התבטלות זו מצידם של הגורמים שאמורים להיות היותר לאומיים בממשלת האחדות שניהלה את מלחמת ששת הימים, ובראשם השרים 'הלאומיים' 'הדגולים', מנחם בגין ומשה חיים שפירא, שהפגינו (בגיבוי שאר השרים וראש הממשלה אשכול), אזלת יד מחפירה שתירשם על שמם לדראון עולם, מול שר הביטחון משה דיין, איפשרה לדיין לנהל ברוב איוולתו מדיניות מעוותת משלו, שעיקרה מסכת ויתורים לטובת האויב, על האתרים היותר מקודשים לעם ישראל – הר הבית ומערת המכפלה. צחוק הגורל הוא, שדווקא מאוחר יותר שינה דיין את טעמו וביקש להחיל את החוק הישראלי על כל יו"ש. שוב היה זה מנהיג המפד"ל 'הלאומי' שפירא שהתנגד, עד כדי כך שדיין תהה כלפיו: "כיצד יכול יהודי דתי להיות שתרן כזה". מי שלא עמד מנגד ואפילו התעמת עם שר הביטחון, למרות כפיפותו הפורמלית המוחלטת כלפיו, היה הרב הראשי לצה"ל האלוף הרב שלמה גורן, שנקט באמצעים פיסיים בשטח על-מנת לממש את הריבונות על הר הבית ועל מערת המכפלה. למרבה הצער הצליח דיין לסלקו מהר הבית, אך בזכותו של הרב גורן נמנעה הותרת מערת המכפלה כמסגד מוסלמי, שיהודים רשאים להגיע עד למדרגה השביעית שלו, וכל כניסה מעבר לכך תחויב בחליצת נעליים כמקובל באתרי האיסלאם. עדות נאמנה לכך, מופיעה בספרו האוטוביוגרפי 'בעוז ובתעצומות', שראה אור בימים אלה, בעריכת אבי רט. מסתבר שהרב הבין טוב מן הפוליטיקאים השחוחים, שכל מהלך של מנצחים בסערת הקרבות, מקבע מצב לנצח. נתחיל באפיזודה קלה: "כשהגענו [לכותל בסערת המלחמה מצאנו עליו] שלט חרסינה בערבית ובאנגלית – 'אל בוראק', זה שמו של הסוס של מוחמד" מספר הרב גורן. "לקחתי את ה'עוזי' של הנהג, ועם הקת שברתי את השלט וריסקתי אותו לגמרי". היום ספק אם המעשה הזה היה עובר בג"ץ. הרב גורן ממשיך לגבי השתלטותו על ההר: "התמקמנו בהר הבית. פתחתי מדרשה ליד שער המוגרבים ותליתי שלט, 'המדרשה של הרבנות הצבאית על הר הבית'... התחלנו להתפלל במדרשה באופן קבוע. קראנו מספרי התורה שהיו לנו על הר הבית, וכן היו לנו שם ספרי קודש... מיניתי עשרה קציני הר הבית. נתתי להם סרטים לשרוולים ועליהם כתוב: 'קצין הר הבית'. הם שלטו שם ארבעים יום, עד דיין הלך והעביר אותו למוסלמים. "יום אחד בא אלי דיין ואמר לי שאני צריך להתקפל ולצאת מהמדרשה, להוציא את הספרים ואת כל מה שיש לנו שם וכן את הקצינים, מפני שהוא מסר את השליטה בהר הבית לוואקף המוסלמי. חשתי באותו רגע כאילו שמעתי רעם ביום בהיר. הוא אמר שהוא עושה זאת על דעת הממשלה.

"מיד כתבתי מכתב ארוך בנושא הר הבית לוועדת השרים למקומות הקדושים. הזהרתי מפני מסירת קודש הקודשים של האומה לוואקף המוסלמי צוררי ישראל. אע"פ שגם מר בגין היה חבר ממשלת הליכוד הלאומי, הוא עשה מעט מאוד להגנת האינטרסים והזכויות שלנו – לא בקשר למערת המכפלה ולא בעניין הר הבית. "בט' באב תשכ"ז לקחתי איתי כמאה איש ועליתי להר הבית דרך שער המוגרבים. התפללנו מנחה, קראנו בתורה ועליתי למפטיר, שמסתיים במלים: וַהֲבִיאוֹתִים אֶל הַר קָדְשִׁי וְשִׂמַּחְתִּים בְּבֵית תְּפִלָּתִי עוֹלֹתֵיהֶם וְזִבְחֵיהֶם לְרָצוֹן עַל מִזְבְּחִי כִּי בֵיתִי בֵּית תְּפִלָּה יִקָּרֵא לְכָל הָעַמִּים. נְאֻם ה' אלוקים מְקַבֵּץ נִדְחֵי יִשְׂרָאֵל עוֹד אֲקַבֵּץ עָלָיו לְנִקְבָּצָיו. "למחרת פירסם 'הארץ' את עניין התפילה שהתפללנו בהר הבית... ואת הכרזתי שבשבת נחמו שאחרי ט' באב אני מזמין 50,000 איש להתפלל בהר הבית ולקבוע זכותנו להתפלל בהר הבית ולא רק בכותל. הודעתי שאיני מתכוון לפגוע במסגדים אלא רק לממש זכותנו להתפלל במקום הקדוש הזה. "ביום ה' לפני שבת נחמו קיבלתי טלפון מדיין. הוא דיבר מישיבת הממשלה ואמר שהממשלה החליטה לבקש ממני לבטל את התפילה על הר הבית. הודעתי לו שאני מסרב. הוא ביקש בשם רה"מ לוי אשכול שלפחות אדחה את התפילה לזמן אחר... אמרתי לו שיודיע בשמי שהתפילה נדחית. אך מילה של דיין אינה מילה, ובמשך כל היום והלילה הוא פירסם עשר פעמים שביטלתי את התפילה ולא שדחיתי אותה. "...כל חיי אני מצטער שוויתרתי לו בקלות יתירה על התפילות שלנו בהר הבית. הייתי צריך להתפטר מהצבא ולעשות שַמות, כדי שנוכל להמשיך להתפלל על הר הבית. "...בינתיים המוסלמים השתלטו על הר הבית ובסיוע המשטרה לא נתנו להתפלל. בי הם לא פגעו, וכך נכנסנו עם נשק למקום שאליו מותר. ערכנו שם תפילות והשתחווינו, ונפלנו על הרצפה כמו שהיה נהוג בבית המקדש. "המצב הלך והידרדר. אמרתי לדיין שכשר הביטחון היה בידו לשמור על קודש הקודשים של האומה, והוא מסרו בזדון לוואקף. הוא טען שהיה לו גיבוי של כל הממשלה, והאשים את בגין בכך שלא דרש שנשאיר זכות תפילה ליהודים על הר הבית. כך הפסדנו את הר הבית".

