זיהום מי שפיר הוא תופעה נדירה ביותר, אך מסוכנת מאוד. הגורם לבעיה זו הוא חדירת מזהמים (חיידקים או וירוסים) למי השפיר שבאופן תקין מהווים סביבה סטרילית (עקרה). זיהום מי השפיר עלול לגרום לירידת מים מוקדמת ובעקבותיה לידה מוקדמת, ולהפך, זיהום עלול להיגרם גם לאחר ירידת מים. חיידקים אלה עלולים לחדור למי השפיר בעקבות מחלת חום שלא טופלה או בעקבות זיהום וגינלי קשה, ולכן יש לעקוב אחר מחלות חום בהריון ולטפל בהן.
זיהום מי השפיר (כוריואמניוניטיס) נמצא כקשור בתחלואה עוברית קשה, הכוללת נכות ואף תמותה. דליפת מי שפיר שאינה מטופלת, עלולה להוביל אף היא לזיהום מי שפיר, במידה וישנה רטיבות חריגה בנרתיק, ותמיד כאשר קיים חשש לדליפת מי שפיר, יש לברר את העניין לעומק.
במקרים רבים, מקורה של רטיבות חריגה בדליפת שתן שנפוצה בהריון ואין בה כל סכנה. בדיקה ראשונית לרטיבות בלתי מזוהה, ניתן לבצע על-ידי בדיקה ביתית דוגמת מיטסט או בבדיקה בקופת-החולים. הבדיקה מאבחנת רטיבות שמקורה בדליפת מי שפיר המצריכה טיפול. בכל אופן, במידה ויש חשש לירידת מים, יש להגיע מיידית לבית-החולים.