הנתק האפשרי בין קסטרו לבין רוסיה הסובייטית, עוד לפני שפונו הטילים, עורר את החשש מאפשרות הפיכתה של קובה הנתונה בידי שליטים בלתי אחראיים למעצמת גרעין בן-יום. חרושצ'וב חשש מאובדן השליטה ושיגר לקובה את סגנו אנסטס מיקואין.
הארכיב האישי של מיקואין, האיש מספר שניים בקרמלין בזמן משבר הטילים, הגיע במלואו לידיה של סווטלנה סברנסקאיה, מנהלת הפעילות הרוסית של הארכיון לביטחון לאומי של ארה"ב. סברנסקאיה גילתה השבוע כי במו"מ שהתנהל בין קנדי לחרושצ'וב דובר על 42 טילים. למעשה, למרות הסיורים המוגברים של מטוסי הריגול שלו, נכשל המודיעין האמריקני ולא גילה כי היו בקובה יותר מ-100 טילים עם ראשי חץ גרעיניים.
לפי יומני מיקואין, חדל קסטרו הנרגז מלשתף פעולה עם בריה"מ בעיצומו של ההסדר על הפסקת המשבר. מיקואין רשם כי מצא את קסטרו עצבני היות שהיה משוכנע כי בריה"מ בגדה בו.
בתחילה, ובניגוד להוראותיו של חרושצ'וב, הציע מיקואין לקסטרו להשאיר את הטילים על אדמת קובה בתנאי שארה"ב לא תדע על כך. בהמשך השיחות בהוואנה, הבין מיקואין כי התפיסה של קובה על מלחמה גרעינית שונה מזו של ההנהגה הסובייטית, וכי מסוכן להשאיר את הנשק הקטלני בידי קסטרו התוקפן והנאבק על שמירת גאוותו ולו במחיר השמדתה של קובה ומחיקתה מהמפה העולמית. לכן שינה את עמדתו והחליט כי יש לסלק את מערכי הטילים מקובה, ובהקדם.
ב-22 בנובמבר, אחרי מגעים רבים וחילופי אגרות בין קנדי, חרושצ'וב וקסטרו, התקיימה פגישה לילית מכרעת בין מיקואין וקסטרו. בשיחה זו הביע קסטרו את החשש כי הסובייטים ממשיכים להיכנע לתכתיבי הבית הלבן, ושאל את מיקואין אם הוא יכול להשאיר את הנשק הגרעיני בקובה. קסטרו הצביע על כך שהאמריקנים לא ידעו על קיומם של כלי הנשק כולם, שרבים מהם הוסתרו במערות.
מיקואין הבהיר לקסטרו כי בריה"מ החליטה להחזיר את הנשק ללא קשר למידע שיש בידי ארה"ב. בהמשך השיחה שיקר מיקואין לקסטרו באומרו כי בבריה"מ יש חוק סודי האוסר של ממשלת הקרמלין להעביר נשק גרעיני למדינה שלישית. קסטרו חזר והתחנן וביקש ש"החוק" יבוטל ולא יחול עליו, אבל מיקואין לא ויתר, והנשק הגרעיני הועמס על אוניות רוסיות שהפליגו מקובה במהלך דצמבר 1962.
בכך הסתיים מבצע Anadir של הרוסים שגרם למשבר בין המעצמות. אך המתח ביחסים בין קובה לבריה"מ המשיך לשרור, וקסטרו שמר לה טינה עד סוף שנות ה-70' של המאה הקודמת.