על-פי ממצאי דוח, שפורסם (יום ב', 24.12.07) על-ידי המשרד להגנת הסביבה, עולה כי נחל הקישון כבר אינו הנחל המזוהם ביותר בארץ. ברשות נחל הקישון קיבלו בסיפוק את ממצאי דוח "ניטור וכימות מזהמים בנחלי ישראל לשנת 2006". ברשות מציינים כי הודות לפיקוח ופעולות השיקום, אותם מבצעת הרשות לאורך השנים ובצורה יומיומית, הקישון כבר אינו הנחל המזוהם ביותר בארץ. על-פי ממצאי הדוח, בהשוואת איכות המים ועומסי הפחמן האורגני בנחלי ישראל, נחל הקישון נמצא במקום ה-11 במדד הזיהום, מתוך 16 נחלים שנבדקו. עם זאת, גורמי המקצוע ברשות מציינים כי איכות מי נחל הקישון עדיין אינה עומדת בתקן הסביבתי, שיועד לצורך שיקומו כמערכת אקולוגית בריאה ובת קיימא, וכן קיים הצורך לטיהור קרקעית הנחל. עוד הם מציינים, כי איכות מי נחל הקישון אינה יציבה והנחל סובל מעודפי חומרי הזנה (חנקן וזרחן), הגורמים לפריחה מוגברת של אצות, וכתוצאה מכך לריכוזי חמצן קיצוניים בין יום ולילה ולעקה ביולוגית במימי הנחל. זאת, בנוסף לזיהום סניטרי המגיע מעת לעת, עקב תקלות בקווי הולכת הביוב והקולחים שנמצאים לאורכו. גורמים ברשות מוסיפים כי, בהמשך לדרישת רשות נחל הקישון והמשרד להגנת הסביבה, אכן חל שיפור משמעותי באיכות הזרמות המפעלים אל הנחל והחיים החלו לחזור למימיו וגדותיו. אולם, ברשות הנחל מציינים כי המשך הזרמות המפעלים, באיכותם הנוכחית, וגלישת קולחי מכון הטיהור אינן מאפשרות הגעה ליעדי התקן הסביבתי לאיכות מי נחל הקישון. כמו כן, לא יתאפשר שימוש בנחל לפעילויות פנאי ונופש לטובת הציבור. הרשות מציינת כי בשנת 2007 היו למעלה משלושים אירועי זיהום בנחל וביובליו, ומתוכם 2 אירועי תמותת דגים, כתוצאה מהזרמת ביוב גולמי לנחל גדורה.