אלא שזו הייתה דעת חלק מן ההנהגה. כך למשל דחה בבוז הגאון רבי אלחנן וסרמן, ראש ישיבת ברנוביץ, את יוזמת ד"ר זרח ורהפטיג, מפעילי העלייה בימים ההם, לקבל עבור תלמידיו אשרת כניסה לארץ ישראל באמצעות עליית הנוער של הסוכנות היהודית. הרב וסרמן כל כך תיעב את התנועה של 'הציוניסטען', עד שהגדירה "שליחת השטן", ואת הערבים כינה שליחי "הדין של מעלה" (על-פי הספר 'דת הציונות' ע' שנ"ו-שנ"ח). הרב טען שהצעתו של ורהפטיג המזרחיסט (שאת תנועתו הגדיר בכינוי הנורא: 'עבודה זרה בשיתוף'), הורסת לו את ישיבת ברנוביץ. ברוח דומה התבטא רבן של ישראל הגאון רבי חיים עוזר גרודז'ינסקי, שטען כי "עליית בני הישיבה תוציא אותם מחיי הישיבה" ('פליט ושריד בימי השואה', ד"ר ז. ורהפטיג, ע' 148). רבי חיים עוזר, רב העיר וילנה שנחשב לרבם של כל בני הגולה של קהילות מזרח אירופה, נמנע מלעודד את תלמידי הישיבות להציל נפשם מעמק הבכא, כשסבר שמדינת ליטא תהא מקלט בטוח ליהודים. הוא נהג לומר ש"ליטא לא תהיה שחורה (כלומר, תחת שלטון נאצי) ולא אדומה (תחת שלטון רוסי) אלא ורודה" ('עדות חורבן יהדות אירופה', רות ליכטנשטיין, ע' 337). אותו מלאך-הצלה שביקש לחלץ את עולם הישיבות מהתופת, 'מיזרחיסט' רחמנא לצלן, ד"ר ורהפטיג, אשר אירגן מנוסת אלפים מן התופת דרך סיביר ויפן, עם ויזות יפניות (מסלול שאכן עברה בסופו של דבר רק ישיבה אחת – ישיבת מיר), נדהם מן האדישות, לעומת הפעילות הקדחתנית של אחרים שעשו הכל להשגת תעודות מסע שבחסותן ייחלצו מן הקטסטרופה שבדרך: "ולא הייתה אצל בני הישיבות נטייה לסגור את הגמרות... ולבלות ימים רבים בקובנה, לעמוד בתורים ולצבוא על דלתות משרדים כדי להשיג מסמכים, אישורים וויזות שספק אם יועילו... רחוב הפליטים הציונים היה רועש וסואן, אחוז בולמוס יציאה מהכלוב הליטאי; דיונים על אפשרויות יציאכה מהכלוב הליטאי היו בראש שיחם - ואילו בעולם הישיבות שררה לכאורה אווירה רגועה, היו שקועים בלימודים ובשיחות מוסר... ראשי הישיבות והנהלות הישיבות לא עודדו פעילות כלשהי להשגת דרכונים (תעודות מסע) או ויזות" ('פליט ושריד', ע' 149). נאנח ורהפטיג: "אני דאגתי להצלת בני הישיבות, וראשי הישיבות דאגו להצלת הישיבות" (שם, ע' 148). מיותר לציין שבסופו של דבר נספו כולם במיתות משונות ואכזריות במיוחד, מפני שהנאצים נהנו להתעלל דווקא בהם.

אבל למה שיעזבו אם האדמו"ר מבאבוב, רבי בן ציון הלברשטאם, גרס כי השואה הינה בכלל חבלי משיח? "לשם מה להסתתר? האם בכלל אפשרי הדבר להסתתר מפני חבלי משיח?" ('בקדושה ובגבורה', יהושע אייבשיץ, ע' 147). לבסוף צעד אל בורות המוות כצאן לטבח, כשהשטריימל לראשו וחלוק המשי השַבָּתי לגופו. כך נהג גם הרב שרגא פ. שפירא, מישיבת קלם בליטא, שהקים בבלגיה ישיבה ובה 300 בחורים. "ראש הישיבה... טען כי זכות הישיבה תגן עליהם", אך בסופו של דבר הייתה תחנתם האחרונה של הבחורים שנשארו בישיבה – 50 במספר - במחנה המוות מיידאנק (על-פי 'עדות חורבן', רות ליכטנשטיין, ע' 290). ואילו האדמו"ר מסטמאר, אויב מושבע של התנועה הציונית, אשר מנע בתוקף עליית חסידיו, נחלץ ברגע האחרון בעזרת סרטיפיקט (רשיון עלייה) של – צחוק הגורל! - 'הציוניסטען', ויצא לחיים ברכבת ההצלה הציונית, בדיוק כשהמוני חסידיו נדחסו ברכבות המוות שדהרו לאושוויץ. סרטיפיקטים ציוניים גם חילצו את האדמו"ר מבעלז ואחיו הרב מבילגוריא, מעמק הבכא ההונגרי, לא לפני שהספיקו 'להרדים' את "אלפי ישראל, עם רבנים גדולי תורה ואלופי ישראל ונכבדי המדינה", בבית הכנסת המרכזי בבודפשט: "שהצדיק [האדמו"ר מבעלז] רואה שתשרה פה לתושבי מדינה זאת מנוחה ושלווה, שהצדיק רואה כי טוב, וכל טוב, ואך טוב וחסד, ירדוף וישיג את אחינו בני ישראל בני מדינה זו". לא ניכנס לצדדים ההלכתיים של טרגדיה זו של ליקוי מאורות על פתחו של גיהינום, ברוח אזהרת הנביא: "וְאָבְדָה חָכְמַת חֲכָמָיו וּבִינַת נְבֹנָיו תִּסְתַּתָּר". המפתיע הוא שרק מעטים הבינו את גודל הטעות ואזרו עוז לחזור בהם. למשל הרב ישכר טייכטל, מחבר 'אם הבנים שמחה', קנאי מחוגי סטמאר, שזנח קנאותו, והאשים בספרו המרטיט את "הראשים ומנהיגי העדה" באימוץ שיטת המרגלים: "אפילו צדיקים יכולים להיות מרגלים; וכל הֵמה אשר בזמן הזה נגד העלייה ונגד בנין הארץ, הֵמה מכת המרגלים, ואלו הבוחרים בעליה, הֵמה מכת יהושע וכלב" (ע' שס"ז). חומר למחשבה, לפחות ביום אחד בשנה, יום הקדיש הכללי, לנשמות 600 ריבוא הקדושים שנספו בשריפה הנוראה אשר שרף השם.