למרבה המזל הסתיים המאבק בין דיין לרב גורן על מערת המכפלה בצורה שונה. הרב גורן: "לאחר הרגיעה בקרבות התחלתי לחשוש לגורל מערת המכפלה. עלה בליבי החשד שמשה דיין מתכנן להחזיר את המערה למוסלמים... החלטתי שאת ארון הקודש עם ספר התורה שהיו אצלי במשרד במטכ"ל, אעביר למערת המכפלה כדי לקבוע עובדות... ימים ספורים אחר כך... בא אלי פתאום משה דיין ואמר לי: 'הרב גורן, דע לך שאני מסרתי את מערת המכפלה להנהלה של הקאדי של הוואקף'. הגבתי בכעס ותדהמה: 'מי נתן לך רשות למסור? זה רכוש פרטי שלך?'. הוא ענה: 'ככה החלטתי', ואמר שעלי... להוריד את הדגל שתליתי שם כי זה מסגד ערבי, להוציא את ספר התורה ואת ארון הקודש כי זה לא ביכ"נ, ולקבוע הוראת קבע, שכל יהודי שרוצה להיכנס למערה יכול להתפלל עד שבע מדרגות [זו הייתה דרכם של המוסלמים החברונים להשפיל את 'הכופרים היהודים' שטענו לזכויות בעלות על מערת המכפלה – מ.ר.], ואם הוא רוצה להיכנס למערה, הוא חייב לחלוץ נעליים מפני שהוא נכנס למסגד. "לשמע הדברים האלה התפוצצתי מרוב כעס. אמרתי לו: 'אתה הולך למסור את המערה לערבים?! זה מקום יהודי קדוש. פה קבורים אבות ואימהות האומה, כאן החלה מלכות בית דוד, על זה נלחמו חיילינו. מי נתן לך רשות לוותר על הכל ולמסור לערבים? עזבתי בכעס. אחר כך באתי לדיין אל משרדו ואמרתי: 'היֹה לא יהיה! אני שתקתי כשמסרת את הר הבית לוואקף המוסלמי. הייתי צריך שם להפוך עולמות, ולצערי לא עשיתי את זה. אך פה זה לא יילך. כל עם ישראל יקלל אותך לעולם ועד. אתה תהיה לאדם המקולל ביותר בהיסטוריה היהודית. תיזכר לדיראון עולם'. "...כך אמרתי לו מפורשות: 'אני אפר את ההוראה ולא אוציא את ספר התורה... על ספר התורה ועל חליצת הנעליים אלחם בכל כוחי, ואדאג שכל מי שהעניין יקר לו, יילחם בך כנגד ההחלטה הזו'". הרב גורן מספר כי בנוסף למפגש הטעון עם דיין הוא שלח לו "מכתב זועם ונוקב ולא חסכתי ממנו את שבטי", בעניין מעמדה של מערת המכפלה. במכתב נאמר בין היתר כי "הסדרים שהינך עומד להנהיג במערה פירושם הסגרת המקום הקדוש של העם היהודי למרצחים החברוניים, מארגני הפוגרומים שרצחו בדם קר מאות יהודים... זה בנוסף להסגרת הר הבית מקום המקדש וקודשי הקודשים שלנו לגבאי הוואקף המוסלמי. זאת עלולה להיות בכייה לדורות, והעם היהודי לא יסלח לך על כך לעולם"... למחרת שיגר הרמטכ"ל רבין מכתב לרב גורן, שבו מודיע הרמטכ"ל שהוראת שר הביטחון באשר לספר התורה וארון הקודש ולחיוב כל יהודי לחלוץ נעליו במערה – נדחית עד להודעה חדשה. כך הפך הזמני לקבוע, ומה שאולי נחשב אז זמני, בעניין פטרונות הוואקף על הר הבית, הפך למצב של השפלה מחפירה, "שועלים הילכו בו", המתמשכת עד עצם היום הזה.