במהלך הקיץ האחרון עברה מערכת ynet מרחוב יגאל אלון לרחוב קרמניצקי בתל אביב. המערכת הישנה נבנתה טלאי על טלאי, עם התרחבות האתר. בכל פעם נוסף עוד חדר, עוד משרד. כך נוצר מצב שכמה מאנשי המערכת שהו בקומה משותפת עם אנשי המחלקה המסחרית. במערכת החדשה יש הפרדה ברורה: קומה 3 היא קומת המסחר והשיווק, וקומה 4 היא קומת המערכת. יחד עם זאת, לדברי עובדים באתר, ההפרדה הפיזית לא הביאה עימה הפרדה מהותית, והשפעת השיקולים המסחריים על העבודה העיתונאית, שאיפיינה את האתר בשנים האחרונות, נמשכת במלוא עוזה.
מבט לאחור על החלק העליון בדף הבית של האתר מלמד על השינוי הגלוי שחל בנפח המודעות ובמיקומן. אם בשנים המוקדמות היה כמעט כל החלק העליון של דף הבית שמור לכותרות והפניות למדורי תוכן, הרי שברבות השנים הלכו ורבו המודעות וההפניות לחלקים מסחריים באתר.
בתחילת 2008 עבר דף הבית מתיחת פנים, שבמסגרתה נוספו שלוש קוביות חדשות לעמודת הכותרות המרכזיות. לצדן הופיעה תיבה חדשה המפנה למבצעי קניות. גולשים שהורגלו למצוא בחלקו העליון של דף הבית כותרות והפניות למדורים מצאו בו מבצעים למכונות כביסה ומצלמות. עד מהרה הפכה גם אחת הקוביות בעמודת הכותרות המרכזיות בדף הבית לשטח פרסום. תחילה פורסמו שם הפניות לתוכן של קבוצת
ידיעות אחרונות, ובעיקר העיתון הכלכלי "כלכליסט", שהחל לראות אור באותה שנה. בהמשך פורסמו בקובייה זו גם הפניות למבצעי קניות שונים. כך, במיקום שהגולש הורגל למצוא בו עד אז תוכן מערכתי, החלו להופיע מודעות לאוזניות, דיסק קשיח ונסיעות לחו"ל.
משנת 2010 החלה להפריד בין הכותרות הראשיות למדור החדשות בדף הבית רצועה המפנה למוצרים שפורסמו בלוח המכירות של האתר, WINWIN, ומשנת 2011 הופקע עוד שטח מחלקו העליון של דף הבית לטובת הפניות לסרטוני וידיאו של האתר (שרובם אינם עוסקים בחדשות ואקטואליה).
במקביל חלה פלישה של תוכן ממומן לעמודי האתר. "ערן טיפנברון הפך את ynet ממערכת עיתונאית למוקד טלמרקטינג", אומר עיתונאי שכבר אינו עובד באתר. "המסחור אכל כל חלקה טובה. כל הגישה נהייתה מסחרית, המון פרסומות סמויות, המון טורים של כאילו בעלי דעה אבל בעצם בעלי מאה, המון תוכן חינמי, המון דברים שמורידים את המעמד של העיתונאי".
כך, לדוגמה, בתת-מדור "בית ישראלי", ששייך למדור נדל"ן, ניתן למצוא מאמרים רבים שנכתבו לא על-ידי חבר מערכת ynet, אלא על-ידי מומחים שונים לנושא, כאשר בתחתית כל מאמר שכזה מצורף לשורת הקרדיט גם קישור או שניים לאתר של המחבר. בתת-מדור "קנייה, מכירה, השכרה", למשל, מתפרסמות באופן קבוע רשימות מאת עדינה חכם, מנכ"לית אנגלו-סקסון, הנראות כמודעות למגורים בשכונות שונות ברחבי המדינה.
בכמה מהערוצים האחרים קמו מדורים ותתי-ערוצים הממומנים בשלמותם על-ידי חברה מסחרית חיצונית. בערוצי הבריאות והכלכלה של ynet התופעה בולטת במיוחד.
