מכיוון שלכל בית חולים ממשלתי יש תאגיד בריאות פרטי משלו, התנאים של הרופאים המתמחים המועסקים בידי קרנות המחקר משתנים ממרכז רפואי אחד למשנהו. להלכה תנאי ההעסקה אמורים להיות זהים לתנאי המתמחים המועסקים על-ידי המדינה, אבל למעשה יש פערים בשכר ובתנאים, וההסכם החדש עלול להגדילם.
לדוגמה, ברוב בתי החולים הממשלתיים, כגון הלל יפה ואיכילוב, המשכורת מגיעה בתלוש אחד. מהלל יפה אף נמסר לנו שאצלם "תנאי ההעסקה של כל המתמחים מושווים וזהים, הן מבחינת שכר הן מבחינת תנאים סוציאליים". אבל בבתי חולים אחדים ובהם רמב"ם, אסף הרופא, וולפסון, זיו וברזילי המתמחים מקבלים שני תלושי משכורת: משכורת בסיס מקרן המחקרים, ותשלום מהמדינה בעבור התורנויות שהם ביצעו באותו חודש. אף שהמדינה משלמת למתמחים על התורנויות, אין ביניהם יחסי עובד-מעביד, והמדינה למעשה מסירה את אחריותה כמעסיקה.
החלוקה בין שני תלושים אינה רק עניין ביורוקרטי הגורר טרחה של תיאום מס. לטענת המתמחים, היא באה לידי ביטוי בזכויות סוציאליות. הפרשות לפנסיה היו רק ממשכורת הבסיס של קרן המחקרים, ואילו בתלוש של התורנויות הופיעו ההפרשות לקרנות גמול והשתלמות. את תוספת הפנסיה של התורנויות, המגיעות למתמחים עובדי מדינה, הם לא מקבלים. ועוד: מתמחי קרן המחקרים אינם זכאים לקבל הלוואה בבנק יהב בתנאים המועדפים הניתנים לעובדי מדינה. ואף זאת: בחלק מבתי החולים עובדי קרן המחקרים נחשבים עובדים "זמניים", ולפיכך שנות ההתמחות אינן נחשבות לענייני ותק ובראשם לחישוב פיצויים.
לעתים קרובות רופא הניגש להתמחות אינו יודע איזה מסלול העסקה ייפול בחלקו. לחלק מהמתמחים מוצגת העסקתם בקרנות מחקר כשלב זמני לפני שהם יעברו לתקן ממשלתי. חלק עוברים ראיון קבלה למחלקה, ורק כשהם מתחילים לעבוד בה הם מגלים על איזה תקן הם עושים זאת, ממשלתי או תאגידי.
חלק מהמתמחים התאגידיים, בעיקר בבתי החולים בפריפריה, הם מבוגרים יחסית: רופאי משפחה שהחליטו להתקדם מבחינה מקצועית, או רופאים עולים שאין להם הרבה אפשרויות תעסוקתיות. זו הסיבה לכך שמספר המתפטרים בבתי חולים כמו וולפסון, אסף הרופא ובני ציון היה נמוך יחסית. אחרים הם רופאים שכל כך רוצים להתקבל למחלקה יוקרתית בבתי החולים הגדולים, שהם מוכנים לעבוד בכל תנאי.
צורת ההעסקה הזו אידיאלית גם למדינה וגם לבתי החולים. בתי החולים מקבלים כוח אדם זול יותר והם יכולים לנהלו כרצונם. החזקים ביניהם, אלה הנהנים מתרומות רבות ומתקציבי מחקר יוקרתיים, יכולים כך לגייס מתמחים במספר שיספיק להנהגת ארבע תורנויות בלבד בחודש לכל מתמחה (לשם השוואה, הפחתת מספר התורנויות לשש בחודש נחשבת לאחד ההישגים של המתמחים במאבק הנוכחי). משרד האוצר מצדו נהנה מכך שבתי החולים משלימים בדרך זו את הפער בין מספר התקנים הנמוך ובין הצרכים האמיתיים. לפי נציגי מאבק המתמחים, חסרים כיום כ-6,000 תקנים בכל הארץ.
אבל לא בטוח שהאשמה היא רק באוצר. בדוח המבקר מובאת עמדת ההסתדרות הרפואית, שממנה עולה כי "תאגידי הבריאות יצרו דרך לעקוף את מנגנון עידכון התקנים בבית החולים, והדבר גורם לחוסר שליטה במערכת התקינה".