מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה, גלית כהן, העבירה (יום ד', 3.11.21) למנכ"ל קצא"א, איציק לוי, מכתב שבו מפורטת עמדת המשרד להגנת הסביבה באשר למשמעויות הסכם קצא"א - רד מד. לדבריה, במקביל לבחינת סקר הסיכונים של החברה, שלא בוצע לפי הנחיות המשרד וכבר נדחה על-ידו פעמיים, המשרד להגנת הסביבה בחן מהי תוספת הסיכון שיכולה לשאת הסביבה הימית הרגישה במפרץ אילת - וגורמי המקצוע בו הגיעו למסקנה חד-משמעית, כי הרחבת פעילות קצא"א עלולה לפגוע פגיעה קריטית ובלתי הפיכה בסביבה הימית במפרץ אילת בשל אירועי תקלות של דליפת נפט, שלא ניתן למנוע אותן באופן מוחלט.
השרה להגנת הסביבה, תמר זנדברג, מתנגדת לשינוע נפט במפרץ אילת. לדבריה, "שונית האלמוגים השוכנת בים-סוף היא השונית הגדולה והיחידה בישראל והשונית הצפונית בעולם. שוניות אלמוגים הולכות ונכחדות כתוצאה ממשבר האקלים, ועל כן, חלה עלינו חובה מוגברת להגן עליהן מכל סיכון שהוא. מעבר לכך שהן מרהיבות ביופיין, שוניות האלמוגים בעלות תפקיד קריטי בשמירה על בריאות המערכות הטבעיות שאנו תלויים בהן לקיומנו". עוד הוסיפה: "עד לרגע זה לא הוצגו שיקולים אחרים המצדיקים את הסיכון הכביר הזה למפרץ אילת. אירועי דליפת נפט קורים והנזק שעלול להיגרם לסביבה הימית הרגישה בים-סוף הוא בלתי הפיך".
בתגובה לדברים, בקצא"א לא נותרו חייבים כלפי זנדברג וכינו את דבריה: "עוד אמירה חסרת אחריות ובחוסר סמכות של השרה שנובעת רק משיקולים פוליטיים ופופוליסטיים, כאשר כל רצונה הוא להביא לפגיעה בהסכם מד-רד, במקום לפעול בשיתוף פעולה עם החברה על-מנת לממש את ההסכם על יתרונותיו הכלכליים והגיאופוליטיים. מימוש ההסכם מבטיח את ביטחונה ועצמאותה האנרגטית של ישראל ושובר לראשונה את חרם הנפט הערבי.
"ביטול ההסכם אינו מצוי בסמכות השרה, והיא פועלת בניגוד לעמדת הממשלה. כידוע, משרד האוצר קבע כי מדובר בפעילות השוטפת והרגילה של החברה. כל פגיעה בהסכם תפגע באמינותן של חברות ישראליות, ודאי חברות ממשלתיות, ותטיל ספק כבד ביכולתן לעמוד בהסכמים. קצא"א פועלת ותפעל על-פי כל הרישיונות וההיתרים שקיבלה והמשרד הכיר את הגדלת הפעילות ולא התנגד לכך.
"ברקע משבר האנרגיה העולמי ובפרט 'תקופת המעבר' לאנרגיות מתחדשות, יש חשיבות לרציפות אספקת הנפט כפי שקורה בכל ערי הנמל בעולם, בבטיחות ובמקצועיות ואפילו במפרץ אילת אצל שכנתנו עקבה", תגובת קצא"א.
מפרץ אילת הוא אזור ייחודי ברמה בינלאומית ובעל רגישות אקולוגית גבוהה ביותר. לאור משבר האקלים והתחממות מי הים עולה במשרד להגנת הסביבה חשש כבד לעתיד שונית האלמוגים ובתי הגידול הייחודיים של מפרץ אילת. עמדת המשרד הייתה ועודנה, כי יש לשים את הסביבה הימית באילת בראש סדר העדיפות בכל החלטה לקידום פיתוח מפרץ אילת, על-מנת לשמור על הים האדום ועל השונית הטבעית עבור הדורות הבאים, בעולם שבו שוניות אלמוגים מתפקדות הן אוצר טבע נדיר.