האוניברסיטה העברית היא המובילה בארץ בקבלת מענקי מחקר מהאיחוד האירופי - כך פורסם לאחרונה על-ידי הדריקטוריון הישראלי של תוכנית המסגרת של האיחוד האירופי למחקר ופיתוח.
תוכנית המסגרת של האיחוד האירופי למחקר ופיתוח מעניקה מענקי מחקר לאוניברסיטאות, מכוני מחקר ולתעשיה לפרויקטים מבטיחים במחקר ופיתוח. ישראל משתתפת בתוכנית זו משנת 1996.
בתוכנית המסגרת השישית למחקר ופיתוח שנערכה בשנים 2002-2006 זכתה האוניברסיטה העברית בתקציבי מחקר יותר מאשר כל מוסד אחר להשכלה גבוהה בישראל. לאוניברסיטה הוענקו 26 מיליון אירו, המהווים מעל 23% מהסכום הכולל של 112.5 מיליון אירו שהוענקו לאקדמיה בישראל.
בנוסף, מובילה האוניברסיטה העברית במספר הפרויקטים שאושרו למימון במהלך תקופת תוכנית המסגרת השישית. לאוניברסיטה העברית אושרו 102 פרויקטים, לטכניון ולמכון ויצמן למדע אושרו 80 פרויקטים ולאוניברסיטת תל אביב אושרו 71 פרויקטים.
תוכנית המסגרת השביעית תיפתח בשנת 2007 ותימשך עד לשנת 2013, ותעניק את הסכום הגבוה ביותר שהוקצה עד כה למחקר ופיתוח, 54 מיליארד אירו.
לקראת השקתה של תוכנית המסגרת השביעית תשתף האוניברסיטה העברית פעולה עם אוניברסיטת גאורג-אוגוסט שבגוטינגן, גרמניה, בכנס מיוחד בנושא מדע ומדענים כמגשרים במזרח התיכון. הכנס יפתח מחר (28.11.06) בבריסל, בלגיה.
במהלך הכנס יציגו מדענים משתי האוניברסיטאות מחקרים בנושא שינויים גנטיים בסרטן, מדעי המוח, טרשת נפוצה וטיהור מים.