מחקרים שבוצעו בשנים האחרונות מוכיחים, כי קיים קשר בין בריאות הפה והשיניים של ילדים ובין הבריאות הכללית שלהם, והוא אפילו דו-כיווני. המחקרים קובעים, כי מחלות השיניים והחניכיים, אינן מוגבלות לאזור הפה בלבד, אלא עלולות להשפיע על הבריאות הכללית, ומאידך, מחלות כרוניות שילדים חולים בהן, עלולות להשפיע על בריאות שיניהם ועל כן יש במקרים אלה חשיבות יתרה לטפל בהן.
כך לדוגמה, מחלת חניכיים מהווה גורם סיכון למחלות כלליות שונות כגון: מחלות כלי דם, מחלות לב, סוכרת, עודף כולסטרול ועוד. דלקת זיהומית של פנים הלב למשל, היא מחלה קשה, שהטיפול בה מצריך אשפוז וטיפול אנטיביוטי ממושך. החיידקים הגורמים למחלה, חודרים לזרם הדם וכיום כבר ברור שמקורם, בין היתר, עשוי להיות גם מזיהומים בחלל הפה כמו מוקדי עששת ודלקת חניכיים.
בכיוון ההפוך - מחלות כלליות של הילד או טיפולים שונים, עלולים להשפיע על בריאות חלל הפה. לדוגמה, למחלת הסוכרת השפעה ברורה על בריאות החניכיים. ככל שהסוכרת אינה מאוזנת, כך עולה שכיחותה של מחלת החניכיים וחומרתה. דלקת החניכיים תתבטא במקרים אלו בנסיגת חניכיים, בספיגת עצם מהירה ועד אובדן שיניים.
גם במקרים של ילדים החולים במחלות אונקולוגיות כמו סרטן למשל, הטיפול במחלה על-ידי כימותרפיה או הקרנות, כרוך בסיבוכים שונים שחלקם מופיעים בחלל הפה - שינויים בתפקוד בלוטות הרוק, הופעת נגעי עששת והרס המשנן ושינויים ברקמות הרכות היוצרים כיבים של הריריות המלוות בכאבים.
בקרב ילדים הלוקים במחלות הקשורות בדימום יתר, כמו לדוגמה מחלות קרישת דם (המופיליה), יש להעריך את מצבו הרפואי של הילד ולשקול בהתייעצות עם הרופא המטפל בו את הצורך בטיפול מקדים לפני ביצוע טיפול שיניים הכרוך בדימום, כמו במקרים של עקירת שן. במקרים כאלה ואחרים, יש במרפאת השיניים חומרים המיועדים לעזור במניעת דימום נרחב בזמן טיפולי השיניים בילדים אלה.
בקרב ילדים החולים במומי לב מולדים, יש לתת במקרים מסוימים אנטיביוטיקה מונעת לפני ביצוע טיפול שיניים. ההחלטה תהיה כמובן בהתאם לסוג המום ולחומרתו ולאחר התייעצות עם הרופא המטפל.