היהודים המהגרים לגרמניה זכו לסיוע לא רק מגורמי הממשלה, אלא גם מהעיריות ומהקהילות היהודיות. ממשלת גרמניה השקיעה כספים רבים גם בהקמת בתי כנסת חדשים ומפוארים, בבניית מרכזים קהילתיים ועוד, וזאת כדי שאותם יהודים, שלרובם היה ידע אפסי ביהדות, יתחברו בצורה חזקה יותר ליהדותם.
כל זה מחייב כמובן הימצאותה של הנהגה רוחנית, דתית והלכתית. לארגון הקרוי 'ועידת הרבנים האורתודוקסים דמדינת אשכנז' משתייכים 45 רבנים, מהם 35 המכהנים כרבני ערים או כרבנים אזוריים של כמה קהילות קטנות. לצדם פועלים בגרמניה 25 שליחי חב"ד, המפוזרים ב-14 קהילות. שניים מהם נבחרו לשמש רבני הערים המבורג ואופנבך. ההתחזקות הדתית והחזרה בתשובה נעשו תופעה נרחבת למדי בגרמניה, אומר הרב אנגלמאיר מקלן, "אם כי הדבר שונה, כמובן, מקהילה לקהילה. קיימות מאות משפחות צעירות שחזרו בתשובה, בין החדשים שבאו לגרמניה לאחרונה וגם בין הוותיקים יותר".
שתי ישיבות קיימות כיום בברלין, כל אחת קשורה לאחד מצמד בתי המדרש לרבנים. במזרח העיר נמצאת ישיבת 'בית ציון', הקשורה לבית המדרש לרבנים על שם הרב הילדסהיימר וכמוהו נתמכת בידי
רון לאודר. כיום לומדים בה כחמישים תלמידים, בני 18 עד 24. רובם הגדול לומדים בישיבה יום לימודים מלא; "שלושה 'סדרים' ביום", כהגדרת ראש הישיבה הרב יואל סמית שהגיע לברלין מאנגליה. תלמידים אלה, שחלקם כבר היו לתלמידי חכמים של ממש, באו רובם ככולם ממשפחות שזיקתן לדת הייתה אפסית. לצד הלימוד בישיבה הם עוסקים בפעילות של קירוב יהודים אחרים לתורה ולמסורת, והם צפויים לעסוק בכך ביתר עוז לאחר סיום לימודיהם.
בישיבת השנייה בברלין, ישיבת חב"ד, לומדים 25 תלמידים. "גם אצלנו כמעט כל התלמידים באים ממשפחות דוברות רוסית", מספר ראש הישיבה הרב אורי גמסון, שליח מישראל. "הנהגנו חידוש", הוא מגלה, "תלמידי הישיבה ובית המדרש לרבנות ילמדו לתואר אקדמי. אנו עומדים במשא-ומתן עם אוניברסיטאות כאן על עיצוב תוכנית לימודים מיוחדת לתלמידי בית המדרש, שבסופה יינתן תואר ראשון יחד עם הסמיכה. ברור לנו שלימוד באוניברסיטאות רגילות כרוך בקשיים רוחניים וחברתיים – גם בשל המסגרת הלא-יהודית, וגם בשל החברה המעורבת.
"הגענו להסכם עם שלוחת טורו קולג' בגרמניה, שלפיו תלמידים מהישיבה ילמדו בבוקר במסגרת הישיבה ובשעות אחר-הצהריים במסגרת נפרדת ב'טורו'. ההנחה היא שהצעירים מהמשפחות יוצאות ברית המועצות ילכו בכל מקרה ללמוד באוניברסיטה, עדיף שאנחנו ניתן להם את המסגרת המיוחדת".
כדוגמה לצורך בתוכנית מיוחדת הוא מספר על תלמיד מהישיבה הלומד באוניברסיטה גרמנית רגילה. "לקראת שמחת תורה הוא בא אליי ואמר שיש לו בחינה באוניברסיטה בחג ושהוא לא יודע מה לעשות. ניסיתי לשכנעו שלא ילך, והבטחתי שאפעל בעניין אצל רשויות האוניברסיטה. הבחור חשש מההיעדרות מהבחינה והלך בכל זאת, כתב ביום החג, ועכשיו כמובן לבו כבד עליו".
הרב גמסון מדגיש שהאקדמיזציה בישיבה ובבית המדרש של חב"ד הן המשך דרכו של מי שהקים את בית המדרש הראשון לרבנים בברלין, הרב ד"ר עזריאל הילדסהיימר, שעודד את תלמידי בית המדרש לשאוף אפילו לתואר שלישי. הוא הבין שרק כך יוכלו הרבנים להשפיע על הדור הצעיר בגרמניה, החשוף למודרנה, להשכלה ולרוחות הרפורמה.
בגרמניה פועלים לפחות שמונה בתי ספר יהודיים יומיים. שישה מהם מופעלים בידי הקהילות בברלין, בפרנקפורט, במינכן, בדיסלדורף, בקלן ובהמבורג. בברלין יש שניים נוספים – של חב"ד ושל קרן לאודר, וגם תיכון יהודי פועל בעיר.