מטה הפלמ"ח במזרע היה בצריף שנקרא 'צריף המודדים של הקרן הקיימת' בפאתי הקיבוץ. "בכל יום א' נערכה ישיבת מפקדים בהשתתפות יצחק שדה, יגאל אלון, אורי ברנר, יצחק דובנו, שוש ספקטור ומפקדים נוספים", העידה בלה גיטליס, חברת מזרע, שהתוודעה לייעודו האמיתי של הצריף כשנקראה לסייע ב'אספקה קטנה' ובעניינים שוטפים. למטה הפלמ"ח היו כמה סליקים - ברפת, בכוורת ליד הצריף, בחדר מגורים סמוך ובעליית הצריף עצמו. הסליק בעליית צריף המטה נקרא 'סליק השבת', משום שבו הוחבאו המסמכים השוטפים בסוף השבוע. אלא שביום הפקודה כשל 'נוהל השבת', והפלמ"ח נחלץ הודות לתושייתו ולאומץ לבו של אדם אחד.
מהשעה שלוש בליל השבת השחורה נעו שיירות צבא בכביש עפולה-נצרת, ובשעה ארבע בבוקר כיתרו יותר מאלף חיילים סקוטים את מזרע. בשער המשק הודיע המפקד הבריטי ל'מוכתר' הקיבוץ על הטלת עוצר מוחלט. הלה מחה נמרצות ונקט תרגילי השהיה למשיכת זמן (לפתע התברר שאיש מחברי מזרע ה'ייקים' לא יודע אנגלית). בכל אותו הזמן התנהלה פעילות קדחתנית לניקוי צריף הפלמ"ח.
"במעון מטה הפלמ"ח נמצאו באותה השבת שני אנשים בלבד - קצין תורן ואלחוטאית. בשעה שחדרו הבריטים למשק הצליחו השניים בעזרתם המסורה של חברי המשק להסליק את מרבית החומר", נכתב בספר תולדות ההגנה. כשהחלה התנועה המסיבית של השיירות הבריטיות הזעיקו שומרי הלילה את המא"ז (מפקד האזור) פינחס מרומי, וזה רץ עם שני שכניו, אברהם (טוּשֶק) אמרנט ואריה (זיגוֹ) ניר, לצריף הפלמ"ח. השלושה העירו את ציפורה רוזן האלחוטאית ואת יהודה סגס המזכיר הטכני, והחבורה התגייסה בבהילות ל'ניקוי' הצריף.
"בליל שבת ישבנו עד שעה מאוחרת והעברתי הודעות באלחוט למג"דים שיצאו לחופשת שבת על שינוי מקום ישיבת המפקדים שנועדה ליום ראשון", כתבה לימים רוזן לאורי ברנר, סגן מפקד הפלמ"ח שחקר את הנושא. "מכיוון שהגיעו שמועות שביגור עלול להיערך חיפוש של הבריטים הוחלט להעביר את ישיבת המפקדים למקום אחר. לא שיערנו שהחיפושים יהיו גם במקומות נוספים. עוד לפני עלות השחר הושלמה הסלקת אמצעי האלחוט, המפות והמסמכים. אני זוכרת היטב שנכנסתי לחדרך, אורי, וחיפשתי אפילו מתחת לנייר שהיה במכתבה מקרטון שהייתה על שולחנך. כשהאיר היום, ולדברי יהודה כבר לא נשאר דבר הדורש סילוק, עזבנו את הצריף".
החומר הארכיוני וקופסת המשדר נארזו בארבע מזוודות שהיו בהיכון למקרה חירום, ונתלשו חוטי החשמל של המשדר והאנטנה שהתנשאה מעל הצריף. כל החומר נלקח לסליק במתבן של מזרע, שבו נשמרו דגל הפלמ"ח וחומר ארכיוני. מכיוון שהסליק היה מלא עד אפס מקום הועברו המזוודות הגדושות לסליק במכבסה. עם השלמת ההסלקה הולבש סגס בסינר והוטל עליו לקלף תפוחי אדמה במטבח הילדים, וצפורה נטמעה באוהלי ההכשרה במשק (ונעצרה לאחר מכן). בשעה עשר בבוקר איתרו הבריטים את צריף המפקדה המבוקש והציבו עליו כוח אבטחה מוגבר.