אוהדי מכבי חיפה ישמחו לשמוע שהנשיא, יעקב שחר, החליט להשאיר חלק מהשחקנים הוותיקים בקבוצה. בפגישה שנערכה הבוקר (שישי) בין נשיא מכבי חיפה, יעקב שחר, לבין הקשר הקרואטי, ג'ובאני רוסו, הוחלט שלמרות כל השמועות והלחשושים על עזיבתו של רוסו את המועדון, הוא יישאר עונה נוספת ויפרוש בסיומה.
אחרי ההצעה שקיבל ממכבי פ"ת, הרמיזות מהפועל ב"ש והפועל ת"א, רוסו החליט להישאר בשורות הירוקים ולעזור להם להשכיח את העונה הנוכחית או כפי שהבטיח לשחר: "אני אתן את עונת הפרישה הכי טובה שהיתה בכדורגל הישראלי".
דובר מכבי חיפה, רועי דניאל, מסר ש"היתה פגישה טובה בין נשיא המועדון, יעקב שחר, לג'ובאני רוסו, במהלכה הודיע שחר לרוסו שרק אלישע לוי יהיה האיש שיחליט לגביי סגל השחקנים בעונה הבאה".
רוסו חזר למכבי חיפה בתחילת העונה לאחר שתי עונות בינוניות במכבי ת"א אליה הוא הצטרף בעונת הגלאקטיקוס המפורסמת. בחיפה, רוסו היה אחד מאדריכלי הקבוצה, שעשתה היסטוריה והעפילה לשלב הבתים של ליגת האלופות. הקרואטי זכה בשלוש אליפויות במדים הירוקים.
רוסו, שמחזיק במעמד של תושב ולכן לא נחשב זר, חזר לחיפה, כאמור, בתחילת העונה במהלך שהתקבל ברגשות מעורבים על-ידי אוהדי הקבוצה, שכעסו על כך שהקשר עבר למכבי ת"א. עם זאת, במהלך העונה, הקרואטי היה אחת מנקודות האור הבודדות בעונה הבינונית של מכבי חיפה. הקרואטי כבש העונה שלושה שערים במדי הירוקים ובישל שניים נוספים.
רוסו הובא לארץ על-ידי אלי גוטמן, שהדריך את הפועל ב"ש, והוביל את הקבוצה מבירת הנגב לזכיה היסטורית בגביע המדינה. הקרואטי גם היה זה שכבש את שער הניצחון במשחק הגמר מול מכבי ת"א.
עונה לאחר מכן, רוסו המשיך עם גוטמן להפועל חיפה ובעונת 1998/99 הוא היה שחקן העונה בעונת האליפות ההיסטורית של הקבוצה, שכונתה גם "עונת החוטיני". רוסו המשיך עם גוטמן ועלה בתחילת העשור לירושלים לעונה כושלת, שהסתיימה במפח נפש גדול.
בעונה לאחר מכן, רוסו חזר לעצמו במדי מכבי חיפה כשמעבר להישגים, הוא הוסיף מצב רוח טוב לאימונים של הקבוצה תחת הדרכתו של אברהם גרנט ומאוחר יותר גם תחת הדרכתו של יצחק שום. רגעי השיא של רוסו וחיפה הגיעו, כאמור, כאשר הקבוצה הפכה לקבוצה הישראלית הראשונה שמשחקת בשלב הבתים של ליגת האלופות.
באותן שנים, רוסו היה מעוניין לקבל אזרחות ישראלית אך בסופו של דבר, שר הפנים דאז, אלי ישי, לא אישר את הבקשה ורוסו שיחק במדי נבחרת קרואטיה. כמה שנים לאחר מכן הוא קיבל את תעודת התושב אך זה בנבחרת ישראל הוא כבר לא זכה לשחק.