לא בטוח שהליך ההפרטה מוכיח את עצמו מבחינה כלכלית. להערכת מקור במשרד האוצר, לאחר שיתברר מעמדם של קיבוצים שהופרטו, חבות המס הכוללת של התנועה הקיבוצית עשויה לגדול ב-200-250 מיליון שקלים.
החל בשנת המס 2009 חויבו הקיבוצים לצרף לדוח השנתי למס הכנסה "דיווח התנהלות", המפרט את התנהלותם הכלכלית. קיבוץ שדיווח על התנהלות המאפיינת קיבוץ מופרט מסווג בידי רשויות המס כקיבוץ מופרט (מתחדש), שכללי המיסוי החלים עליו שונים מאלה החלים על קיבוץ שיתופי. קיבוץ שיתופי מחויב במס המחושב בשיטה המכונה "מיצוע", שבה הכנסות הקיבוץ מחולקות במספר החברים. בקיבוצים המופרטים לעומת זאת, בוטלה שיטת המיצוע וחבות המס בהם נגזרת מהתקציב שמעמיד הקיבוץ לכל חבר.
לדברי גורם כלכלי בהתיישבות, קיבוץ מופרט שלא שילם מס הכנסה בהיותו שיתופי עשוי לשלם מס בשיעור ניכר. מרשות המיסים נמסר בתגובה, כי הדרישה לדווח לפי טופס 1226 (דיווח התנהלות), נועדה לקבל מידע מוקדם על השינוי כדי להחיל על הקיבוץ את כללי המיסוי הפרטני במקרה הצורך. לדברי המקור במשרד האוצר, חובת דיווח התנהלות לרשויות המס נועדה למנוע את התופעה של התמהמהות בדיווח על השינויים שעברו ועל כן, אף שלא הוגדרו מתחדשים, הם כאלה מבחינת חבות המס.
