההתיישבות", הוא מאשים. "מצטברת פה מסה קריטית של פעולות נגד, של שקרים ושל שבירת אמון. מידע מוטעה במגרון, מסמך אלמוז המוכיח שיש אכיפה של בנייה בלתי חוקית רק על יהודים - אנחנו בדרך להתנגשות חזיתית שעלולה לגרום למשבר ברמה הלאומית", מזהיר העצני.
גם יו"ר מועצת יש"ע, דני דיין, התבטא בחריפות. "אין דרך אחרת לומר זאת: צה"ל לא אמר אמת לציבור, לא אמר אמת לתקשורת ולא אמר אמת למשפחה השכולה. דווקא כמי שרגיל להגן תדיר על צה"ל, אני חש כעס ואכזבה קשים כלפי הצבא, מפקדיו ודובריו שטייחו את רצח אשר פלמר ובנו יהונתן. לצערי צה"ל בחר לנהוג בדרך לא ישרה, לא חכמה ולא הגונה".
מאיר ברטלר, המתגורר באזור שילה, העלה את הבעייתיות שבהודעות הדוברים גם בנוגע לאירוע שהתרחש ביום שישי האחרון סמוך לכפר קוצרא, שם נורה למוות מתפרע פלשתיני בידי חיילים. "ההודעות שהצבא הוציא טענו שהמתנחלים עקרו כרמים של ערבים והתפרעו. חד וחלק: דבר כזה לא קרה. הודעות הדוברים של המשטרה והצבא מלאות לאחרונה אי-דיוקים, בלשון המעטה", הוא אומר. "אנחנו מרגישים באופן ממשי שאנחנו במלחמה מולם, כדי להוכיח את האמת".
- ממשטרת מחוז ש"י נמסר בתגובה: "המשטרה ניהלה חקירה מקצועית, וכל טענה בדבר ניסיון כזה או אחר לטייח נדחית על הסף, שכן המשטרה היא זו שדרשה לבצע נתיחה על-מנת להגיע לחקר האמת".
- מדובר צה"ל נמסר בתגובה: "בצה"ל מביעים צער ומשתתפים באבלה של המשפחה. בצה"ל דוחים מכול וכול את הטענות בדבר דיווח שקר על נסיבות האירוע. מבדיקה ראשונית של כוחות צה"ל שנכחו בשטח בזמן האירוע, שנסתמכה גם על חוקרי משטרת ישראל שהגיעו לזירה, עלה כי לא היה יידוי אבנים מצדי הדרך על הרכב וכי מדובר בתאונת דרכים. עם התפתחות חקירת התאונה על-ידי משטרת ישראל עלו ממצאים חדשים והם הוצגו על-ידי המשטרה".