הריא"ל גרס, כי קיימים שני רבדים של תשובה, ושניהם עולים מן השורש שו"ב, ומובנם חזרה אל המקור. הרובד האחד הוא תשובה אישית, המחייבת את האדם הפרטי לשוב אל חיק הבורא: "וְשַׁבְתָּ עַד ה' אֱ-לֹהֶיךָ"; והרובד השני הוא תשובה כללית, קולקטיבית, של האומה כולה, ועניינה שיבה לארץ ישראל וקימום האומה והארץ מחורבנן. "תשובה כללית [היא] שישובו ישראל לארץ הקדושה", כתב במאמרו המונומנטלי 'פתח כחודו של מחט'.
ניתנה האמת להיאמר, שאף שמדובר ברעיון מבריק, מרעיש מבחינת התעוזה שבו, שאיש מכל הוגי הדעות שקדמו לא העלו לפניו, יש לו שורשים כבר במקרא ובחז"ל. שיבת שמואל הנביא לביתו מתוארת במילים אלה: "וּתְשֻׁבָתוֹ הָרָמָתָה כִּי שָׁם בֵּיתוֹ" (שמ"א ז', י"ז). ואילו התנא הארצישראלי רבי יונתן, מתלמידי רבי ישמעאל, אמר כבר לפני 1,900 שנה, כי "גדולה תשובה שמקרבת (נוסח אחר: שמביאה) את הגאולה".
ואולם, מדברים אלה לא ברור אם מדובר בתשובה פרטית או קולקטיבית. היה זה כאמור הרב יהודה אלקלעי, ממבשרי הציונות, שראה בתשובה פתח לגאולה לאומית. הוא פירש את מאמרו של האמורא הבבלי רב: "כלו כל הקיצין, ואין הדבר תלוי אלא בתשובה", באורח מקורי, חדשני ונועז: אין מדובר כאן בתשובה במובנה הרגיל, אלא בשיבה [=תשובה] לארץ ישראל.
הריא"ל קבע שקיים חילוק בין תשובה פרטית - זו שעליה כתבו פוסקי והוגי הדורות - לבין תשובה כללית. לאחר תיאורו את התשובה הפרטית, שמחייבת כל אדם מישראל, הוא עובר לתשובה הלאומית (כתבי ריא"ל, ע' 323-4): "אבל התשובה הכללית, רוצה לומר, שישובו כל ישראל אל ה' אלוקינו לארץ נחלת אבותינו, כי 'הדר בחוצה לארץ דומה כמי שאין לו א-לוה' (כתובות, ק"י, ב') ו'ישראל בחוץ לארץ עובדי עבודה זרה בטהרה הם' (עבודה זרה ח', א')".
וכך גם פירש את אימרת הרמב"ם: "ואין ישראל נגאלין אלא בתשובה" (הלכות תשובה ז', ה'): "רצונו לומר", אומר הריא"ל, "תשובה כללית שישובו לארץ ישראל הקדושה" (כתבי ריא"ל, ע' 324). במילים אחרות: תשובה כללית אינה אלא השיבה לא"י.
ובהמשך (ע' 400), על מאמר חז"ל: "הקב"ה מעמיד להם מלך שגזירותיו קשות כהמן - ומחזירן למוטב" (סנהדרין צ"ז ב'), מזהיר הריא"ל: "אם לא יעשו תשובה לארץ ישראל, הקב"ה מעמיד להם מלך שגזירותיו קשות ורעות ומחזירן בעל כורחם, שלא בטובתם, 'כִּי בְיָד חֲזָקָה יְשַׁלְּחֵם וּבְיָד חֲזָקָה יְגָרְשֵׁם מֵאַרְצוֹ' (שמות ו', א'), ... 'וּבְעֵירֹם וּבְחֹסֶר כֹּל' (דברים כ"ח, מ"ח)". כמה כואב להיווכח, במבט לאחור, עד כמה אמיתית הייתה אזהרתו של הגאון מזמלין.