חטיפתם של הנערים אייל יפתח, נפתלי פרנקל וגיל-עד שאער באה בזמן לא טוב לחמאס. הארגון, שמנסה כעת לפלס את דרכו בפן הפוליטי יותר מאשר בפן הצבאי, נכשל בתפקידו. במאמר שפרסם שלומי אלדר באתר "אל-מוניטור", הוא אומר שזוהי הפעם הרביעית שבה הזרוע הצבאית של החמאס מפרה את הוראות ההנהגה.
בשני המקרים הראשונים, בני משפחת קוואסמה - מהחמולות הגדולות בחברון ומשפחה המהווה את התשתית העיקרית של חמאס בעיר - הפרו את הפסקות האש בין ישראל לחמאס, בשליחת מחבלים מתאבדים. פיגוע אחד היה ב-19 באוגוסט 2003, כאשר מחבל מתאבד פוצץ עצמו באוטובוס בירושלים, ופיגוע שני ב-31 באוגוסט 2004, כאשר שני מחבלים מתאבדים ביצעו פיגוע בבאר-שבע. המקרה השלישי הוא חטיפת
גלעד שליט, שנעשה בהוראת אחמד ג'עברי. אם מאחורי החטיפה עומדת תשתית חמאס בחברון, אומר אלדר, הרי שתשתית החמאס בעיר מנסה להרוס את ממשלת האחדות עם אבו-מאזן.
לאור המקרים האלו ניתן לשאול: מי בעצם האדם האחראי בחמאס, מי שולט בו? הזרוע המדינית על הזרוע הצבאית או ההפך? נראה, כי מקרה החטיפה הנוכחי מצביע שוב על סכסוכים פנימיים בתוך החמאס. זוהי כנראה גם אחת הסיבות לכך שאף אחד לא נטל אחריות על החטיפה. סכסוכים אלו רעים לחמאס, אבל יכולים לנוע לכאן או לכאן מבחינת ישראל. סכסוך פנימי טוב לישראל, כי הוא מחליש את החמאס מבפנים. סכסוך פנימי רע לישראל, כי גורמים מארגון יוציאו לפועל פעולות ללא אישור מלמעלה. כמו-כן, סכסוכים בחמאס והיחלשותו יכולים להביא לעליית גורמים אחרים בזירה, קיצוניים עוד יותר.