מעשית מתקיימת מחלוקת מהותית באשר לפרשנות האולטימטיבית של ההסכם משנת 1974, כאשר אליבא דאירן, על סבא"א לבדוק רק את המידע שהועבר רשמית והוצהר על ידה לגבי מתקני גרעין וחומרים גרעיניים בשטחה, ובמשתמע, מידע חיצוני, גלוי או סמוי, אינו מתיר לארגון לפעול לאימותו או הזמתו.
יודגש כי חשיפת המתקנים הגרעיניים האסטרטגיים דוגמת נתאנז ו-אראק נבעה ממידע שמקורו במתנגדי משטר גולים, ורק בעקבות כך נאלצה טהרן להודות בפני סבא"א, בדבר קיומם. כך גם לגבי משלוחי אוראניום שנכשו במזרח הרחוק, פעילות להמרת אוראניום וכן טכנולוגיית העשרה באמצעות לייזר.
אמצעי הניטור של סבא"א באירן מותאמים כאמור רק לפעילות הגרעינית המוצהרת של טהרן, אולם במתווה זה אין כל התייחסות לסוגיית הממד הצבאי של תוכנית הגרעין. דרישתה החוזרת ונשנית של סבא"א לבקר במתקן הצבאי ב-פרצ'ין (PARCHIN), שם קרוב לוודאי בוצעו פעילויות וניסויים הנוגעים להכשרת ראשי נפץ גרעיניים לטילים, נענתה עד כה בשלילה מוחלטת (למעט ביקור שטחי שנערך במקום בשנת 2005). מכל מקום, נכון לעיתוי זה, סבא"א קובעת כי אין ביכולתה לאמת כי תוכנית הגרעין של אירן היא בעלת מאפיינים אזרחיים בלבד.
גם אם דיווחי סבא"א מאז כניסתו לתוקף של הסכם הביניים עם אירן (נוב' 2013) מצביעים על הקפדה אירנית על מילוי מחויבויותיה בהקשר זה, הרי שנהיר כי אמצעי הניטור העומדים לרשות פקחי הסוכנות הם מוגבלים למדי. הללו מתמקדים בעיקר ביכולות הכיסוי של מצלמות הבקרה (ובמשתמע כל פעילות שאינה במעגל הכיסוי אינה מפוקחת), וכן לביקורים תכופים במתקני ההעשרה בנתאנז ו-פורדו, שתועלתם מוטלת בספק.