בערוץ הכלכלה של ynet ניתן למצוא, בין היתר, מדור בשם "כלכלה ירוקה", שעליו פרשה חסות חברת ואוליה, ומדור "קריירה" נעשה בשיתוף פעולה של חברה אחות בקבוצת ידיעות אחרונות, אולג'ובס. רק באחרונה עלה במדור הכלכלי ערוץ בשם "עסקים קטנים", בחסות
בנק הפועלים, שנועד לקדם מיזם משותף לבנק, לידיעות אחרונות ול-ynet. בכתבה שמזמינה בעלי עסקים להשתתף במיזם מובטח להם, בין היתר, "סיקור מערכתי" של עסקיהם. מדור זה בא בהמשך לשיתוף פעולה קודם בין הגופים, במדור "משפחה בצמיחה".
ערוץ הבריאות כולל, בין היתר, מדור בשם "מחלות ילדים", שמוצף בפרסומות לאקמולי, מעוצב בצבעי המוצר וכולל קישור לדף הפייסבוק של התרופה.
מדור ששיתוף הפעולה בו בוטה עוד יותר הוא "פארם-נט". במדור אין גילוי נאות ביחס לקשר בינו לבין
סופר-פארם, אך כל המודעות במדור הן מטעם סופר-פארם, מפה קבועה במדור מובילה את הגולש לסניף הסופר-פארם הקרוב למקום מגוריו, קישור נוסף מוביל לשירות "קליק-פארם" של סופר-פארם, ורוקחי סופר-פארם משיבים לשאלות בפורום של המדור.
ציטוטים מפי רוקחי סופר-פארם אף משולבים בתוכן מערכתי המתפרסם במדור. פעם אחר פעם, כתבה אחר כתבה אחר כתבה אחר כתבה, התוכן המערכתי של המדור כולל פניות לעצות מקצועיות מטעם רוקחי סופר-פארם, תוך ציון רשת בתי-המרקחת שבה הם מועסקים.
מנוע החיפוש של גוגל מראה כי הביטוי "רוקחת סופר-פארם" מופיע באתר 975 פעמים, והביטוי "רוקח סופר-פארם" מופיע עוד 45 פעמים. לעומת זאת, לרוקחי רשת בתי-המרקחת האחרת,
ניו-פארם, אין כמעט אזכורים באתר. הביטויים "רוקחת ניו-פארם" ו"רוקח ניו-פארם" כלל אינם מופיעים באתר ynet, לפי גוגל. גם כשמשווים את סך האזכורים לרשתות בכלל האתר, סופר-פארם מובילה על ניו-פארם עם פי שלושה אזכורים.
בימים אלה עתיד לעלות מדור חדש המתבסס על שיתוף פעולה עם גורם חיצוני, מדור משפטי שיתבצע בשיתוף פסקדין, כך מעידים בחברת המידע המשפטי. כבר כעת מספקת פסקדין שלל תכנים ל-ynet, אך לקראת הרחבת שיתוף הפעולה הפיצה החברה מודעה המבטיחה "חשיפה כעורך-דין בגוף המייעץ של ynet" וכן "שתמונתך תככב בכתבות משפט ב-ynet".
בשיחה עם "העין השביעית" הסביר נציג פסקדין כי ב-ynet עתיד להתפרסם ערוץ "חקיקה ומשפט", שם, לדבריו, "יש לנו שיתוף פעולה שמתרחב בצורה, נקרא לזה, אגרסיבית מאוד, שדרכו אנחנו יכולים להציג עורכי-דין ברמה התדמיתית הכי גבוהה שיש היום בארץ. נניח מול כתבות, כתבה שאנחנו כותבים בשמך, ועוד ועוד
אפשרויות". הנציג הבהיר כי קידום עורך-הדין באתר ynet ייעשה ישירות מול פסקדין ולא מול מערכת ynet. בהמשך השיחה הדגיש: "הכתבות האלה מופיעות בהום-פייג' כמובן, בעמוד הראשי".