בית הדין הצבאי לערעורים במחנה עופר קיבל את ערעור הפרקליטות וקבע (ב', 25.9.06) כי עצורי החמאס, ובהם חברי ממשלה וחברי הפרלמנט הפלשתיני, לא ישוחררו ממעצרם.
לפני כשבועיים (ג', 12.9.06) קבע שופט בית הדין הצבאי במחנה עופר, רס"ן רונן עצמון, כי אין סיבה להשאיר במעצר את השרים ואת חברי הפרלמנט שנעצרו במסגרת פעולת צה"ל בסוף חודש יוני.
עצמון קבע עוד, כי ישראל לא ניסתה למנוע או לעצור את אותם אנשי חמאס לפני הבחירות ולא מנעה את הבחירות, לכן אין סיבה שישארו במעצר. השופט קבע כי אותם 18 שרים וחברי פרלמנט ישוחררו בערבות כספית שבין 15 ל- 25 אלף שקל.
השופט עצמון קבע עוד, כי "לאחר עיון בחומר הראיות הגלוי בתיק, הכולל חקירה בשב"כ של מספר נאשמים, שוכנעתי שקיימות ראיות לכאורה שדי בהן להוכיח שתנועת 'תע'יר ואסלאח' היא זרוע של החמאס. ארגון זה הוא התאחדות בלתי מותרת שחברות בה מהווה עבירה לפי דין", אך הוסיף שיש לשחררם עד לפתיחת משפטם, שכן אז ידונו במעצר עד תום ההליכים.
עם זאת, דחה השופט את טענות הפרקליטים של בכירי החמאס ובהם ח"כ טאלב א-סאנע, שטענו שהשרים נהנים מחסינות ושמעצרם פגע בריבונות הרשות הפלשתינית. כמו כן, דחה בית הדין את הטענה שמעצרם של אנשי החמאס מנוגד לאמנת ז'נבה.
עם הבכירים האמורים להשתחרר נמנים: יו"ר הפרלמנט הפלשתיני ד"ר עזיז דוויק, שר הדתות נאף רג'וב, שר העבודה מוחמד ברגותי, מזכ"ל הפרלמנט מחמוד רומאחי, השר לענייני ירושלים חאלד אבו-ערפה ובכיר החמאס בירושלים, מחמוד אבו-טיר.
כזכור, לפני כשלושה חודשים (29.6.06) יצאו כוחות צה"ל למבצע שהחל בחצות הלילה ברמאללה, ג'נין, שכם ומזרח ירושלים. במהלך המבצע נעצרו כ- 60 בכירים בחמאס ובהם שרים וחברי הפרלמנט הפלשתיני.
בין היתר נעצרו במסגרת המבצע, שר העבודה בממשלת החמאס, מוחמד ברגותי; השר לענייני ירושלים חאלד אבו-ערפה ושרים רבים אחרים. בירושלים עצרו שוטרי מפלג המיעוטים ביחידה המרכזית שלושה מבכירי החמאס בבירה: מחמוד אבו טיר, מחמד עטואן וחאלד אבו ערפה.
בתגובה להחלטה אומר ל-Nfc ח"כ טאלב א-סאנע, החבר בצוות ההגנה של העצורים, כי "בית הדין נכנע ללחצים הפוליטיים של הממשלה. ההחלטה של בית המשפט יכולה לשמש כבסיס לנאום הפתיחה של אולמרט במושב החורף של הכנסת".
א-סאנע, שהיה מעורב במגעים להחזרת החייל גלעד שליט, מוסיף ואומר, כי "ההחלטה לא מסייעת לשחרורו של שליט, אלא יוצרת אווירה שלילית המפחיתה את הסיכוי לעסקה קרובה".